為了鞏固臺灣陸地防務，沈葆楨另外多方請調陸軍。在碰了幾處閉門羹後，最終得到了來自直隸的喜訊。沈葆楨向李鴻章提出的請求得到李極為爽快的回應，李鴻章當即挑選駐紮在江蘇徐州的淮軍精銳唐定奎部銘字武毅軍13營6500人開赴臺灣駐防，同時告知沈葆楨，臺防如有需求，淮軍還可再出19營助防。面對李鴻章的慷慨襄助，沈葆楨感激涕零，自比“貧兒暴富”，李、沈二人的關係就此開始變得密切起來。此後在購買蚊子船、鐵甲艦等事務上，李、沈都曾有過配合。有感於李鴻章在洋務建設中的砥柱作用，沈葆楨曾尊稱李鴻章為托塔天王。（25）

今天已是旅遊勝地的臺灣旗後海灘，百餘年前船政的“安瀾”艦即在這批海域不幸被颱風摧折。

經沈葆楨和具體分管淮軍營務的盛宣懷洽商，唐定奎部淮系銘軍從徐州南下至長江邊的古渡瓜州集結，再由船政派出“伏波”級改型商船“永保”、“琛航”、“大雅”前來載運往臺灣。數量眾多的“伏波”級150馬力軍艦成了抗衡日軍侵臺事件中的重要角色。

當時日本侵臺艦隊中真正的軍艦其實只有兩艘，炮艦“孟春”排水量僅357噸，長度不過39。9米，航速區區7節，武備只有兩門火炮，不僅與“伏波”級炮艦相形見拙，即使與船政的“湄雲”級炮艦相比，也顯得實力單薄。作為侵臺的主力艦，“日進”的艦型與船政的“萬年清”類似，排水量1468噸，裝備七門火炮，航速9節。單從火力看與船政的“揚武”艦相似，但是考慮到僅此一艘，面對大批船政軍艦，頓有勢單力薄之感。與艦型整齊、大批集中，且戰鬥力都居於日軍之上的中國船政艦隊相比，七拼八湊而又實力不濟的日本艦船頗容易給人一點叫化子艦隊的觀感，猶如夜郎自大，蚍蜉撼樹。

經實力抗衡，外交折衝，日軍侵臺事件遂於1874年末以和平方式結束。為鞏固臺灣防務，集結在福州、臺澎的船政軍艦大量留用，擔當著往來巡緝、運輸、報信等任務。但是令人扼腕痛惜的是，就在與日軍抗衡期間，臺灣海域發生了特大風暴，“颶風驟起，商船業經收澳者亦顛覆數十號，沿海民居間有傾塌”，船政艦隊中也有三艘“伏波”級軍艦相繼不幸遇險。

1874年7月15日，“伏波”艦由貝珊泉管帶（“萬年清”首任管帶貝錦泉之弟），護送曾經代理過船政大臣，此刻任臺灣道的夏獻綸赴蘇澳登岸，前往組建地方團練，以抗禦日軍。16日，“伏波”艦離開蘇澳，預備前往基隆補給燃煤，剛出港灣，海上頓起風暴，大浪推湧下，軍艦竟然“風威火力相逆，輪泥不前”。熟悉航海的人大都明瞭，在遇到如此惡劣天氣的情況下，倘若中途掉轉航向，一旦船側被風，後果不堪設想。面對颱風前鋒，貝珊泉毅然下令繼續航向基隆。在距基隆港還有20多海里時，颱風更大，“天色如墨”，“伏波”被風浪推得沒有招架之力，根本無法進港，只得隨著風勢航行。入夜後，風浪益發猛增，船上前後桅杆均被折斷，艙面的裝置損失慘重。險境中貝珊泉指揮全艦官兵奮力與風浪搏鬥，經過一晝夜的努力，被颱風摧殘得面目全非的“伏波”於7月19日安全抵達船政，遂立刻拖上船塢修理。（26）

與“伏波”的有驚無險不同，另外兩艘船政軍艦就沒有如此幸運。

9月26日，運送唐定奎部淮軍在臺灣登陸後不久，29日“伏波”級改造商船“大雅”在臺南安平港突遭颱風，管駕羅昌智適有事上岸不在艦上，處於錨泊狀態的“大雅”艦規避不及在狂風惡浪中不幸沉沒，“十九日郡城狂飆驟起，屋瓦皆飛，‘大雅’羅昌智管帶官在岸上不及開，浪淹於安平”。事後經過搶救，共救出船員59人，另有6人自行鳧水脫險，10人不幸遇難。這艘船從竣工至沉沒還不及半年，至為可惜。（27）

與此幾乎同時，和“濟安”艦一起停泊在臺南旗後（位於高雄灣入口處）的“安瀾”艦也在這次颱風中不幸遇難沉沒，這艘裝備了船政局創制的第一臺蒸汽機的國造軍艦，就此與國永別。沈葆楨最初以為“安瀾”沉沒原因是鍋爐炸裂，後經仔細查明，“安瀾”當時遭遇大風惡浪，艦體被推湧擱淺遇難。幸虧管帶呂文經處置妥當，僅有一名水兵罹難。萬幸的是，當時與“安瀾”同時停泊在旗後的“濟安”艦沒有受損。（28）

海難發生後，沈葆楨即組織相關人員設法打撈二艦。經過勘查，二艦的艦體都已嚴重損壞，整體打撈的可能微乎其微，於是又設法打撈蒸汽機。經過一番努力，亦無從入手。惟有的成果是將“安瀾”的艦炮如數打撈出水。當時沈葆楨為了鞏固臺