楊漣上疏出自繆之手，深信不疑，對繆早已恨入骨髓，今日小馮又舊話重提，重新煽起了他心中怒火，他咬牙切齒說：“下一個我就收拾繆昌期，讓許顯純如法炮製。哼，那丁紹軾他也跑不了？我把他二人一鍋兒燴了。……”說完這些，他敲了一下桌子，瞅著馮銓說：“眼下先把那姓吳的教訓一頓　！”

很快，宮中下發了“中旨”　，申斥吳裕中以鄉戚兒女之情，乘機報復，明與熊廷弼一樣心腸，拿午門前實杖一百，削奪為民。吳裕中在午門受杖，被打得傷痕累累，氣息微弱，抬回家中後，不幾日便去世了。

魏忠賢雖已除掉了楊左六人，但心頭還有個大患，那就是巡關督遼的帝師孫承宗。在魏閹看來，孫與東林一黨，又握有兵權，是心腹大忌，當務之急是想法子解除孫的兵權。魏先指使一些言官上疏彈劾孫承宗，說孫耗費銀兩，只守不戰，“三四年如此，不聞一展勝算”……就在這時發生了一件對孫承宗不利的事兒，即馬士龍柳河折兵。馬是孫的部將，在未徵得孫的同意下，派兵夜襲後金佔領的耀州，結果大敗而歸，死亡兵士四百，丟棄戰馬六百餘匹。於是言官們在魏閹的指使下又一次交章劾奏，多達三四十篇。孫承宗連上二疏進行自辯，並提出辭官。皇上朱由校念其捍衛邊陲之恩，除批准孫回籍養病外，還給予加官蔭子的“優遇”　。

緊接著皇上任命兵部尚書高第，做遼東經略。高第不諳軍事，置孫承宗多年經營的關寧防線而不顧，提出放棄遼東，把關外軍隊全部撤回關內，一是撤軍，二是撤民，就這樣軍民一路上不戰而退，遺棄的糧食多達十餘萬石。孫承宗在京城聽說後，焦慮萬分，他上疏陳說利害，反覆力爭，怎奈他已無職無權，人微言輕了　？……

孫承宗在京城逗留的日子裡，耳聞了半年來的風雲變幻，內心一片悲愴。先是內閣中僅存的正人朱廷禧被逐出。朱是山東人，與周朝瑞袁化中同籍，當緹騎耀武揚威捉拿周袁二人時，朱廷禧關照說：“好好照看兩位大人，事情終會搞明白的！”此話傳到了魏忠賢耳中，魏十分不滿。此後首輔顧秉謙在內閣曾提出，今後一律要稱魏忠賢為“元臣”　，即第一大臣之意，朱廷禧認為不妥，從而激起魏的更大不滿，魏閹決心攆走朱廷禧，他暗示言官上疏彈劾，朱廷禧見大勢已去，就引病辭職了。接著前首輔韓廣被削去官籍，即開除公職永不復用。同月，已故的顧憲成李三才同樣遭到削籍的命運。幾乎與此同時，東林書院被奉旨拆毀，孫承宗聽說，書院中被稱為禮儀之所的“依庸堂”　，已面目皆非，他不禁感嘆說：“真要斯文失傳，朝無君子了　！”　。孫認為這半年發生的最大事件，就是楊左六大臣的冤獄，“那是光天化日之下的陷害啊　！”尤其令孫承宗不堪回首的，是和自己有著同樣亮嗓門的楊大洪的遇害，自己與楊漣因性情相投，常有來往，沒想到楊大人會遭此毒手　？回想起大洪的音容笑貌，孫承宗不禁流下淚來。

最令孫承宗難以忘懷得是，他在隆福寺書攤淘書時，竟巧遇了皇后之父張國紀。二人談起目前的朝局，彼此搖頭嘆息不已。張國紀這個富於正義感的皇親國戚，用滿含歉疚的語氣對孫說：“左公的門生史可法，登門求我設法解救楊左，我寫信轉告了小女張嫣，沒想到當今聖上完全聽信魏忠賢，小女寶珠勸說了幾次，皇上根本聽不進。一天月夜，皇上徒步到坤寧宮，寶珠又勸諫了一番，皇上不聽，竟耍酒瘋亂髮脾氣；寶珠在座上裝睡，不理睬皇上。後來皇上忽聽到宮女笑聲，便懷疑皇后對他不滿，以後累月不再來坤寧宮。前不久楊左六大臣遇難的訊息傳到宮中，寶珠當天就病倒了，臥病在床有一月之久。最近身體剛好了沒幾天，變得沉默寡言多了。”

孫承宗長嘆一聲，沉默了瞬間，開口說：“老夫聽說皇上親手刻了兩顆金印，一顆賜給魏忠賢，上面寫有‘欽賜顧命元臣忠賢印’；另一顆賜給客氏，上面寫有‘欽賜奉聖夫人客氏印’，呸　，他二人何功何德受此嘉獎　？”

張國紀瞅見孫兵部情緒有些激動，忙勸說道：“孫大人，《論語》有句話叫‘知者樂，仁者壽’，大人急流勇退，未嘗不是件好事　！大人既是智者又是仁者，晚生就無須多言了。”

二人分手後，孫承宗就回了河北高陽老家，以後後金軍隊繞過長城，攻打高陽城，孫承宗以七十五歲高齡，仍率領著家人奮戰，不幸城被攻破，他最終自盡而死。這是後話。

到了天啟五年的十二月，朝廷竟以上諭的名義，頒發了一部《東林黨人榜》，上面羅列了三百零九個東林黨人，比《東林點將錄》還要多出二百人。《東林黨人榜