起了至關重要的作用。

郭嵩燾與左宗棠的私人情誼隨著左宗棠的不斷建功立業而日益密切，而擺脫“樊燮京控案”是左宗棠事業上的分水嶺，也是二人關係融洽達到頂點的標誌。

咸豐八年（1859年）冬天，性格張狂的左宗棠因湖南承州鎮總兵樊燮不肯向其行禮而對其斥罵，並說動湖南巡撫駱秉璋將其革職查辦（左此時只是師爺，雖說深受駱秉璋器重，代行撫事，但要總兵向其行禮實是逾矩，將樊革職更是過分）。樊燮不服，向有著姻親關係深受咸豐皇帝器重的湖廣總督官文控訴。官文素與駱秉璋有隙，想借機打擊駱秉璋，便上奏朝廷參劾左宗棠橫行不法。在這個左宗棠可以說等於要掉腦袋的時刻，恰好當值南書房的郭嵩燾聽到了訊息，立刻四處求援，並請求同值南書房的潘祖蔭上奏求情（郭不親自出馬是為了避嫌），潘祖蔭力陳左宗棠任幕府時的“實幹”，並稱“國家不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠。”經過郭嵩燾在內的湘軍集團的不懈努力，左宗棠不但成功的逃過一劫，並且被授以四品銜，隨同曾國藩襄辦軍務，從而正式走上了建功立業的道路。這是左宗棠命運與事業的轉折點，郭嵩燾可以說功不可沒。郭嵩燾對這一事件做出的果斷而富有見地的第一反應，不但使左宗棠脫離了殺身之禍，而且使左宗棠步入了能夠充分發揮才能建功立業的康莊大道。從某種意義上講，郭嵩燾對左宗棠有著救命之恩，左宗棠自己也承認：“……郭筠仙與我交誼稍深，……此誼非近人所有。”

郭、左二人因同鄉而結識為友，由於時局的發展而成為至交，同時還是屬於同一軍事政治集團湘軍的盟友，這樣的關係本來應該是堅如磐石，但誰也沒曾想到，二人的關係後來竟然到了絕交的地步。

同治四年（1865年）郭嵩燾署理廣東巡撫，被籌餉、治軍、內政搞得筋疲力盡的時候，左宗棠率軍入閩，追剿太平軍餘部汪海洋部和李世賢部。儘管最後二人合作剿滅了太平軍餘部，但二人的私交卻因此決裂。

郭左二人的芥蒂始於同治四年三月，太平軍餘部進入閩南漳州，對浙江和廣東都構成了極大的威脅，當時左宗棠所部駐防於閩省東北，由於太平軍轉進江西的去路已然被截斷，太平軍極可能入粵，作為廣東省百姓衣食父母的郭嵩燾憂心如焚，派人去請淮軍的郭松林部和楊鼎新部由海道前往廣東協防。而時任閩浙總督的左宗棠為了防範太平軍汪海洋部轉進浙江，李世賢部逃往臺灣，奏調婁慶雲部、席寶田部由江西進入廣東協防，而且軍餉由廣東負擔。而郭嵩燾認為婁慶雲軍應“專責嚴防江境”，於是奏請婁軍停止入境，結果惹得左宗棠大為不快。

隨著軍情緊急，郭嵩燾仍力促淮軍入境，防堵太平軍，而左宗棠則奏請淮軍回防江蘇，堅決不歡迎老對頭李鴻章的淮軍部隊到來，同時，為了閩浙的安全起見，左宗棠甚至打起了“以鄰為壑”的主意，想要把太平軍餘部盡數驅趕入粵，結果和郭嵩燾發生了激烈的爭論和衝突。不久朝廷任命左宗棠節制閩、浙、粵三省軍務，左宗棠從法統上取得了督粵的權力也就是領導郭嵩燾的合法性。為了不讓郭嵩燾再阻礙自己，左宗棠連上四折參劾郭嵩燾，不過不是說軍事佈署上的事，而是稱郭嵩燾“籌餉不力”，尤其責備粵省督撫不和，“至督臣之於撫臣，雖有節制之義，然分本等夷，彼此當以協恭為尚。遇有意見不和，則力爭之，退則依然朋友之素，此和而不同之君子也。若必以相忍為和，則樹黨養交，弊從此起。臣下之利，非朝廷之利，臣愚以為臣下意見不妨時有，而是非要不可不明。”並且在摺子裡還提供了廣東巡撫的候選人，迫使朝廷罷免郭嵩燾的意思非常明顯。結果郭嵩燾被免職，被迫歸鄉閒居。

對於左宗棠的作法，郭嵩燾直到現在也還都想不通：

“……最不可解者，與某公至交三十年，一生為之盡力……嗣是一意相與為難，絕不曉其所謂，終以四折糾參，迫使去位而後已。意城在湖南寓書告其某公力相傾軋，問有所聞否？鄙人尚責其不應聽信浮言，迨奉解印之信，始知其四折相逼之甚也。”

郭嵩燾想不明白，二人同為湘籍，更有姻親之誼。諺雲打虎親兄弟、上陣父子兵，於私於公，左郭二人都應和衷共濟，共襄軍務為是，卻不曾想左宗棠竟然做得如此出格，令郭嵩燾憤恨不已。

更加過分的是，左宗棠隨後還給郭嵩燾發了一封私函：“遇有齟齬，應據實直陳，各行其是，惟因爭權奪勢相傾軋則不可耳。……”

“閣下力圖振作，而才不副其志，徒於事前諉過、事後彌縫，何益之有？”