巨大的動盪？日本的分裂？絕大多數的日本人僅認為帝國是他們2600年曆史的一小部分。當“佩裡的黑船”使德川政權暴露出其軟弱無能後，“日本人民就拋棄了他們的封建幕府在經過了近八個世紀的輝煌後，日本人民就像扔舊衣服一樣將其拋棄了。”而裕仁天皇所表現的不僅僅是無能。他不僅被“外國人”擊敗，而且使外國的軍隊進入了其“聖地”。一個失敗者被人取代了，日本人民為什麼要分裂呢？日本戰敗了，並且被和平地解除了武裝。沒有暴力事件發生，沒有針對美國佔領者的恐怖襲擊。但麥克阿瑟其實早在日本投降前就很顯然已經屈從於有關帝國永恆的天花亂墜般的武士精神報道。早在戰爭結束前幾個月，麥克阿瑟將軍就同意了保全天皇的計劃，還找理由說“不像基督教信徒那樣，日本人沒有上帝以進行心靈上的溝通。”日本人民需要裕仁天皇作為一個如同基督一樣的人物，將天皇放在與其人民或是其他政府官員同一層次上的想法是一種褻瀆神靈的行為。將天皇作為戰犯進行審判將不僅是對神的褻瀆而且是對精神自由的否定。一些美國官員寫道：“對他們來說，絞死天皇就如同對我們來說將耶穌釘死在十字架上。”麥克阿瑟還認為：“並不能透過殺死天皇來消除這些人對天皇的崇拜這就像除掉上帝，留下基督教一樣。”

邦納·費勒斯將軍是日本投降後最早抵達日本的美國人之一，當時他和麥克阿瑟乘坐的是同一架飛機。費勒斯將軍一到便立即展開了保護裕仁天皇的工作，以掩飾天皇在戰爭的程序中及結束時所扮演的角色。他花了五個月的時間來教戰爭嫌疑犯們如何作證。在同一位日本高階軍官的對話中，費勒斯指出俄國人想將裕仁天皇作為戰犯進行審判。費勒斯說，“如果日本方面能向我們證明天皇是完全沒有責任的，這將對應付目前這種形勢非常有利。我想即將進行的審判為這樣做提供了最好的機會。尤其是東條，在對他的審判中應儘量讓他承擔所有責任。換句話說，我想讓你們使東條這樣說：‘在戰爭開始前的帝國會議上，我已經決定開戰，即使天皇閣下反對同美國進行戰爭。’”

麥克阿瑟將軍不僅沒有按照命令去調查天皇，反而禁止了這種調查。他向華盛頓保證：調查已經展開還沒有任何證據表明裕仁天皇在過去十年裡參與了政治決策。主控檢察官約瑟夫·基南告訴檢察官們不準備控訴天皇。任何同上頭有關的證據都會被查禁，如果有人不幫助進行掩飾，那麼他們將“無論如何馬上回家”。不僅沒有伸張正義，事實上檢察官們起到了充當天皇辯護團的作用。

前首相東條英機和其他27位軍方及政府官員作為甲級戰犯受到了起訴，主要的指控就是他們參與密謀了侵略戰爭及違反國際法原則的戰爭。

在事件發生後透過並且改變了事件的法律後果的法律叫做“事後法”。美國憲法有兩條禁止“事後法”，但對“發動侵略戰爭”者進行指控卻是由二次大戰的勝利者發明的。美軍參謀長埃里奧特·索普將軍是負責決定哪個戰犯受審的人之一，“我還是不相信那樣做是對的，”索普後來說。“我仍然認為那是一個‘事後法’，他們在遊戲結束後製定了規則。”索普認為審判不是為了正義而是為了報復。“我們要以血還血，可上帝啊，我們已經做到了，”索普說道。威廉·沙斯將軍寫道：“過去我們在東京常說，美國可不要輸掉下一場戰爭，否則我們的將軍們將會在沒有任何申辯或是審訊機會的情況下在天一亮就被幹掉。”

檢察官基南提出了這樣的理由，那些愚鈍的受武士道精神影響的武士以及那些在事實上經歷了一場又一場事件的傢伙，才是從1928年到1945年超過14年間邪惡的真正的主謀者，他們向上司隱瞞了這件事。但真正在這14年間掌權的人的名字卻沒有被提及。這就如同說，T型汽車來自於工人們喝咖啡的間歇，而福特先生恰巧只是有一間大房子。

澳大利亞大法官威廉·韋伯後來批評道：“戰爭的首犯，儘管完全可以受到審判，但卻被給予了豁免權。”法國的亨利·伯納德法官也寫道：“日本這些戰犯中，有一個主犯逃過了所有的起訴，無論如何現在的這些被告只能被當作從犯。”日本前首相東條也非常高興，“天皇沒有受到任何追究，從這一點來講，我也感到安慰了。”在甲級嫌疑犯們被宣判的那天，基南檢察官和裕仁天皇一起在皇宮裡共進了三個小時的午餐。

包括東條在內的七名甲級戰犯被處以絞刑。還有其他的六個死在了監獄裡，兩個因為精神失常被釋放。有13個人後來獲得了假釋，為了贖回對上百萬人犯下的罪行，他們中最多的在監