東門已經開啟，湘軍便開進城內。

1863年，同治二年（23）

當晚，陳國瑞等部攻擊蒙城外濠，苗沛霖親自巡濠，見敵軍殺來，轉身逃跑，跌倒在地，他的部下從後面將他擊殺，將頭顱割下，送到王萬清的軍營。

捻軍首領相盤、葛小年、鄒煥林和龔耀駢同時被殺。程二坎、李大個和魏群兒請降，安徽北部逐步平靜。張宗禹等人的部隊向西推進，襲擊河南的南陽和湖北的襄陽。

王萬清將苗沛霖被部屬殺死的事情秘而不宣，向上面報告，說是他自己在巡濠時砍死了苗沛霖。有人說：“殺苗沛霖的人，就是陳玉成的舊黨。王萬清殺了他，是為了滅口。”

苗沛霖一死，他的殘部聽到訊息，立刻瓦解。富明阿等人率部進入蒙城。清廷收到捷報，賞賜王萬清勇號，獎銀一千兩。

12月11日，陳國瑞部將康錦文和宋慶攜帶苗景開抵達壽州，城內的苗家團練開門投降。

這時，清廷各個體系的部隊為了爭功，發生了小小的內鬥。

李世忠派部隊趕到壽州，要求進入，殺死五名守門將領。宋慶等將領為了報復，鬥殺李世忠部將朱元興和杜宜魁，用器械拘捕蔣立功，乘勝進佔下蔡，搗平苗家老巢，將苗氏家族及苗沛霖的妻兒押送僧格林沁的軍營，全部處死。

12月12日，蔣凝學和成大吉的部隊攻克潁上。

12月14日，毛有銘的部隊攻佔正陽關，康錦文和程文炳率部一同入城防守。

12月16日，蔣凝學的部隊移駐正陽，還不知道苗沛霖的餘部已經獻關，而守關的駐軍卻把蔣凝學部誤當成敵人，隔河發炮阻擊。毛有銘後來發覺對方是自己人，連忙下令停火。

僧格林沁上奏，說將領們為了爭功而發生械鬥。清廷把此事交給曾國藩處置。曾國藩認為，陳國瑞和李世忠的部將械鬥，殺傷人數，彼此相當，而李世忠已經領著他的部隊回滁州了。因此這個案子，只要殺掉苗景開，就可以結案。至於正陽的那場戰鬥，由於兩軍沒有通氣，發生誤鬥，並非出自有心，請求免議。於是外省軍隊全部從淮河南北撤走，湘軍部隊分別回到皖南和湖北。安徽的捻軍各部，有的被消滅，有的投降，事情就此平定。

清廷頗為擔心安徽北部民圩眾多，命令唐訓方籌劃善後。僧格林沁又請求在蒙城和亳州的中間地帶，增設文武官員，新增駐防部隊。唐訓方上奏，請求將鳳臺縣交給下蔡管轄，把渦陽縣的縣治改為雉河集。清廷大臣們都打算趁勢剷除李世忠的勢力，僧格林沁請求派李世忠的部隊協助攻打金陵，責成李世忠交出城池和鹽卡。吳棠則請求從豫勝營中挑選幾千名精壯軍士，分別由曾國藩和唐訓方管轄，把他們混雜在湘軍部隊裡，觀摩熟悉營規。

曾國藩上奏說，李世忠成為眾矢之的，有兩個原因。第一是因為心懷叵測，第二是因為專門從擾民中取利。他從同治元年陰曆九月開始統領李世忠的部隊，仍然擔心他倒行逆施。後來搜獲太平忠王的文書，發現李秀成極力主張攻打江浦和浦口，以打通北伐的道路，才知道李世忠確實沒有私通太平軍。

曾國藩雖然肯定了李世忠沒有對清廷懷有二心，但他反對借用李世忠的兵力征討太平軍。李提督沒有二心，他的部眾卻決不可用。李世忠發表檄文聲討苗沛霖，慷慨請行，似乎是因為他已知道世人容不下自己，藉此來表明他的歉意。他的部隊到了壽州和下蔡，接連與友軍發生爭端，他的部將蔣立功被捕，朱興元和杜宜魁被殺，李世忠仍然出語謙遜，不像往年那般倔強，似乎知道自己大禍將要臨頭，只能委曲求全了。

但是，這次作戰，李世忠部在懷遠與壽州一帶，焚燒搶掠，令人慘不忍睹，民怨沸騰，實為眾所周知。試論其中的原由，還在於勝保當初納降時，處置不盡妥當。收留一萬八千人，聽任他們盤踞幾座城市，養成桀驁不馴的脾氣。勝保認為天長、六安、滁州和來安，本來是造反者出沒的地區，便放手讓李世忠納稅收厘，又上奏令李世忠用鹽供給月餉，自捆自賣，形成風氣，習慣而成為自然。

曾國藩說，自從袁甲三和他接管李世忠的部隊以來，也不能籌發官餉，來改變以前的做法。於是在李世忠勢力範圍之內的幾個縣，田地荒蕪，百姓離散，再也無可盤剝了。淮河航運不通，賣鹽的利潤也就減少。今年征討苗沛霖，路途上竟然買不到大米，任何部隊駐紮在這種地方，都不可能不侵擾百姓，何況駐紮在這裡的是李世忠的烏合之眾呢？

1863年，同治二年（24）

因此，曾國藩認