，返回興安。

劉蓉還牽掛著四川的防務。當貴州的起義軍攻擊南川時，劉蓉增募湘軍二千人，由曾志友和成耀星等人率領，增強秀山和綦江的防禦兵力。清廷任命劉嶽昭為雲南按察使，唐友耕為雲南提督，但兩人都未上任，仍然留在四川駐防。

當時有多路太平軍和捻軍進入湖北境內。而由藍二順率領的順天軍，從湖北鄖西進入陝西，聲言要為兄弟們復仇。

藍二順聯合天國啟王梁成富，於6月份從小路行軍，突然出現在距西安不遠的大峪，把西安的清廷官員嚇了一跳。清廷嚴厲責備劉蓉和李雲麟，並留下穆圖善的後隊在陝西作戰。

這支起義聯軍從長安附近的子午鎮和灃河攻佔戶縣，沿著山腳西行，金順率騎兵攔截，將起義聯軍擊敗。

劉蓉見多隆阿舊部大半已經東援湖北，便調李雲麟所部從興安增援省城。清廷又擔心興安與漢中兵力空虛，令李雲麟部駐紮漢中，扼守華陽、佛坪和留壩一線，以防起義軍進入四川。

李雲麟防得了南，防不了北。聚集在陝南的各路起義軍，在陝西回民的引導下，到達西安以南的杜曲，距西安不過六十里。

6月12日，金順與起義軍在杜曲開戰，在陣中斬殺七百人。起義軍西撤，退守秦渡。彭基品率部渡過灃河，向起義軍攻擊。起義軍奔向西北方向的戶縣，金順和黃鼎率部追趕到周至的祖庵。

1864年，同治三年（14）

雷正綰和陶茂林的部隊在甘肅包圍了平涼，城內的回民起義軍糧食已經吃光，藥材已經用完，緊閉城門，不敢出戰。湘軍搭起雲梯登城，於6月22日攻克平涼。起義軍向西北撤退，防守瓦亭，於6月24日攻克瓦亭。

在此之前，在瓦亭以西的靖遠，回民起義軍首領張保隆向恩麟請降，用計進佔了鹽茶和固原兩城，臬司楊柄鋥和總兵穆隆阿受降。固原位於瓦亭以北，標誌著甘肅北路已無起義軍。湘軍便向南開赴張家川。

西安附近再次告急，太平軍分別佔據樓觀、黑水和西駝峪，軍營綿延四十里。劉蓉將蕭慶高部調到戶縣作戰，由穆善圖部協助。

6月23日，劉蓉出城指揮軍事，大舉徵調各路將領，包括鍾玉勝、曹克忠、孟宗福、何勝必和黃鼎等部，新舊混雜。

6月29日，劉蓉親率劉厚基的湘果營會同穆圖阿的部隊攻擊店子頭的太平軍，被太平軍擊敗，何萬春中炮身亡。王謨、米方多爾和濟蘇彰阿受傷。金順率領騎兵左衝右突，湖南將領唐友勝從側面夾擊，才將太平軍擊退。

從這時起，清廷許多大臣議論劉蓉有名無實，不可重用。清廷下詔垂詢駱秉章的看法。駱秉章回答：有什麼才幹，就給他什麼職務，人人都可派上用場，不能放棄。

6月份，貴州的苗民起義軍攻佔天柱和玉屏。

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太平軍堅守著在浙江的最後一個堡壘湖州，在太湖湖畔發起一系列攻擊。6月份他們多次攻擊長生橋的湘軍軍營，被蔡元吉所部擊退。太平軍又趁虛向東南方出兵，襲擊菱湖的水師。高連升派洋槍隊協助水師防守。正好楊道洽的部隊從餘杭開到菱湖。太平軍見湘軍有援兵到來，便退回湖州。

蔡元吉率部攻打袁家匯，接受了七百多名太平軍投降。劉培元率部攻打太湖塘和楊漊的太平軍壁壘，全部攻破。太平軍向西撤往梅溪和泗安。

湘淮軍的水師和陸師這時駐紮在夾浦。湖州的太平軍向東邊的南潯運動，湘淮軍水師東援。太平軍掉頭前進，西奔長興，企圖與廣德的太平軍會師。郭松林分兵將兩支太平軍擊敗，主力繼續向長興推進。太平軍回頭阻擊，在長興城門口被郭松林所部擊敗。郭松林下令在西北門修造浮橋渡水。

6月26日，郭松林部完成了對長興的合圍，然後發起攻堅戰。太平軍在城內擲火，焚燒湘淮軍攻城的器械。郭松林督促軍士們冒火攀上城牆，付出了傷亡幾百人的代價。

湘淮軍登上城牆後，太平軍從西門突圍逃走，放棄長興。

湖州的太平軍知道已無生路，分兵北上江蘇，另派一支部隊開到南潯，然後集中兵力在荻港抵抗蔡元吉的進攻。廣德增援的太平軍駐紮泗安。楊昌濬部從牌頭開到桐嶺扼守，令劉璈等部從武康西攻孝豐。

黃翼升從淮揚水師返回了長江水師。孫昌國率內湖水師攻克了江西的貴溪。楊嶽斌到達南昌，陸師大將鮑超已經打敗江西太平軍，水師無事可幹。楊嶽斌閒下來了，為了報答左宗棠的知遇之恩，上奏彈劾給左宗棠惹了麻煩的席寶田，說他不聽排程，將