在這之前，禮部曾按照萬曆皇帝的意圖上疏奏請：山陵依永陵規制營建，“規制盡美，福祚無疆”。

所謂依照永陵規制，就是佔地面積要寬廣；地下玄宮仿九重法宮之制；明樓用預製石件構成；寶城垛口，殿堂、方城、地面等處，均用花斑石鋪砌；寶城之外，再築一道外羅城；大木、磚石等物料，必須按照標準嚴格選驗。

永陵為萬曆祖父嘉靖皇帝朱厚熜的壽宮。他在位長達45年，陵寢也在生前預建，規模較大，建築也比其他陵墓華麗壯觀。永陵陵院長度為289．2米，寬149米；寶城墳冢面積為51，687．2平方米；陵院面積為41，170．8平方米；不計外羅城內的總面積為92，858平方米。而定陵陵院長度為317．5米，寬150．3米；寶城墳冢面積為41，526．5平方米；陵院面積為42，935．9平方米；不計外羅城內的總面積為84，462，4平方米。

永陵的總面積雖比定陵大8，395．6平方米，但定陵的陵院面積卻比永陵陵院大1，765．1平方米。因而，今天的觀光者，假如有心把永、定二陵作一比較，就會發現定陵比永陵顯得更為寬大深邃，這充分反映出萬曆皇帝對自己壽宮建造要求，也顯示出定陵設計者匠心獨具的聰明才智。假如把定陵和僅隔一里的萬曆父親穆宗的昭陵相比，就更顯出定陵的博大宏偉與昭陵的渺小拘謹。這一點，在定陵預建初期就為群臣所察覺，並引起一陣爭議。當時的侍讀講官朱賡曾向萬曆諫奏：“昭陵在望，制過之，非所安。”對於這個忠懇之諫，萬曆未予理睬，依然諭令工部按原計劃修建。

所謂九重法宮之制，是指我國古代帝王居住和祭祀的宮殿規制。它以縱橫各三，形成一個棋盤型的九宮平面圖。在九宮當中，中央一宮稱太廟太室，中上稱玄堂太廟，中下稱明堂太廟，中左稱總章太廟，中右稱青陽太廟，四角四殿稱作個室。定陵建成的三百年後，從發掘的地下宮殿看，雖然它的個室已經省略，但其基本規制依然是九重法宮的格局。

十三陵除永、定二陵以外，其餘諸陵明樓的樓頂部分全是木質結構，因此經不起風雨剝蝕，都已嚴重損壞。今天看到的長、景、獻三陵明樓，則於1935年和解放初期修繕而成；而唯獨永、定二明樓，雖歷經四百餘年而安然無恙。究其原因，就是因為整個明樓頂部，包括額枋、斗拱、飛子、簷椽以及又寬又長的角柱，全是由全白石所雕琢的預製石件組成。這種由預製石件建造的明樓，在明朝的所有陵墓中，僅此兩座。

既然按照永陵建制，花斑紋石自不可少，寶城垛口，明樓地面，都是花斑石。此石由多種顏色的鵝卵石經過地殼變動，受到高溫高壓以後，再生而成，當時僅在河南的浚縣能夠採到，不遠千里，運來應用。這種岩石，雖然五顏六色光彩灼目，但卻沒有紋理，質地堅硬，雕琢十分困難。開採時，只能按最大尺寸開成毛材，然後用手工反覆研磨，其費工耗時，可以想象。據（帝陵圖說》載，定陵所用的花斑紋石做工極細，“滑澤如新，微塵不能染”、“光焰灼人”。

明朝諸陵，在永陵之前都沒有外羅城而只設寶城。永陵建成後，嘉靖皇帝前去巡察，對陵園建築不太滿意，便問工部尚書：“此陵完工否？”工部尚書領悟皇帝的用心，隨機應變道：“尚有外羅城一道未建。”嘉靖走後，工部立即命人在寶城之外又補加一道外羅城。於是這道外羅城便為他的皇孫萬曆所效仿。定陵的外羅城和永陵一樣，略呈橢圓形，城牆高厚而堅固。三百年後，從城牆的遺址仍然可以看到當初的雄姿風采。

定陵自1584年10月6日開工，每天直接進入現場施工的軍民伕役和瓦木石匠達二、三萬人。經過一年的緊張施工，陵園工程已有相當進展。但到1585年8月初，太僕寺少卿李植、光祿寺少卿江東之、尚寶司少卿羊可立三位大臣，突然上奏萬曆皇帝：

“大峪非吉壤。時行與已故尚書徐學謨親暱，故贊其成。憾尚書陳經邦異議，故致其去。”

三位少卿素與申時行不合，想借此機會，給申時行難堪，並替因反對申時行而被貶職的陳經邦鳴冤。面對此情，老謀深算的申時行自然不會相讓，立即向皇帝陳疏自己的觀點，使剛要偏向於三位少卿的皇帝，不得不作出另一種選擇：“閣臣職在佐理，豈責以堪輿伎耶！奪三臣俸半年。傳諭內閣：大峪佳美毓秀，出朕親定，又奉兩宮聖母閱視，原無與卿事。李植等亦在扈行，初無一言，今吉典方興，輒敢狂肆誣詬。朕志已定，不必另擇，卿其安心輔理。”

此前，少卿李植、