之處，自此縱情山水，不再以丹術為念。明末亂世，也斷了一般士人的功名進取之途，孫祖家道殷富，所以於功名利祿處看得很淡，平時常以富貴閒人自居。

但國祚將終，所謂覆巢之下，豈有完卵，清軍攻陷南京，終於打破了他做一名富貴閒人的迷夢。母親孫陶氏被清兵虐殺，其慘景是他親眼所見，若不是圍觀人群中有一年邁老者阻攔，只怕他早已衝上前去和兇兵們廝拼，枉送了自己性命。

那年邁老者年歲極大，自稱已百歲有餘，年輕時雲遊四方，曾與茅山宗結緣。精於鎮魂滅煞、魂魄轉換之道。孫祖見那老者雖然老邁，但風骨凜然，頗具俠義心腸，便跪地大哭，請求老者傳授異術，那老者慨然應允，兩人遂以師徒相稱。

授藝月餘，孫祖欲為母報仇，師徒二人攜手潛入清軍營帳，也不知二人施用了什麼計策，竟在一夜間把數千名清兵誘殺於棲霞山中，這些兵丁俱是兇殘暴虐之輩，無一不是吃過人屍的清兵，大凡吃過人屍，眼瞳中必有紅色筋脈貫通，孫祖師徒依據這一特佂分出數千兇兵，盡數殺戮於棲霞山溝壑之間。

那老者見孫祖得報大仇，不顧孫祖的苦苦挽留，飄然而去，孫祖返家後重閱丹經，忽然間大徹大悟，他本是極聰慧之人，家傳丹經早已研修到精緻細微之處，再得老者傳授鎮魂滅煞、魂魄合練之道，頓時融會貫通，“集天人合一之靈力，合丹鼎符籙之精要”，創造出一套茅山宗獨有的以魂魄煉丹的外丹理論來。

昔日魏伯陽作《參同契》，號稱丹經之鼻祖。諸真之命脈，是外丹術的扛鼎之作。《參同契》有“奼女黃芽”之說，“河上奼女，靈而最神，得火則飛，不見埃塵，鬼隱龍匿，莫知所存，將欲制之，黃芽為根。”

對這段描述，由於《參同契》本身語言晦澀，各方的解讀也存在很多歧義，有些外丹家以金石丹砂的實踐妙用進行解釋，認為“奼女”是水銀的代名，它受熱容易揮發，不留殘渣，也難見蒸汽，所以說“莫知所存”“靈而最神”，黃芽則認為是硫磺，也有人認為是黃丹，因為這兩種東西都能夠順利和水銀進行化學反應，生成性質穩定的化合物，也即是說。奼女被黃芽制服，修成能夠“鬼隱龍匿”的靈丹妙藥，吃了可以了道成仙。

只可惜金石丹砂的外丹術已被實踐證明不但無益，而且有害，明清時期，外丹術迴光返照，皇帝、百官等人或為成仙、或為縱慾，大力提倡煉製外丹，這些人四體不勤五穀不分，貪圖一勞永逸，結果重蹈前轍。中毒身亡者無數。孫祖徹悟後再讀《參同契》，拋棄了腐朽荒誕的金石丹砂，他結合流行於世的內丹術法，對外丹煉製有了更進一步的認識，他認為“奼女”是人的精神意念，飄忽不定，而黃芽則是人的魂魄，控制人體的肉身和精神，內丹、符籙派講求魂魄合練，取的也是這番道理，只不過他們以自身修煉為主，過程太過艱苦漫長，何況還有墮入魔道之憂，怎及得茅山丹宗懂得外藥為用，以魂魄煉丹，服後可以一蹴而就，省掉了多少修煉功夫？

孫祖悟道後，立刻想起山中現有的丹材…數千清兵屍首，他趕往棲霞山，在山谷中尋覓到一處絕佳的養屍地洞，他把這些屍體盡數葬於養屍地，為防止屍體腐爛，他以其人之道還治其人之身，醃漬屍體，保持了屍身不腐，又以符籙派的鎮魂鎖魂符法，鎮壓住了這些屍體的魂魄。

他重建茅山丹宗，召集數十名健兒在養屍地塗鼎煉丹，鼎煉魂魄，爐燒屍身，正是：煮豆燃豆萁，豆在釜中泣，本是同根生，相煎何太急”，只是因為鍛鍊的兇兵們的屍身，大家做起來毫無顧忌。道家丹鼎，合乎陰陽五行。以火為日，以水為月，水火輪番運轉，可以在極短的時間內完成百年的造化，“一鼎可藏龍與虎，方知宇宙在其中”，百般鍛鍊，自然能生成長生不死的仙丹，孫祖認為透過丹鼎鍛鍊魂魄，可以收到與內丹魂魄合練一樣的效果，走出一條真正的外丹之路。

實踐是檢驗真理的唯一標準，孫祖本以為魂魄煉丹定然可行，想不到開鼎後卻是大失所望，丹鼎內並沒能像他想象的那樣結出大丹，只是在丹鼎的頂部生成了一種雲霧狀的氣體，底部則是極薄的一層黑墨狀的粉末。他以後再經多次試驗，始終一無所得，最後只得宣告煉丹失敗。

雲霧狀氣體無法採集，孫祖只好採集了一些黑墨結成丹藥，他回到當塗家中，秘藏丹藥，始終不敢服用。後來家道敗落，他投奔秣陵舅父家中，以行醫為生，一直默默無聞，直到他無意中以丹藥救治一名癲癇病人，居然一治而愈，從此聲名大噪，一時求醫者無數，他自居孫思邈後人，把所煉的丹藥偽託作祖傳的“太一