護府後，烏孫歸其管轄。由此，巴爾喀什湖以東和以南的伊犁河流域就首次納入了中國版圖。

從東漢到唐朝初年，伊犁河流域先後成為柔然汗國、西突厥汗國的領地。唐太宗派兵擊敗西突厥後，伊犁地區歸屬於當時的北庭大都護府管轄。明代時，伊犁成為蒙古準噶爾部的遊牧地。清朝初期，準噶爾部的噶爾丹發動叛亂，後來被康熙帝平定，伊犁地區再次牢牢的控制在大清帝國的手中。

1762年，乾隆帝下旨設定伊犁將軍府，號令天山南北。隨後，一座新城拔地而起，乾隆帝賜名“惠遠”城，作為伊犁將軍的駐地。在很長一段時期裡，惠遠一直是全疆的政治、軍事乃至文化中心。只是在後來沙俄入侵時，原惠遠城被夷為平地，現存的惠遠故城鐘鼓樓也是1883年在原址7公里外按老城的模式重建的。

在修建惠遠城的時候，伊犁河北岸又陸續修建拱宸、綏定、寧遠、瞻德等八座衛星城，這些衛星城與惠遠一起合稱為“伊犁九城”，以拱衛帝國的西北邊疆。伊犁將軍府和伊犁九城的建立，與東部的烏里雅蘇臺將軍府一起，形成了中國西北部的完整防線，是遏制沙俄東侵的最前沿。

1842年，被革職的林則徐發配到惠遠城，作為一名經驗豐富的水利專家，林則徐在當地開鑿了一條河渠，　把奔騰的喀什河水引入後穿越了今天的伊寧縣、伊寧市、霍城縣，　全長約100多公里，河北岸150多萬畝農田由此得到滋潤，併成為當時新疆最大的產糧區。為紀念林則徐的功績，後人也常把這條渠稱為“林公渠”。

伊犁九城對保衛我國西北部的主權發揮了重要的作用。物換星移，時光流逝，當我們今天回望這九座古城的時候，不經意間，這九城大多已在近代歲月的銷蝕中，逐漸退卻了昔日的輝煌。九城中最東部的寧遠城，如今已經更名為伊寧，由此發展出一座新的中心城市，並已成為現在伊犁哈薩克自治州的首府；而在原拱宸城的舊址上，已經成為新疆生產建設兵團62團部的所在，近代屯墾戍邊的歷史，仍舊在這裡延續；九城中惟一保留了原名的古城是曾經風光無限的惠遠，如今正以其豐富的人文旅遊資源，每天都吸引著眾多的遊客來此尋訪。

我們的祖先創業艱難，土地寸土寸金，都是百戰而得，得之不易。但在1871年，伊犁這樣一片美麗的土地，卻被一個叫做沙俄的強盜趁火打劫，強行佔領。

臥榻之側，豈容他人酣睡？在解決了外賊阿古柏的侵略之後，收回伊犁主權的問題也開始提上日程。1878年，清廷任命吏部侍郎崇厚為出使俄國頭等欽差大臣，赴沙俄彼得堡談判收復伊犁事宜。

崇厚出身滿洲貴族，本是八旗鑲黃旗人，曾任三口通商大臣並署理直隸總督。1871年天津發生教案後，崇厚被清廷派赴法國“謝罪”，是清廷裡極少數出過洋的人。

不過，據當時的出使英國大臣侍郎郭嵩燾（相當於駐英大使）說，他曾在巴黎和前往俄國的崇厚見過一次，問起崇厚對西洋各國的印象，崇厚嘖嘖嘆道，洋鬼子的船堅炮利，兵力強大，實在可畏。郭嵩燾問他有無伊犁談判的具體機宜，崇厚光扯些“伊犁重地，豈能不收回”之類大話，看起來信心滿滿，完全不在話下。郭嵩燾心想伊犁如此大事，崇厚竟把問題想得這麼簡單，對外交又如此矇昧，恐怕要壞事。

果不其然，崇厚抵達彼得堡後，俄國人假意好生招待，以試探他的底細，後來發現此人在外交事務上根本就是個大苯伯，對俄國人的險惡用心懵懂無知，完全被俄國人牽著鼻子走。崇厚在彼得堡好吃好喝了大半年，最後在沙俄脅迫和欺騙下，擅自與沙俄代理外交大臣吉爾斯簽訂了《里瓦幾亞條約》十八條（另有《瑗琿專條》、《兵費及恤款專條》、《陸路通商章程》十七條）。

崇厚所籤的《里瓦幾亞條約》，名義上把伊犁歸還中國，但需要賠償“代收代守”伊犁兵費及恤款五百萬盧布（合銀二百八十萬兩），而伊犁西境霍爾果斯河以西、伊犁南境特克斯河流域以及塔爾巴哈臺（今新疆塔城）地區齋桑湖以東本屬於中國的土地，統統劃歸了俄屬。如此一來，伊犁實際上已成“彈丸孤注，控守彌難”的殘破孤城。這樣一個孤城，卻還要花近三百萬兩白銀來贖回，豈不荒唐？！

另外，《里瓦幾亞條約》還規定：俄商在蒙古、新疆的貿易免稅；通商路線增開三條；由陸路運入天津、漢口的俄國貨物，進口稅則較海路運入者減低三分之一；俄商在嘉峪關、烏魯木齊、哈密、吐魯番、古城、科布多、烏里雅蘇臺等七處增設領事。

據說崇厚為了急於