語講授，課本也採用英文教材。此外，因為是中途插班，大學一年級上半學期課程沒學過，他感到有些吃力。經過一個階段適應環境，他依然像在蕙蘭讀書時那樣的堅忍、勤奮與刻苦，終於跟上了課程進度。兩週的試讀總算透過，但拉丁文課程卻讓他吃盡了苦頭。他寫道：……只有一門功課倒苦死我了。什麼功課呢？就是拉丁文。拉丁文字母也沒有學過，先生就要我讀拉丁書的下半本呢，況且拉丁文比英文難得多。所以，我一方面補讀上半本，一方面趕讀下半本。這位教拉丁文的先生又來得兇，他的名字叫巴頓（Barton）。他的聲音怒貌，到今天還留在我的腦筋中！他看見我回答不出，總是突著眼睛，伸著手指嚴厲地說道：“e　on！　e　on！”意思就是“快點說出來！快點說出來！”不過巴頓待我還算好。他知道我沒有讀過上半本，常常叫我到他的房間裡去補習。②一年的功課須半年學完，陳鶴琴讀得實在辛苦。到了學期結束，各門功課成績下來，陳鶴琴每門都及格，惟有拉丁文一門考了59分，下一學期需要補考。可惜，因為轉學，他把這個記錄留了下來。

對於卜舫濟校長，陳鶴琴一向懷有景仰之心。他寫道：卜校長慘淡經營，苦心孤詣數十年如一日，把梵王渡一個小學校變為一個國內著名的大學，五十餘年來，桃李滿中國。現今在外交界、政界、商界、學界服務的不知有多少。他對我國教育事業貢獻宏大。卜校長不僅介紹西洋文化，而且特別注重人格教育，宣揚聖道。他總是苦口婆心，勸人從善，仁愛精神，以身作則。一個外國人能夠如此，我們豈不應該更加如此嗎？這是我當初對於卜校長的景仰，並從景仰中所產生的一種感想。《陳鶴琴全集》，第六卷，第562頁，江蘇教育出版社，1992年1月。然而，聖約翰校園中的另一番景象，卻使得陳鶴琴對自己所懷有的這些景仰產生了懷疑。一方面，這所以培養教會領袖人才的高等學府，藉以激勵、感染青年信奉耶穌並接受“基督化的品格”，並在將來走向社會時發揮“人民的先生和領袖”作用；另一方面，在聖約翰校園中存在著種種不平等，令人產生出憤憤不平的情緒。在聖約翰，一般學生不注重中文學習，因此教中文教師的待遇很差。校中外國籍教師的待遇大大優於教西文的中國籍教師，而教西文的中國教師又較教國文的中國教師要好。教員所住的房子、所享受的薪金待遇分三個等級。國文教員住的是又舊又小的中國式房子，而外國教員住的則是又新又大的小洋樓。

聖約翰的學生中，不乏父母是洋行買辦或官宦人家的闊少，平日裡出入學校以黃包車和汽車代步，他們根本不把國文教師放在眼裡。上國文課的時候，不是在底下讀洋文功課，就是看小說。臺上的國文教師像是低人一等，靠著桌，低著頭，盯著書，講課時連頭也不敢抬一下。有的時候，卜校長走進教室檢視，那些不聽講課的學生才收斂一會兒，裝模作樣把國文書攤開。更有甚者，這些學生給國文教師“搗亂”。有一天，上國文課時，幾個頑皮的學生，在講臺上的桌子三隻腳下都墊了磚頭，另一隻腳懸空。當國文教師講課時，將兩隻手臂靠在桌子上，稍有前傾，桌子就從臺上倒下來。被學生捉弄的國文教師只好赤紅著臉，尷尬不已，而那些學生卻前仰後合，樂不可支。中國人欺侮中國人，學生捉弄先生，陳鶴琴對這種不公平現象感到憤憤不平。他寫道：“這種怕外國人而欺侮中國教師的奴隸心理，我今日思之猶憤憤不平呢！”《陳鶴琴全集》，第六卷，第563頁，江蘇教育出版社，1992年1月。

卜舫濟，這位曾經令陳鶴琴崇拜、景仰的外國校長、虔誠的基督徒卻在15年後的1925年6月，做了一樁令很多聖約翰校友感到蒙羞的事情。五卅慘案爆發後，上海全市人民###、罷市、罷課。6月3日清晨，聲援上海工人的愛國師生在校園中重新升起了被校方取走的中國國旗，聞聲趕來的卜舫濟惱羞成怒，當眾從旗杆上強行扯下，引起了在場師生的一致抗議。人們氣憤得跺腳、痛哭。據記載，有一名學生挺身而出：“您是校長，我們應當尊重；但你是外國人，不應該搶奪我們中國人的國旗。”在卜舫濟交還了國旗之後，人們高喊：“###萬歲！萬歲！萬萬歲！”後來，校方命令學生們到禮堂受訓，但當校長和外國教授到場時，學生們並沒有像平日一樣起立歡迎。震怒之下的卜舫濟校長立刻宣佈學校停課，所有學生馬上離校，學校設施全部關閉。在場學生中的553名本科與附中部學生當即宣誓永遠與聖約翰脫離關係，以後再也不進任何外國教會學校，然後列隊離開。孟憲承、錢基博、張振鏞等17位中國籍教師以