目，任意科派，表裡為奸，掠奪商賈，詐騙百姓，禍國殃民，提出應以“六事”作為評價官吏的標準：一是“守”　，二是“才”　，三是“心”　，四是“政”　，五是“年”　，六是“貌”　。到了天啟三年十月，張問達因年老告退，趙南星被皇上任命為吏部尚書。

趙南星上任伊始，便從整頓官紀官風入手。有一個工部侍郎周應秋，一次攜帶著幾幅名畫來拜謁趙南星，乞求趙大人推薦他做工部尚書。趙南星知道他人格卑鄙，便一口回絕了，並讓他把畫帶走，後周應秋投靠了魏忠賢，成為了魏的“十狗”之一。事後，趙南星對高攀龍談及此事，感慨得說：“我入山三十年，想不到士風掃地至此　？”

有一外省縣令，名叫石三畏，素以貪婪聞名，他一心想來京城做官，便四處託人活動　，一日居然求到了汪文言門下，汪清楚他的底細，便把石三畏死皮賴臉多次登門的情形告知了趙南星，趙微微一笑，對汪文言說：“你告訴他，有個京官位子，問他願意不願意去　？那就是——”說到這裡，趙南星臉上閃出調皮神情，“那就是去王府當差　！”按一般常規，十年寒窗金榜題名的進士，第一個理想的去處便是翰林院，有句諺語道出了當官的捷徑：非進士不入翰林，非翰林不入內閣。除了入翰林院外，新科進士還可進各部做主事，或去外省任知縣，唯獨沒有派遣去王府的，因為那不是正途。汪文言自然曉得這其中的奧秘，便會心地笑了。

石三畏在吏部尚書那裡碰了釘子，便轉身投靠了魏忠賢，並認魏為父，一次家宴上，他請魏觀戲，竟陰差陽錯地點了一出《劉瑾醉酒》，魏忠賢知道劉瑾是前朝的內閹，掌司禮監，權勢熏天，後因圖謀反叛被處死，便以為石三畏是有意影射自己，登時勃然大怒。……

趙南星上任時間不長，嚴掃官吏貪賄請託之風，秉公淘汰庸吏，如風行斧斷，令百官驚悚，於是上到內閣，旁及其它五部，內至宮中二十四監，都聞風肅然，沒有不畏懼他的剛毅嚴厲。

與此同時，趙南星還勇於納新，他準備請高攀龍楊漣左光斗掌管都察院，負責監察百官、彈劾不法之徒；請陳於廷為吏部侍郎，調兵部郎中鄒維漣入吏部，調南京吏部員外郎夏嘉遇進中央吏部文選司；請魏大中袁化中掌管六科、稽查六部的違誤；請李邦華孫居相主管兵部，請王之寀掌管刑部。這樣一來，政府的主要部門便都控制在正派清廉的東林黨人手中。

為此趙南星寫了《再剖良心》一疏，疏中坦言他此次整肅官吏，吐故納新，實是形勢所迫，是因為有司之貪已成風；而他在吏部都察院及其他部門安插新官員，也並非結黨或排除異己，而是出於公心，以國事為重，“臣老矣，幸而良心還在　！”

他還特地以魏大中袁化中為例，指出禮科給事中魏大中清廉如水，每當早起入朝時，便鎖緊房門；如有外吏來家贈送禮物有所請託的，一律舉發毫不留情，因此送禮者無人敢登門，其潔身自重至此。時下“卹典”冒濫，卹典本是朝廷對已故高官在葬禮上的一種禮遇，可有的高官子弟，為了使祖上風光榮耀，不惜賄通主管官員，明明不夠條件卻要力爭，而魏大中對此深惡痛絕，他主管此事，堅持按典制或規定執行，不怕得罪任何人。而河南道御史袁化中，心憂天下，天啟初年曾上疏皇上，直言不諱提出了當時的八種弊病，一是宮禁鬆弛，例如客氏長留宮中；二是言路漸輕；三是法紀疏忽，例如王安之死；　四是賄賂公行；五是邊疆漸壞；六是職掌漸失，例如有的閣臣與宦官交通；七是宦官權力漸盛；八是人心漸離，今日讀起來仍感到切中時弊，更為可貴得是，袁御史居官清廉，一塵不染。……

趙南星此次整頓官風，提拔雋才，博得了朝內外有識之士的歡迎，卻惹惱了投靠魏忠賢的一些官吏。以刑科給事中傅魁為例，傅是萬曆四十一年進士，為人輕躁，有文才，先前看到東林勢大，內閣及六部都掌握在東林黨人手中，便依附了東林，後他結識了魏忠賢的外甥傅應星，彼此認了同宗，便開始事事與東林作對起來。他先是譏諷趙的這次整頓是“趙高禍秦”　，趙指趙南星，高指高攀龍，顯然是把二人主持的這次行動，誣衊為類似秦朝的宦官趙高禍國；接著他揪住鄒維璉調往吏部一事，大張旗鼓地向趙南星發難。

鄒維璉原任兵部員外郎，江西南昌人，為人清廉，有才幹，大節可觀，趙南星準備調鄒到吏部，任稽勳司郎中。按當時的不成文慣例，這種調動須先徵得被調動人的同鄉言官的同意，鄒是江西人，傅魁是江西籍的言官，然而趙南星討厭傅的為人，並沒有主動與傅打招呼。於是傅魁十分不滿，認為