岸山腳的名吉扎寺的存在，勉強維持著寧瑪派，對烏斯藏的地方教派與政權，已經沒有什麼影響了。

二、薩迦派，俗稱花教。

由昆氏家族於北宋年間創立，薩迦派的法王也都是昆氏家族的人，一直以日喀則附近為其主要勢力範圍，寺廟幾乎遍佈烏斯藏與朵甘，祖寺是薩迦城內的薩迦寺，位於日喀則西南。

大明成祖年間，曾經賜封教中高僧袞噶扎西為“大乘法王”，地位僅次於白教的“大寶法王”；還曾賜封另一高僧南喀需必堅贊為“輔教王”，有世襲的領地，由此可見花教在烏斯藏的影響之大。

三、噶舉派，俗稱白教。

白教內部也有許多流派，但教義相似，傳入烏斯藏之前就是同源，因此內部衝突不大，以拉薩西北的粗卜寺作為祖寺，主要勢力範圍在拉薩、工布及朵甘的玉樹一帶，大明永樂三年（公元1405年），成祖賜封粗卜寺主為“大寶法王”，是當時地位最高的全藏法王，在所有的藏人區都有寺廟。

噶舉派首創了活佛轉世制度，可見白教在烏斯藏的超然地位。

四、格魯派，俗稱黃教。

由宗喀巴於大明永樂七年（公元1409年）創立，雖然立教最晚，但影響卻是最大，格魯派一出現，就立即傳遍藏人區，迅速在藏人心目中最為重要的前後藏居於統治地位。

格魯派有六大名寺，其中在烏斯藏的就有位於拉薩的三大寺和位於日喀則的扎什倫布寺。

拉薩的三大寺包括甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺。

甘丹寺位於拉薩城東北的卓旦沃切山，由格魯派創始人宗喀巴所建，是格魯派的祖寺，寺中主持稱“甘丹赤巴”，是唯一由選舉而不是轉世而來的，地位僅次於達賴與班禪。

哲蚌寺位於拉薩城西部的格培烏孜山，格魯派最有影響的達賴就是在這裡修行，寺主稱“哲蚌赤巴”，一般由達賴所兼任，著名的布達拉宮就位於哲蚌寺。

色拉寺位於拉薩城北郊的色拉烏孜山，寺主稱“色拉赤巴”，有時也是由達賴兼任，色拉寺是培養武僧的基地，進入中原地區的佛教黃派武林高手，多半出自色拉寺。

而扎什倫布寺位於日喀則西郊，是班禪的修行地，當然此時還沒有班禪的封號，“班禪”是大清順治二年（公元1645年）由順治賜封的。

但扎什倫布寺的寺主地位極高，甚至高於甘丹寺的甘丹赤巴，每逢達賴去世後，尋找轉世靈童、處理政務工作時，他都臨時主政，地位可見一斑。

但由於日喀則地區人口遠遠少於拉薩，經濟收入不如拉薩地區的寺廟，所以班禪在黃教中地位屈居達賴之後。

讓人覺得不可思議的是，四大教派雖然各有自己的傳統領地，但都在整個藏人區廣建寺廟，因此，格流派的寺廟往往混雜在一起，給各流派的紛爭埋下種子。

烏斯藏是大明土地上少有的政教合一的地區，其宗教糾紛也與地方政權有著千絲萬縷的聯絡。

從蒙元開始，統治烏斯藏的首領是來自山南地區桑日縣的帕木竹家族，首領被賜封為“大司徒”，大明建國後，洪武帝賜封為“蘭花王”。

後來政權被當地的朗氏家族繼承，以乃東縣為統治中心，主要活動在前藏地區，也就是拉薩。

隨著帕木竹政權逐漸獨立，各地方首腦漸漸建立自己的勢力範圍，成尾大不掉之勢，這些地方首腦的職務，淪為終身制，後來又稱為世襲制。

後來，帕木竹政權的外戚格氏家族逐漸取得對地方的控制，建立了以日喀則為中心的實質上的政權，藏人稱之為“仁布巴”，大明朝廷也予以認可，嘉慶四十二年（公元1563年），仁布巴的家臣辛廈巴才旦起兵反叛，辛廈巴家族控制了烏斯藏地方政權，首領稱“第斯藏巴汗”。

大明萬曆四十年（公元1613年），繼任者彭措南嘉控制了阿里地區，這一地區的許多小國都被佔領，除古格王朝外，整個烏斯藏基本上為辛夏巴家族所控制。

但辛廈巴家族崇尚噶舉派（白教），極端仇視格魯派（黃教），仇視格魯派給藏傳佛教帶來的革命性大洗牌，因此，常常武力威脅格魯派。

大明萬曆四十五年（公元1618年），彭措南嘉武力佔領色拉寺和哲蚌寺，屠殺、驅趕寺中格魯派僧人，破壞廟宇、建築，並隨後正式建立以日喀則為中心的烏斯藏地方政權，成為繼帕木竹巴、仁布巴之後又一世俗的烏斯藏貴族政權，彭措南嘉自稱藏巴汗。

大明天啟元年（公元1621年），丹迥旺波繼任