衛生部合併。

最終政府組成部門是二十二個，即財政部，外交部，國防部，內政部，工業部，商務部，司法部，勞工部，交通運輸部，文化教育部，農林水利部，國土資源部，科學技術部，郵政和電訊部，環境和資源保護部，民政和社會保障部，城市規劃發展和建設部，衛生和公眾服務部，公用事業和住房保障部，青少年事務和體育部，退役軍人事務部，國家儲備銀行。

而根據憲法修正案，未來的國務卿和副國務卿只能由這二十二個政府組成部門的部長擔任，而這二十二個部門的排名也是非固定的，哪個部長被任命為協調工作的國務卿，即哪個部門上升為第1部門，而副國務卿可設可不設，若設立副國務卿則最多不能超過五人，誰的任命在前，即誰的排名更高，若國務卿出缺，在新國務卿未任命之前，由五位副國務卿按順位主持工作。

此外此次改革案若成功透過，被外界認為將會極大的增強權利，甚至期取權可能還將超過普通政府部門職權的國家特別管理機構則共有八個，分別為國家戰略安全委員會（國安委）、少數族和宗教事務管理委員會（少宗委），海外事務及僑務管理委員會（海僑委），國有資產監督管理委員會（國資委），國家災害預防及救治委員會（災救委），公共新聞和資訊資訊委員會（公信委），金融證劵業監督管理委員會（金證委或金監委），國家經濟政策委員會（國經委或經政委）。

從這些機構的名稱中可以看出，多是跨行業，跨地域，跨民族的大涉及面的協調管理工作，且有些機構帶有一定的監管功能和政策性制定指導功能，而且按照憲法修正案的規定，這些部門是國務卿唯一沒有任何管理甚至協調許可權的。他們只會對總統負責，這些委員會成員當中甚至可能直接包含有具備一定相關職能的其他政府部局辦首長級官員。這正是被人普遍認為這八大委員會將變得比普通部門職權更重的原因之一。

政府直屬機構則包括廉政總局，稅務總局，移民管理總局，海關總局，工商行政管理總局、海洋事務和漁政管理總局，質量監督及檢驗檢疫總局，出入境管理總局，審計總局，國家電力管理總局一共十個，這十大直屬機構將共分三極，及總局為第一級，而省（直轄市、自治區）設支局為第二級，而市縣則會設立分局為第三極，需要注意的是很明顯可以看出這十大機構全是屬於垂直管理機構，不與地方政府發生太多行政上的關聯，而且這十個政府直屬機構幾乎全部具有檢查、監管、執法等強權性質功能中的至少一項權利，也正是因為這一功能，使得這種垂直管理方式成為最好的選擇，以便其地方分支機構儘量不受地方政府幹擾。

此外就是中央情報局，中央警衛局，國家統計局，國防科技工業局，國家糧食局，國家能源局，國家電影管理局，國家博彩行業管理局，國家氣象局，國家信訪局，國家專利屬權局（含管理專利，商標，智慧財產權等所有專屬權利的職能局），國家鐵路管理局，國家戰略物資儲備局，國家安全域性，國家科學院，國家工業研究院，國家社會科學院共十七個國家職能局。

這些國家職能局有兩大特點，一是有很多職能局不會有下屬分支機構，即便是有，多半也不會按省市分設，而會根據需要按大區甚至只在部分重要城市設定，如國家鐵路局就將可能在國家級的大型鐵路樞紐站所在以大區劃分設立至少八個鐵路分局管理國家鐵路網的運營。來有更特殊的如國家安全域性和中央情報局的設定可能只有等級足夠的人才會了解到他們的分支機構到底是如何設定的，設定在哪。

另外一個特點就是其中一些職能局很可能因為功能的一定重疊性而在事實被置於政府組成部門、特別管理機構甚至直屬機構的管轄下，比如國家氣象局事實上將被置於國家災害預防和救治委員會（簡稱災救委）的領導下，其局長也將會由災救委排名靠前的副主任兼任。而國家糧食局及國家戰略物資儲備局則將被置於國家戰略安全委員會的管理之下。國家安全域性也將重歸內政部領導。信訪局則可能被置於廉政總局的領導下。科學院可能歸於科學技術部領導，工研院則可能歸於工業部領導，而社科院則可能歸於民政及社會保障部領導。

之所以稱為國家職能局，另外一個方面就是體現其地位的特殊，以與普通的部委直屬局相區別，比如財政部的預算局，災救委的地震局，國土資源部的地質堪察局，測繪局，雖然都稱為局，但這些局都是部委直屬管理，其內部構成完全歸屬部門，只是為了體現其相比部門內其他司處級機構的更多重要性而設立的，而國家局即便有一部分會被置於