論從韓國的歷史還是現狀，都不可能突然之間轉變外交作風，一夜之間完全脫離美國，走獨立自主的路線。而正是這種否定獨立路線的親美思想，最終成為盧武鉉與尹永寬在政治上的引爆點。

韓國青瓦臺總統府人事首席秘書鄭燦龍在記者招待會上說：“外交部中有一些高階官員從來就沒能貫徹粉碎老一套的外交思想，對於盧武鉉提出的獨立外交思想始終有所保留，因此在具體的外交事務處理中仍舊沿襲以往的思想，這種不和諧的政治音符使得政府在外交事務處理中遇到一些人為的障礙，更嚴重的是這種外交上的分歧直接使得國家利益、韓國民眾利益受到一定程度的損失。”

韓國總統府對外交部進行調查的訊息傳出後，韓國外交通商部長官尹永寬立即召集高階官員緊急開會，他神情凝重地說：“現在氣氛相當緊張。（總統發言人）用‘調查’一詞是不幸的，我們不是罪犯。”

被調查的有7~8名外交部高階官員，主要是負責美國事務的官員和外交部長官的親信，其中，外交部北美局局長魏星洛是這次調查的重點物件。他們都被韓國情報機關傳訊。

迫於這種情勢，尹永寬在1月15日引咎辭職。

在接受尹永寬的辭呈後，盧武鉉明確表示：“外交部將有較大的洗牌動作，任何影響貫徹獨立思想的人都要受到限制。”

盧武鉉表示：“我之所以獲選總統，就是主張獨立的思想。我尊重每個人都可以有自己的想法，但是作為總統來說，當尊重他人思想卻成為執行自己思想的最大障礙時，惟一應該做的就是立刻掃除這種障礙，否則我對不起信任我的韓國選民。”

韓國總統府隨即在1月16日舉行會議，研究確定新外長人選。在會上，韓國總統府官員認為，新外長人選應該吸取前任下臺的教訓，全力支援盧武鉉政府的“自主”外交政策，奉行