，朝廷任命彭玉麟為統領，並沒有官文的名字，那個好名的大學士空喜了一場。

彭玉麟日夜與黃翼升、李朝斌等人計議，擬出了一個章程：統領之下設提督兩員，由黃、李分任；建嶽州、漢陽、湖口、瓜洲、狼山五鎮，設總兵五人；立營二十四個，戰船七百七十四號，營官二十四員，哨官七百七十四員，兵士一萬兩千人。鑑於水師中受賞大銜的很多，而實際營哨官只有八百來名，僧多粥少，不夠分配，彭玉麟又想出一個點子：以大銜借補小缺。按銜高低排，同銜的按資歷排。這樣排下去，許多銜位高達參將、遊擊的，也只能當千總、把總。雖略覺委屈，他們也樂意。銜是空的，職務才是實的，千總、把總雖低，總比那些有銜無職的要強多了。長江水師原有兩萬人，彭玉麟對這支人馬作了整頓。沒有戰功的，疲沓的，走私的，吸食鴉片的，有結黨嫌疑的，統統予以裁撤。長江水師開始有了新氣象。曾國藩對彭玉麟的整頓完全放心，他自己則把主要精力放在吏治上。

他素來服膺王陽明的“破山中賊易，破心中賊難”的觀點，認為正人心、厚風俗、扭轉世風要比破長毛下金陵更難，而世風的好壞主要繫於當政者。最高當政者以自己的人格和才能為表率，默運於淵深微漠之中，慢慢地引起身邊人效法，再向全國各級官吏推廣，這樣就可以形成一種強大的勢力。憑著這股勢力，人心可正派，風俗可淳厚。因而，他自己儘量做到以身作則，試圖以此來感染身邊的幕僚們，把他們培養成好的種子，撒到兩江三省去，影響各府州縣的官吏，從而逐漸把兩江的風氣扭轉過來。為達此目的，他自己辦