將楊奉和韓暹的追兵打得大敗。

十月，曹操為了徹底解除楊奉的威脅，親自率軍征討楊奉，楊奉再次被打敗，只得同韓暹一起帶著餘部南逃，投奔袁術去了。楊奉的大將河東人徐晃，字公明，頗有膽識。當初在長安時，曾勸說楊奉護衛獻帝東歸洛陽；到洛陽後，當韓暹、董承鬧矛盾時，又曾勸說楊奉歸附曹操；這時見楊奉大勢已去，便乘機脫離楊奉，投歸了曹操。

許縣在今河南許昌市東，秦漢時為穎川郡地。曹操將獻帝迎來許縣後，即將這裡定為都城，直到建安二十五年（220）曹操去世、曹丕取代獻帝建魏、將都城遷到洛陽為止，共在這裡建都二十五年。黃初二年（221），曹丕將許縣更名許昌，仍為五都（長安、譙縣、許昌、鄴城、洛陽）之一。獻帝剛來許縣時，由於尚無宮殿，因此暫住曹操軍營中。待宮殿、宗廟建好之後，獻帝才從軍營搬出，住進了許都。

九月，曹操被獻帝任為大將軍，封武平侯。大將軍是將軍的最高稱號，為中央政府的執政者，自武帝以來，只有少數皇帝最為信用、最有權勢的大臣才有資格充任，權位常在三公之上。武平侯是縣侯。漢代侯爵承秦制共分二十個等級，功大者封一個縣，功小者封一個鄉或一個亭。曹操最初襲費亭侯，只有一個鄉亭的封地，在侯爵中等級最低，現在升為縣侯，連升了若干級。曹操因循舊例，接連上表表示謙讓。其中《上書讓增封》說：

無非常之功，而受非常之福，是用憂結。比章歸聞，天慈無已，未即聽許。臣雖不敏，猶知讓不過三。所以仍布腹心，至於四五，上欲陛下爵不失實，下為臣身免於苟取。

“比章歸聞”，謂接連遞上奏章表述自己的心情。“天慈”指皇帝的恩惠。從“讓不過三”、“至於四五”等語來看，曹操在很大程度上只是為了做做謙讓的樣子。文辭雖仍極恭謹，但已了無謙卑之色，流露出一種自信矜持的口吻，與上書讓費亭侯時已有不同，表明曹操大權在握，已今非昔比了。

曹操左右的部屬也得到了封賞。荀彧被進升為侍中，代理尚書令。尚書令為尚書檯的長官。尚書檯本是皇帝私府中掌管收發文書的小機關，自武帝以後地位日漸重要，成為朝廷行政事務的總管，頗有實權。尚書檯常由地位比尚書令更高的官員加上“錄尚書事”、“領尚書事”的頭銜來加以總管，曹操這時實際上是將自己“錄尚書事”的職權部分地移交給了荀彧。從此，曹操外出征伐時，朝廷中樞的大政就交由荀彧來排程處理。獻帝從這時起，就成為曹操手中的傀儡了。

自獻帝西遷長安後，朝廷的典章制度蕩然無存，都許後才又慢慢重建起來。原泰山太守、因未完成接應曹操父親曹嵩的任務而逃到袁紹那裡去的應劭，在這方面發揮了重要作用。建安元年（196），他刪定律令為《漢儀》上奏。當年曹嵩被殺，嚴格說來應劭並無責任，他只不過到得晚了一點，看來曹操對這件事採取了實事求是的態度，並無追究責任的意思，因此在建安二年（197）透過獻帝任命應劭為袁紹的軍謀校尉。應劭又綴集所聞，著《漢官禮儀故事》上奏。凡朝廷制度、百官典式，大都是依據應劭的建議建立的。

獻帝東遷後，因幾經波折，宮中食用睏乏，曹操經常向獻帝進獻食品和器物。獻帝還在洛陽時，曹操就曾向他進獻過縫帳二頂，絲線十斤，山陽郡所產的甜梨二箱，椑棗（一種青黑色的棗）二箱。獻帝都許後，曹操更是經常進獻，其中有順帝時賜給他祖父曹騰的家藏器物，也有屬下陸續搜尋到的一些宮中流失的器物。僅《太平御覽》、《藝文類聚》等書極不完全的記載，曹操進獻的器物就有：

盛四石的銅器四隻，盛五石的銅器一隻；

皇帝用的純銀粉銚（取粉的用具）一隻，藥杵臼一具；

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第五章挾天子以令諸侯（6）

銅熨斗二枚；

皇帝用的物件30種，其中有用純銀雕刻三條帶子鑲在上面並漆上圖案的書桌一張，用純銀做成三條帶子鑲在上面的臺硯一個，圓硯大小各一個；

皇帝用的漆上圖案的皮枕頭二個，貴人、公主用的黑漆皮枕頭30個；

皇帝用的物件30種，其中有純金香爐一個；貴人、公主用的純銀香爐四個，皇太子用的純銀香爐四個，西園貴人用的銅香爐30個；

皇帝用的雜物，有純金痰盂一個，油漆的圓痰盂四個，貴人用的用純銀做成三條帶子鑲在上面的痰盂30個；

皇帝用的物件30種，其中有供上車踏蹬用的漆繪圖案的兩重幾大小各一個；