兵力攻打劉樹元的新壘，投降過來的部隊畢竟缺乏底氣，首先潰散。劉樹元率部在黃昏時突圍而出，找不到先前渡水過來的船隻，半夜潛行返回，進入已空的壁壘，繼續堅守，與太平軍相持。何培章和劉元吉兩員降將為他供應糧食，太平軍一時無法推進。

1864年，同治三年（6）

吳人傑不肯讓李世賢進入溧陽城，是因為他已有了向清廷投降的想法。他於3月9日向郭松林投降。湘淮軍於3月9日進佔溧陽。

3月10日，湘淮軍進軍金壇，於3月11日在溧陽東北方二十五里處的楊巷打敗天國劉王和襄王的部隊，向北追逐六十里，直達金壇南門。

常州的太平軍將領陳坤書正好從丹徒和句容集結了十多萬兵力，環繞常州城北，修築了幾十座堡壘，每天向劉銘傳部發起攻擊，屢次被湘淮軍擊退。

攻打烏鎮的太平軍，由於久攻不克，於3月14日越過烏鎮攻打桐鄉。蔡元吉領兵出戰，將太平軍打敗。

3月17日，廣德州的太平軍棄城東奔湖州。自從湘軍和湘淮軍在蘇州、杭州和天京發起攻勢以來，左宗棠和他的謀士們，都非常顧忌駐紮在廣德的太平軍，因為這支部隊隨時可以對杭州、天京和徽州一帶發起攻擊。

曾國藩認為湘軍兵力不足，暫時不宜發起攻擊。但廣德一地，總是令湘軍大帥們惴惴不安。現在太平軍自動撤走，才知道他們並沒有多大的能量。曾國藩的謀士們提議讓鮑超率部進攻句容。而鎮江駐軍將領馮子材等人，也出動大量兵力助攻句容和丹陽。

3月22日，蔡元吉所部將太平軍追到爐頭，蔡元吉衝鋒陷陣，手掌中槍斷裂。但他繼續揮軍前進，掃平十座太平軍壁壘。

3月23日，太平軍前來進攻，湘軍又將太平軍打退。太平軍湧向江陰的南閘。

3月的江南陰雨連綿，降雨二十來天。程學啟的心情和天氣一樣陰沉。他的部隊圍攻嘉興，打的是一場惡戰，仍然久攻不克。程學啟發了狠心，在炮臺上坐了三天三晚，親手發射田雞炮，擊斃大批太平軍。黃文金從湖州率部增援廖發，程學啟派張家瑜等部將黃文金部擊退。

程學啟為了早日解決戰鬥，於3月25日命令部隊發炸炮轟城，擊毀三面城牆。江福山的水師開進南湖助戰。程學啟催促將士從缺口登城，只見部隊在太平軍的火力下大片地倒下。程學啟羞憤不已，親自上陣，越過浮橋，向城上攀登，被子彈擊中左額，軍士們將他抬回軍營。

將領們見程學啟如此玩命，都不敢怠慢。潘鼎新、劉秉璋和李朝斌相繼率部猛攻，向城內扔火。烈火熊熊，太平軍大亂，互相擁擠，犧牲者多達幾千名，其中包括兩員大將。湘淮軍進佔嘉興。

江福山的水師在混戰中俘虜了太平軍將領，清廷嘉獎江福山，將他以總兵簡用。

3月26日，烏鎮的太平軍聽說嘉興已被湘淮軍攻破，擔心遭到湘淮軍與湘軍的夾攻，連忙西撤湖州。

左宗棠早就想對杭州發起第二次總攻，由於有了和平進佔杭州的可能，一直按兵未動。

駐守杭州城的天國聽王陳炳文，一度打算投降，曾派族兄陳大桂前往蘇州請降。李鴻章給左宗棠寫信，請他妥為處置。但是陳炳文忽然改變了主意，殺死了杭州城內的內應。左宗棠知道陳大桂提出投降是緩兵之計，便派陳大桂進城，責成陳炳文如約獻出杭州城，並且解散部隊。但是，城內長久沒有迴音。

現在，湘淮軍已經攻克嘉興，左宗棠不想再等下去，便令蔣益澧對杭州發起第二次總攻。

3月27日，左宗棠指揮部隊猛攻餘杭鎮，開炮轟城，天國裕王中炮身亡。

倉前的太平軍發起猛烈的反攻，從橫渡橋包抄湘軍，擊斃湘軍將領蔡盛恩和古捷芳。林珠康和熊飛率部內外衝突，才將倉前的太平軍擊退。

這時候，餘杭鎮的太平軍已經悄悄將輜重和婦女轉移到城外。左宗棠得到哨探的報告，知道太平軍將要撤離，令各部嚴加防備。

同一天，陳坤書所部對常熟發起了攻擊。3月28日又進兵攻擊福山。所過之處，放火焚燒，運走財物。於是江陰、無錫和常熟又捲入戰火，太平軍在蘇州以北衝突往來。

李鴻章派飛馬送信，命令郭松林放棄對金壇的攻擊，火速返回蘇州增援。令李鶴章率部駐守無錫，又調三路兵力協防常熟。於是，李昭慶和鄭國魁率部從嘉興北進，賈宏材率部從無錫東進，符信率部從蘇州北進，都向常熟靠攏。

太平軍果然分兵攻擊無錫，被李鶴章的部隊擊退。攻擊江