到洪保德的描寫一點也不誇張。他在《航海日記》中寫道：“不過城市的這些美景無法與植物相媲美；根據我所見到的，我認為，洪保德的那些絕妙的描寫不僅現在，而且將來也是無與倫比的。他描寫了蔚藍色的天空，把詩篇和科學罕見地結合起來，有力地描繪了熱帶的風光。但是，即使如此，他也遠遠沒有把真實情況表現出來，此時此刻你所感受到的那種心曠神怡的感覺真使你神魂顛倒：如果你的眼睛想注視某一隻花蝴蝶的飛舞，可它卻落到一棵樹上或一個果子上。如果你在觀看某一隻昆蟲，那你馬上就會把它忘掉，因為昆蟲正在爬著的那朵不平常的花會把你迷住。如果你想要讚美各種壯麗的景色，你就要把注意力集中在獨特的前景上。心裡充滿了混亂的讚美感情，這種感情又形成了一種未來的、更加悠閒的喜悅心情。我只有現在才認清了洪保德：對於我來說，他是照耀我接受一切知識的第二個太陽”。

除了欣賞這些風景和自然史的客觀事物之外，達爾文認為新的、令人愜意的是“認識到我的任務就是要成為一名博物學家，如果我輕視這一任務，那就是輕視這些年來給了我極大愉快的那些知識。”

達爾文在巴伊亞停留了將近二十天。他遊覽了熱帶森林，收集了蜥蜴、昆蟲和植物，觀察了絕大部分是黑奴構成的當地居民的生活，狂歡節時漫遊了各條街道。一群快活的人們把一個蠟黃色的水球互相投擲，而另外一些人則用大杓互相潑水，以此取樂。他結識了幾位當地商人和一艘美國大軍艦上的幾位軍官。他從派真艦長那裡聽到了有關美洲奴隸制度的令人憤懣的各種事實。原來販賣奴隸的活動在大規模地進行。使他感到驚訝的是，那些熱衷於販賣奴隸活動的所謂“正人君子”竟以野蠻手段來保護這種活動。

大概就在這時發生了達爾文在自傳中所提到的他與菲茨·羅伊的那次衝突。菲茨·羅伊是個典型的托利黨人，而達爾文則是個輝格黨人。菲茨·羅伊想要維護和誇耀奴隸制度。他告訴達爾文說，他曾經拜訪了一個大奴隸主，這個大奴隸主當著他的面把自己的奴隸們叫在一起，問他們對自己的處境是否滿意，他們是否願意獲得自由，奴隸們一致回答說：“不”。達爾文帶著嘲笑的口氣問他，難道能夠認為那些奴隸當著主人的面所說的話有什麼意義嗎？菲茨·羅伊是一個脾氣暴躁的人。他勃然大怒，對達爾文說，既然你對我說的話是否真實表示懷疑，那我們就不要再在一起生活了。達爾文離開他後心想，由於發生了這場爭執，他將不得不離開這隻艦了。菲茨·羅伊把大副叫了去，當著他的面發洩對達爾文的怒氣。但是，看來軍官們都站在達爾文這一邊。這時他們邀請達爾文同他們一起吃飯。不過菲茨·羅伊也是一個容易息怒的人。過了幾個小時，他派一名軍官去向達爾文道歉，並且請達爾文仍和已往一樣同他一起生活。

達爾文與菲茨·羅伊一起在艦長室吃飯這件事，無意之中使達爾文在旅伴們中間的地位突出了，於是年青的海軍練習生們都開始稱他為“先生”，不過這種表面禮貌並沒有妨礙他很快就同青年們成為朋友。他那坦率的討人喜歡的性格，和藹的笑容，有趣的交談，他的才華，他在工作中表現出來的充沛的精力和熱情，所有這一切都不知不覺地贏得了人們對他的尊敬，使他很快就同軍官們接近起來。人們開始稱他為“親愛的老哲學家”，有時乾脆稱他為“我們的捕蠅人”。一箇中尉，即後來成為海軍上將的謝利萬，過許多年後回憶這段時期時說，在一隻艦上關了五年的人們，彼此之間是很容易吵架的。可達爾文在“貝格爾”號上航行的五年當中，從來沒有發過脾氣，從來沒有向任何人說過一句傷和氣的話，從來沒有責備過任何人，從來沒有對任何人發表過於匆忙的議論。誠然，他們大家都忙得很，沒有時間去爭吵。但是謝利萬堅信，如果發生了這樣的爭吵，達爾文也會有成效地“設法排解的”。

在艦長室裡用的飯菜都很簡單。大家都很忙，所以“一切禮貌都免掉；不互相等候，一吃完飯馬上就跑去工作……”。艦上有條不紊的工作氣氛，使達爾文在工作中也養成了有條不紊的工作習慣。每逢大海風平浪靜的時候，斯托克斯就坐在大桌子的一邊繪圖，而達爾文則坐在另一邊用顯微鏡研究公海的動物。

在巴伊亞，達爾文參觀了大型美國軍艦“三寶壠艦”。達爾文對這艘軍艦上的海軍練習生（達爾文晚上的大部分時間都是同他們一起度過的）作了可怕的評價。他說：“這些年青的正人君子是一夥沒有處以絞刑的騙子，這樣一夥人足以使沿岸的人們感到吃驚”。

在演習中，“貝格爾”號這隻