最後，劉伯承要求從基本科做起，來一場思想革命，人人都用三個條令對照檢查自己，制訂出整改措施。他把這種做法叫作“結舊賬開新支，割下麥子種晚稻”。

全院結合學習討論三個條令，進行了一場嚴肅認真的關於作風紀律的檢查與整頓。

在此基礎上，劉伯承因勢利導，領導建立了軍事學院的佇列生活、行政工作和訓練工作制度。

佇列生活制度包括早操制度、內務衛生制度、交接班儀式、升降國旗儀式和典禮閱兵儀式等。劉伯承強調，從軍事學院畢業的學員，應該具有良好的軍人儀表和軍人舉止。他經常在起床號剛剛吹響的時候就來到操場，檢查學員的佇列訓練。發現無故不出操者，馬上命令值班員去找，及時進行批評教育。

劉伯承還深入到學員宿舍，檢查內務衛生，教育學員要愛清潔、講衛生，做到工作有定時，生活有秩序，著裝整齊乾淨，軍人儀表良好。為此，他指爾院務部建立了一個洗衣房，專門為學員拆洗被服，受到了學員們的歡迎。

除此之外，還建立健全了其他一些佇列生活制度。每天清晨和傍晚時，交班和接班人員要按一定的儀式和程式，嚴肅認真地交接工作。每當新的學員科成立，新學員入學或老學員畢業時，都要舉行盛大的典禮和閱兵，請中央軍委代表或由院領導檢閱並講話。

從1951年秋開始，軍事學院每年都要選派一批學員參加首都的國慶閱兵。當這些學員赴京訓練前，劉伯承總要先檢閱一次，檢查他們的訓練情況，要求他們以雄偉氣概走出國威軍威，作正規化的表率。1951年的首都國慶閱兵，就是由高階速成科班主任楊勇高舉著軍事學院的校旗，帶領軍事學院的方隊，走在整個閱兵隊伍的最前列。他們以整齊劃一的動作，雄健有力的步伐透過天安門廣場，受到全國人民的交口稱讚。

行政工作制度包括會議制度、請示報告制度和分工負責的崗位負責制等。劉伯承強調建立健全各級領導機關的工作職責，充分發揮機關工作人員的作用，改變戰爭年代一切由領導者“包打包唱”的現象。為此，他提出了“統一集中領導，單刀直入基層”；“集中領導，分工負責”；“共同學習政治，各自鑽研業務”三個口號。這三個口號概括了他對於機關建設的三個基本思想：機構要精幹，職責要分明，業務要精通。

建院之初，有的領導幹部片面強調“大而全”，在機關“三部一處”（即訓練部、政治部、院務部和幹部管理處）下面設二級部，二級部下面設科，有的科下面還設股。另外，由於缺乏經驗，各學員科也照搬機關的編制，設立相應的機構，使得一個學員科就有行政管理人員20多人。造成機構龐大，層次過多，學員與教職員比例嚴重失調。

劉伯承對這種狀況作了尖銳的批評，把它稱作“疊床架屋，駢枝叢生”，好比人的手上長了6個手指頭。遇有問題時，參謀、幹事靠科長，科長靠部長，部長又靠院領導。就象京劇《法門寺》裡告狀一樣。狀紙一層一層往上遞，官司總也打不了。他多次強調：我們現在是在城市環境中辦學校，不是戰爭年代在農村分片辦學。領導方法要適應這一變化，要學會“彈鋼琴”，克服“單打一”的現象。

為此，劉伯承採取了有力的措施——

裁併編制，砍掉多餘的“一指”。把重疊的組織機構合併，把不必要的中間層次裁去，精簡各級行政管理人員。首先，將機關“三部一處”改為訓練、軍事科學研究、政治、幹部管理、佇列、物資保障六部和秘書、保密、財務三處。這“六部三處”下面一般都不再設第二層的機構。同時，裁減各學員科的行政管理人員，改設協理員協助科主任工作。並撤銷了專供演習使用的教導團。這樣，使得學員與教職員的比例由最初的1：8下降到l：2。3，而領導作風進一步深入，工作效率進一步提高了。

制定各級幹部的工作範圍和工作職責，使他們在各自的崗位上有職、有權、有責，使整個機關在統一集中領導之下，經緯交織，協同動作。劉伯承把這種做法叫作“執事者各司其事”。他說：我們四川有一種風俗，辦婿喪嫁娶等紅白大事的時候，總要找一個聰明能幹的人當司儀，統管各項事務。

每當舉行儀式，司儀照例高喊一聲：“執事者各司其事”。於是，奏樂的奏樂，擺宴的擺宴，接待的接待。因事設人，各盡其責，有條不紊，忙而不亂。

要求機關工作人員努力學習與本職工作有關的各種知識，成為精通業務的專門家。劉伯承指示有關部門開辦文化夜校、理論學習班、俄語