有這樣的具有特殊洞察力的東西，他就“在按幾何級數增加中，在‘生存鬥爭’的原則中尋找可以取代這種東西的第二種原因”。為了第一種原因，他引證了馬爾薩斯的話，而為了第二種原因，他引證了德坎多爾的話。由這樣的選擇而形成的特徵，就表現在追趕兔子的長腿狗這一例子上。此外，他還指出了一些其它的例子，闡明按幾何級數增加的道理和由此必然產生出競爭或生存鬥爭的道理。達爾文指出，自然界的選擇雖然選擇出的東西很少（達爾文當時認為，這是由於變異性很少的緣故），但是在選擇時卻要嚴格得多，因而也要可靠得多。

於是，在人的選擇和自然界的選擇之間就畫了一條平行線。但是達爾文預見到，他在這方面將遇到兩種主要的反對意見：一、差別的大小；二、家養的變種彼此雜交的生育力大的情況和自然界的物種雜交的不育情況。這迫使他花去很大篇幅來研究在物種相互雜交時不育的問題。他在《概要》中證明，不育的情況並非總是物種的特徵；不育的情況在種族雜交時也會遇到，相反，在物種雜交時卻往往有生育力，而且還存在各種程度的不育情況，換句話說，這裡存在著各種過渡階段。他還預見到理論上的其他難處；象眼睛或耳朵這樣複雜而好看的器官怎麼能發展呢？啄木鳥的各種適應性是怎樣產生的呢？何處能找到從簡單到複雜的過渡呢？

看來，達爾文對本能的發展這一問題特別感興趣。《一八四二年概要》表明，關於這個問題他已經蒐集了數量驚人的材料：在自然界中的大量觀察以及獵人和畜牧學家實踐中的大量例項。不過他在這裡有意識地把自己的任務侷限於：他不是過多地立意要弄清楚本能的起源（就象他不向自己提出生命的起源問題一樣），只是想說明覆雜的本能是從簡單的本能逐漸發展而來的。他認為，複雜的本能第一能夠由成為逐漸遺傳下來的習慣形成，第二能夠由本能的天生變化所形成，而不受任何習慣的影響。他接著對人工選擇和自然選擇的比較作了總結。

他在這裡說道：“如果承認野生動物有時會發生變異的話，那麼當我們看到人們為了不同的目的而得到的成千上萬種的生物也在發生變異時，對此又怎能表示懷疑呢？如果承認，這樣的變異有成為遺傳的趨勢，而我們只要想起容貌和神情的相似之處——繼承下來的疾病：畸形和形成的無數種族（白菜有一千二百種之多），我們對此又怎能表示懷疑呢？我們假定，選擇是不斷進行的，而在注意到食物的用量是固定不變的平均數，注意到生殖力卻是以幾何級數在進行著時，有誰會懷疑呢？我們假定，外部條件是在變化著的，如同所有的生物學家所斷言的那樣，這些條件過去發生過變化，而且現在繼續在發生變化，那麼，如果自然界的任何規律都不加以阻礙，有時就可形成不同於親體的種族………”。達爾文在這裡又一次提醒人們注意到最近幾年在培育品種方面所取得的成績，並作出結論，人可以無止境地對品種加以改變。他繼續說：“因此，在比人要聰明得多的這一自然界的選擇力下，那些最有適應性的種族，根據它們對外界自然以及對周圍其它生物的要求會成為另一些物種。”

根據擬定的提綱，下面他應該議論物種起源的各種證據。在《概要》中，他是從討論地質上的證據開始的；一些人贊成他的學說，另一些人反對他的學說。在《概要》中，他是從談這樣的想法開始的：組成生物的地質學上的序列所根據的那一大綱，換句話說，即在一系列的地質時期裡實現一些生物代替另一些生物所根據的那一大綱，與一切生物假如真的起源於共同的祖先才會有的那個大綱是異常相似的。因此，在這裡堅持單獨的始終如一的創造行動，也就等於堅持每個星球的執行都是事先單獨規定好的，而不是應該遵循普遍的萬有引力定律。

他後來也談到一些困難。根據理論，新物種的出現在時間上應當是非常緩慢的。地質上的事實卻說是突然的出現。但是產生這種現象的原因只是由於地質年鑑不完全。而絕滅的型別本身（如地質學家布克蘭早已指出的那樣）不是屬於現代的某些綱，而是介乎綱與綱之間的東西，這是與理論完全一致的。

達爾文正是在這個時候孜孜不倦地撰寫自己的地質論文，其中大陸的升降問題就具有這種作用。他把自己的考察和有關這些考察過程的想法，同地質年鑑不完全的思想作了比較。而且他在自己的《概要》中說明，這種不完全是由於雖然在海底升高的情況下，大陸空間的增加會加劇物種形成的過程，但是大量的侵蝕（水流、風等對沉積層的沖刷）不能使遺蹟保留；而陸地的下沉雖然對儲存沉積層有好處，