神精丹”，晚年生活倒也過得舒心平安。

不過他雖然煉丹失敗，但對自己創造的魂魄煉丹理論始終不捨放棄，“金石丹砂，猶有可變之道，幽魂冥魄，豈無可造之理？丹術不成，乃人力之瑕疵，非丹理之悖天耳。”意思是說，他煉丹之所以不成，只是因為在具體的操作執行上出現了偏差，並不是以魂魄煉丹的理論有什麼謬誤，只要糾正了操作上的偏差，一樣能夠丹藥可煉，仙道可成。

孫祖寄居在舅父家中，終生不曾婚娶，他臨終前把自己的求丹經歷及丹學心得撰寫在一封書簡中，寄望於有緣後人能夠對魂魄煉丹理論繼續求索，“所煉丹藥，雖非上乘，猶能治癲癇祛百病，潤肌膚出顏色，若得上乘之藥，自可安魂魄而通神仙也。”

只可惜孫祖死後，茅山丹宗曇花一現後更加沒落，作為養屍地的地洞早已封閉，他的魂魄煉丹理論更被巫師們轉作邪術，這些人不懂魂魄合練之道，知其行不知其神，竟把魂魄煉丹誤解為以屍身煉丹，清中期冶煉屍丹曾風行一時，其荼毒之處難以盡述，以後隨著官府的盡力剿殺，這種陰森恐怖邪術才漸漸絕跡。

直到清末，另一位姓陶的丹宗祖師才發現了他的書簡和棲霞山谷中的地洞，這時距離孫祖離世的時間已過了二百多年，機緣湊巧的是，陶姓祖師也正是孫祖舅父的嫡系子孫，他本就痴迷於丹經，現在得到先輩的秘術絕學，自然如獲至