奘頂骨舍利在“分送典禮”後被分成三份，分別保藏於南京汪偽政府、北京和日本。

此後，汪偽政府把掌握的這部分又分別供奉在雞鳴山下的偽政府中央文物保管委員會和小九華山（今南京玄奘寺的所在地）。而文物保管委員會保管的這部分，在1973年後被迎至靈谷寺佛牙塔中供奉。

北京迎請的那部分被分為四份：一份供奉在天津大悲院，1957年被轉贈給印度總理尼赫魯，安放在印度那爛陀寺的玄奘紀念堂中；一份供奉在北海觀音殿，*時被毀；第三份則被供奉到成都文殊院；最後一份被供奉到廣州六榕寺，亦在“*”中被毀。

被日本請回的那份，先是安奉在東京增芝上寺，後被移至慈恩寺。1955年，從這份舍利中分出一份，被迎請到臺北日月潭玄奘寺供奉。而後，日本的那份又被分出一份，迎請到日本奈良的三藏院供奉。第八份玄奘舍利供奉在臺灣新竹玄奘大學，1998年迎請至南京靈谷寺。2003年，西安大慈恩寺又從南京靈谷寺迎請了一份玄奘大師靈骨舍利安奉在新建的玄奘三藏院大遍覺堂中。

目前，玄奘舍利在南京玄奘寺、南京靈谷寺等全世界九個地方被供奉。相對而言，南京九華山的那份舍利，自1943年封存後，就一直留在三藏塔下，沒有動過，最為完整。如今，南京在九華山原青園寺、*寺遺址，重建了玄奘寺，玄奘大師的靈骨舍�