到了明代（公元１３６８～１６４４年），醫藥學家李時珍歷時２７年，完成了中藥學鉅著《本草綱目》，全書載藥１８９２種，成為中國本草史上最偉大的整合之作。

中醫的最高境界是什麼？就是致中和。寒者熱之，熱者寒之。致中和。寒就要讓熱，熱就要寒，結就要散，逸就要勞，勞就要逸。微者逆之，小的你就可以逆它。甚者從之，你不能逆它，你逆它你就崩潰了就沒有了。

上之下之，摩之浴之，薄之劫之，適事為故，恰到好處就好了。以平為期，以和為重，這就是它的一種最高境界。《中庸》一書中至關重要的哲學命題是“致中和”這一思想。《中庸》曰：“中也者，天下之大本也；和也者，天下之達道也。致中和，天地位焉，萬物育焉。”說的是中和是世界萬物存在的理想狀態。透過各種方法達到這一理想狀態就是致中和。

天地就各得其所，萬物便生長發育。可以說中醫學所闡明的“陰陽和合”“陰平陽秘”生理機制正是儒家致中和思想的最佳體現。在這個終級目標下，中醫是用精氣學說、陰陽學說和五行學說，這三大來自中國古典哲學的理論，來具體解釋生命的秘密。

第一個代稱是歧黃。這個名字來源於《黃帝內經》。因其是黃帝與歧伯討論醫學的專著，便稱《黃帝內經》為歧黃之術。自然，歧黃也就成了中醫的別名。

第二個代稱叫青囊。現存知此名字並使用者甚少。它的來源與三國時期的名醫華佗有關。據說，華佗被殺前，為報一獄吏酒肉侍奉之恩，曾將所用醫書裝滿一青囊送與他。華佗死後，獄吏亦行醫，使華佗的部分醫術流傳下來，據此，後人稱中醫為青囊。

第三個代稱喚杏林。這個名字的起始，也與三國有關。有資料介紹，三國時吳國有位名醫叫董奉，他一度在江西廬山隱居。附近百姓聞名求醫，但董奉從不收取錢財，只求輕症被治癒者種一棵杏樹，大病重病被治癒者種五棵杏樹。數年後，董奉門前杏樹成林，一望無際。從此，人們便喚中醫為杏林。

第四個代稱稱懸壺。傳說河南汝南的費長房在街上看到一賣藥老者的竿杆上掛一葫蘆，奇怪的是，天黑散街後，老者就跳入那葫蘆中。為弄清底細，費長房以酒款待，老者後來約他同入葫蘆中，只見玉堂儼麗，甘餚旨酒。費長房即拜老者為師，學修仙之道。數載後，他術精業成，辭師出山，又得壺翁傳贈的治病鞭鬼之竹杖，從此懸壺行醫。從那裡起，醫生掛的和診所前懸的葫蘆，便成了中醫的標誌。在現代醫學傳入中國之後，中醫亦被稱為“皇漢醫學”。在日本中醫被稱為“漢方醫學”。

中醫學理論體系形成於中國古代，受到中國古代的唯物論和辯證思想的深刻影響。對於事物的觀察分析方法，多以“取類比象”的整體性觀察方法，透過對現象的分析，以探求其內在機理。因此，中醫學這一獨特的理論體系有兩個基本特點，一是整體觀念，一是辯證論治。

中醫的基礎理論是對人體生命活動和疾病變化規律的理論概括，它主要包括陰陽、五行、運氣、髒象、經絡等學說，以及病因、病機、診法、辯證、治則治法、預防、養生等內容。

陰陽是中國古代哲學範疇。人們透過對矛盾現象的觀察，逐步把矛盾概念上升為陰陽範疇，並用陰陽二氣的消長來解釋事物的運動變化。中醫動用陰陽對立統一的觀念來闡述人體上下、內外各部分之間，以及人體生命同自然、社會這些外界環節之間的複雜聯絡。陰陽對立統一的相對平衡，是維持和保證人體正常活動的基礎；陰陽對立統一關係的失調和破壞，則會導致人體疾病的發生，影響生命的正常活動。

氣在中國古代是人們對於自然現象的一種樸素認識。早在春秋戰國時期的唯物觀哲學家就認為氣是構成世界的最基本物質。宇宙間的一切事物都是由氣的運動變化而產生的。這種樸素的認識被引進醫學領域在中醫學中逐漸形成了氣的概念：氣是構成*人體的基本物質，氣聚合在一起便形成了有機體，氣散則形體滅亡。

莊子說：“通天下一氣耳”，全天下就是一個氣。有了這個氣就運動，就生生不息，就變化不止。沒有這口氣就完了。中國著名的近代著名的這個中醫基礎教授，內經教授。他說人就這一口氣，這口氣沒有了這個人還在這什麼都沒有了，人這口氣不走，這口氣就在它就是活著。

就你講那個活體的。我們研究的就是有氣的這個活休，有氣的活體。精氣學說是什麼呢？就是說我們中國認為世界怎麼來的？中國的哲學家認為氣一無論。這個地球這個世界是氣來的