欲在內消除割據分裂的隱患，對外擺脫列強壓迫的危機，必須構建與幕府時代不同，能“與萬國相對峙”的新日本。

對於這個新日本的構架，伊藤博文明確指出：必須建立絕對主義的中央集權體制，“一切政令法度皆出自朝廷”，而其關鍵在於廢除各藩，清除構成“小權”的基礎。

在具體實施上，採取先改革藩政，再“奉還版籍”（即各藩將土地和人民獻給朝廷，不再為自己所私有），最終廢除各藩的漸進式政策。

本來，這些東西，都是萌總裁開始向伊藤博文取經效法的。

萌總裁的華國制度，一方面來自，英國，德國和現代的一些制度，一方面也來自於日本。

但是，現在華國明顯在制度方面走到了日本人的前面。

明治元年十月二十八日（1868年12月11日），明治政府下達“藩治職令”（統一各藩官制，強化政府對藩的監督控制；不受門第和舊習限制，提拔人才；藩政與藩主的家政分離），接著又在木戶孝允和大久保利通一起推行“奉還版籍”；同時要求薩摩、長州、土佐、肥前四藩向朝廷貢獻兵力，設立御親兵；後又實施“廢藩置縣”。在這一系列處理過程中，社會矛盾不斷積累，從總體上看，主要矛盾有：

1、開國政策與“攘夷”派之間的矛盾。在倒幕運動時期，維新派以“尊王攘夷”為綱領，斥責幕府的開國行為是違背天皇意志的悖逆行為。然而在明治政府提出的維新政策中，第三條明文規定：求知識於世界，大振皇基。在攘夷派看來，開國政策背叛了以往道路，不止要討伐夷狄，更要追究政府的責任。他們採取暗殺來清除政府內的開國派。與此同時，開國與對外貿易，不平等交換造成了貴金屬短缺，而貴金屬短缺又引起物價上漲，使得民眾生活水平下降。這使得從武士、農民到市民，整個社會都蔓延著仇視外國人和開國政策的不滿情緒。在後來的叛亂過程中，也多有攘夷派參與。

2、徵兵制、秩祿處分與士族生存危機。如果說開國只是在精神層面上刺激了士族，那麼徵兵制和秩祿處分則從物質方面使士族的生存發生了嚴重危機。這也是西南戰爭的主因之一。在廢藩置縣後，明治政府即開始兵權歸一、軍務歸一的改革，組建鎮臺，重新編制政府常備軍，解散各藩藩兵，完成軍隊國家化。大量的藩兵在此過程中被迫退伍回家，從軍士族大大減少，士族的出路越來越窄。以鹿兒島縣（原薩摩藩）為例，原藩常備軍共計步兵16467人，炮兵511人，其他（輜重、騎兵）1190人。而取代舊藩兵的熊本鎮臺鹿兒島分營，共計常備軍四個大隊，兵員不超過4620人，規模大大縮小。明治五年十一月（1872年12月），政府下達的《徵兵詔書》和《徵兵諭告》剝奪了士族引以為榮的當兵特權，雖然退伍回鄉軍士可拿到一筆遣散費，但仍然引起了士族不滿，明治六年的福岡士族暴動就是一例。

世代繼承的家祿是士族的根本特權之一，明治政府在成立之初雖有想法，但由於涉及到士族根本的生計問題不得不謹慎處理。在舊幕府時代，家祿與“奉公”聯絡在一起，奉公是履行對領主的封建義務，承擔一定的工作，而家祿則是領主對此給予的權利，兩者互相依存。家祿世代繼承，工作職務也世代繼承。但在廢藩置縣後，舊的藩政不復存在，士族們自然喪失了奉公的物件，而此時就形成了單方面領取家祿卻不承擔義務的局面。另外，雖然士族的俸祿已被削減，但仍佔政府年度支出的20…30％（明治六年，政府的地租收入6000萬日元，而家祿支出達1804萬日元），是政府支出中最大的一塊，使政府運轉明顯不靈。政府內部對一年白白支出近2000萬日元的家祿意見極大，從四民平等和改善財政的角度要求處分家祿。明治九年八月，政府斷然實行“金祿公債”制度，徹底廢除士族家祿。雖然士族們得到了一筆抵償金，但大多數人特別是下層士族，都因不善經營而破產，最終淪為勞動力市場上待價而沽的赤貧者。士族們喪失了一切物質上的特權，他們急需維持生計的出路，而他們當中有一部分人不甘與平民為伍出賣勞動力，那麼剩下的途徑只有將危機向海外轉移，加強軍備，進行軍事擴張，將士族們的憤懣和不滿引向海外。

“徵韓論”在日本由來已久，早在江戶時期，部分日本學者就開始歪曲史，聲稱朝鮮來是臣服於日本的，因此日本可以予取予奪。到了幕末，日本就有人提出向海外用兵，獲得與列強對峙的資本，而朝鮮自然而然成為首當其衝的目標。而在政府內部，形成了以西鄉隆盛（明治維新三傑之一）為首的