期間他在給虎克的信中憂鬱地表示懷疑，他能否把自己的思想解釋清楚，因為他這本書的評論者們根本不懂得他的論斷過程。他說：“我開始認為我自己是完全錯了，我成了一個最愚蠢的人，但是我還不能使自己相信，難道賴爾、您、赫胥黎、卡本德、愛沙·葛雷和華生等人也都是蠢才嗎……不管怎樣，時間會說明一切，而且只有時間”。

他在另一封信中寫道：“至於有關這一問題的意見的進展，我清楚地看到它是極端緩慢的，差不多同物種變化一樣的慢。那些暴風雨般的敵對意見正使我變得衰弱起來，我未必還能再有所作為了”。

就在達爾文情緒最低落的時刻，赫胥黎又給了他以意想不到的幫助，達爾文開玩笑地稱赫胥黎是“我的總代理人”。

赫胥黎沒有白白地磨利自己的“爪和牙”。

一八六○年六月“英國科學協會”在牛津召開會議。大家都在談論《物種起源》。六月二十一日牛津的道賓尼博士作了一個報告，題目是“論植物性別的終極原因兼論達文的《物種起源》一書”。主席請赫胥黎發表意見，但赫胥黎拒絕了，理由是“大部分聽眾過於感情用事，這會影響他們進行有理智的判斷，所以不可能在他們面前展開科學討論。”奧溫表示願意從哲學的意義上來考察這個問題。他相信有些事實能夠使公眾斷定達爾文的學說正確到什麼程度。他認為，大腥腥的腦結構就屬於這類事實。他認為，大腥腥的腦同人腦的差異當然比大腥腥的腦同最低等的獼猴的腦的差異要大。

曾經研究過類人猿的腦結構並得出了完全不同結論的赫胥黎，對此發表瞭如下的意見：“我要直接而明確地反駁奧溫先生的這種論斷。我的行動方式雖然不同尋常，但看來是必要的。我將在別的某個場合來證實這一點”。後來赫胥黎履行了自己的諾言。

赫胥黎認為，當在場的廣大公眾對科學問題都是些門外漢時，這種場合就不是進行科學爭論的場所。因此，無論是他還是虎克，當他們聽說在“英國科學協會”的會議上英國的芝威柏特將作一個報告，題目是《論歐洲的智力發展兼論達爾文先生的觀點》，以及牛津的主教韋勃甫司準備“摧毀”達爾文的無神論學說時，他們都不打算出席這次會議，但是赫胥黎偶然遇到了《創造的痕跡》一書的作者詹博思，他請求赫胥黎一定要去參加會議，“不要拋棄我們”，雖然這個“我們”有點取悅於赫胥黎，但赫胥黎卻答應出席會議。出席會議的還有虎克。

韋勃甫司是牛津的主教，數學家，他對自然史瞭解甚少，但是，正如達爾文的朋友們所聽到的那樣，他卻被奧溫“塞滿”了許多反對達爾文的東西。作為宗教界的發言人，他還是很有威望的。因此，當他準備“消滅”達爾文的訊息傳開後，許多人都來參加會議，其中有許多宗教界的人士和女士。

共有七千多人。

這裡我不來詳細描述這次著名的會議，我請求讀者去看一下前面指出的我的那本書。韋勃甫司的演說很吸引人，演說中充滿了對達爾文的冷嘲熱諷，博得了與會者的陣陣掌聲。他預見到赫胥黎將要起來反駁他，因此他在結束演說時向赫胥黎提出了一個問題：赫胥黎教授是否認為他是透過他的祖父或者透過他的祖母而來自猿猴呢？這個問題引起了鬨堂大笑，赫胥黎接受了挑戰，他很鎮靜地指出了這位主教在發言中所犯的許多自然史方面的重大錯誤，然後對這位主教最後提出的一個諷刺性的問題作了如下的駁斥：“一個人沒有任何理由因為他的祖先是一個猿猴而感到羞恥，使我感到非常羞恥的倒是這樣一個人，他浮躁而又饒舌，他不滿足於他在自己的活動範圍內所取得的令人懷疑的成功，而要插手於他一竅不通的科學問題，結果只能是以自己的誇誇其談而把這些問題弄得模糊不清，並且用一些娓娓動聽的但卻離題很遠的議論，以及巧妙地利用宗教上的偏見而使聽眾的注意力離開爭論中的真正焦點……”

赫胥黎的這篇發言給人們留下了深刻的印象。與會者報以雷鳴般的掌聲。英國人應該承認，這位主教由於對赫胥黎的祖母說了那種出自“非紳士之口的”無禮語言而使自己受到應的譴責。

在赫胥黎之後虎克接著發言，他根據自己所知舉了幾個例子來說明主教對植物學的無知，主教沒有提出反駁，會議就結束了。

牛津辯論會的結果大大地振作了達爾文的精神。主教受到的教訓使那些外行的人們不敢再發表膚淺的言論和進行冷嘲熱諷了。毫無疑問，這個教訓在倫敦的輿論界對於捍衛新的學說起了轉折性的作用。辯論會的一個參加者後來告訴達爾文的兒子弗朗