大權時,一方面玩弄權術打擊、排擠黨內的元老,另一方面又極力排擠在國民黨內的中國共產黨人士。為了排擠共產黨,擴大自己的實力,牢牢地控制黃埔軍校的軍權,蔣介石製造了1926年3月20日的“中山艦事件”。3月18日,蔣介石指使孫文主義學會的骨幹分子、海軍學校副校長歐陽格,用黃埔軍校駐省辦事處的名義,向海軍局代理局長、共產黨員李之龍傳達了一道命令:“轉奉校長命令,著即通知海軍局迅速派得力兵艦二艘,開赴黃埔,聽候差遣。”中山艦按照命令於3月19日凌晨到達黃埔。蔣介石以此為藉口,宣稱共產黨“陰謀暴動”,“企圖推翻國民政府,建立工農政府”。蔣介石還故意表示驚訝,並矢口否認他曾下令調遣中山艦到黃埔候用。第二天,他下令扣押中山艦,逮捕李之龍,並拘捕了黃埔軍校和第一軍中的共產黨員,軟禁了政治部主任周恩來。又派劉峙率軍隊包圍了省港罷工委員會,收繳了糾察隊的槍支,同時又包圍了蘇聯顧問住宅,監視蘇聯顧問,斷絕其交通。後來經過中共的交涉和嚴正抗�