候，孫傳芳把軍隊集中到江西，想從側翼攻擊北伐軍，撿個便宜。而徐飛狐見孫傳芳部主力回贛集結，決定提前實行對贛作戰計劃，六月中旬，程潛率第六軍，進攻銅鼓、修水，直搗德安，截斷南得路，六月二十日，第六軍攻克守備空虛的南昌城，震驚了敵人，孫傳芳忙調集各路大軍猛攻南昌，由於第六軍孤軍深入，後援跟不上，所以被迫突圍，損失慘重。

七月一日，徐飛狐制定了《肅清江西計劃》，將江西北伐軍編為左、中、右三路，徐飛狐自任總指揮，左路指揮官為李宗仁，中路指揮官為程潛，右路指揮官為朱培德，劉峙任總預備隊指揮官。按徐飛狐的計劃先掃清南昌外圍，再合攻南昌。李宗仁率左路軍，自鄂城大冶一線入贛，沿長江南岸東進。在不到一個月的時間內連挫若溪、德安、王家輔之強敵。先後殲滅孫傳芳精銳部隊謝鴻勳師和盧香亭部，擊潰陳調元部約三師之眾。稍事補充後，繼續肅清贛北孫傳芳部。在程潛所率第六軍的協同下，經馬回嶺、塗家埠等戰鬥，進抵南昌城下。

同時何應欽的第一軍也向福建方向進攻，征討孫傳芳的第四方面軍總司令周蔭人部。在鬆口戰役中，周蔭人把部隊重點放在了北伐軍的必經之路，一幅要與之決戰的姿態。何應欽也隨即改變部署，命令劉志丹率領第二師，動用迂迴戰術，先攻克敵軍總部所在的永定城，迫使周蔭人越牆逃遁。敵軍心渙散，北伐軍共殲滅、招降其四個師。此役，北伐軍贏得十分不容易，因為北伐軍與周蔭人部兵力之比是2：5。五天後，徐飛狐親自發表講話，表揚何應欽，稱讚他“能從容應付，完全消滅敵軍主力，因此預測到此次北伐之目的，一定可以達到。”鬆口戰役後，東路北伐軍就未曾遇到什麼激烈抵抗，進展十分順利。

八月，北伐軍三路大軍會攻南昌。有了武昌的經驗，北伐軍先用密集火力攻擊一點，然後步炮協同，配合空軍。於9日佔領南昌，經過此役，孫傳芳在江西的十萬主力部隊全被北伐軍殲滅。

八月十日，北伐軍總司令部移駐南昌，即令何應欽的東路軍北伐，掃蕩孫傳芳在福建、浙江的兵力。九月，何應欽的東路軍攻下福州，何應欽升任東路軍總指揮，轄六個縱隊，數十萬大軍，白崇禧為其前敵總指揮，由福建進浙江、上海。九月，東路軍在錢塘口上游的蘭溪附近擊潰敵軍後乘勝追擊沿桐廬、諸暨、富陽一線挺進。二十五日，孫傳芳的孟昭月部退往嘉興，東路北伐軍開進了杭州，接著向淞滬挺進。

由於共產黨組織了十萬工人舉行罷工和示威，這時通往上海的道路上已基本無仗可打了，道路已完全暢通。儘管軍閥孫傳芳的軍隊進行了殘酷的鎮壓，砍下了一百多顆人頭，但仍未能擋住革命的浪潮。這時在上海的帝國主義國家有些發慌了，英國宣佈派三個旅去上海，美國也小心翼翼的從關島調了二百五十名陸戰隊員到上海。另有一千五百名美國軍隊和一千五百名日本軍隊在上海登陸，以增援英國部隊。租界裡也架上了鐵絲網和修築了鋼筋水泥碉堡。形式開始變的微妙了。

徐飛狐首先讓周恩來出面，向各國發出了一個照會。北伐戰爭屬於是中國的內政，任何國家均無權插手。若有國家插手的話，將視其為對國民政府的挑釁行為，請不要懷疑北伐軍使用武力正當防衛的決心和能力。同時向他們保證，北伐軍將保護友好國家的人民的生命財產安全。並派遣陳友仁協助周恩來與各國政府的駐華代表進行協商。

在外交努力的同時徐飛狐還命令東路軍做好全面進攻的準備，並命李宗仁率部急調至淞滬地區。另命潛艇部隊到達上海海底進行遊弋；空軍之轟炸機、殲擊機中隊全部轉場到達上海附近地區待命。

最後雙方達成諒解，各國軍隊撤出上海，而租界內的各國僑民的生命財產安全，國民政府必須保證。至於廢除不平等條約等問題待以後談判解決。

程潛部為西路軍總指揮，統率第六軍、第二軍（軍長魯滌平），獨立第一師（師長賀耀祖），沿長江南岸前進。北伐軍望風披靡，，程潛部進展神速，九月二十四日攻克安徽當塗。休整了四天，攻擊南京。九月二十九日，總攻擊命令下達，十月一日，各軍分路進入南京，共殲敵三萬餘人。這樣，在不到半年的時間內，北伐軍便席捲了半個中國，革命勢力由珠江流域發展到長江流域。

徐飛狐命令各路大軍休整一個月，之後繼續北伐。

1926年10月1日佔領南京之後，北伐軍事行動暫時告一段落，徐飛狐的主要精力轉向經濟及外交方面。由於北伐太過順利，在極短的時間裡增加了幾倍的統治區域，所以還來有及