五，明清兩代漕運所暴露的弊端也是大體相同的。官吏的貪汙舞弊和政府的橫徵暴斂結合在一起，橫徵暴斂為貪汙舞弊提供了機會，貪汙舞弊又以不同形式加重了橫徵暴斂，因而從清初到清末，“民日蹙而國計日貧”。連擔任漕運總督多年的楊錫紱也不得不感嘆“錮弊難除”。

第六，在清代漕運中，運軍的問題顯得更加突出。運軍即運輸漕糧的軍丁，是漕運的主要依靠力量。這種運軍的情況比較複雜。

明代漕運，主要由各地衛所軍士承擔。清代取消衛所制，將軍士編為承擔漕運的運軍。康熙初年規定各省衛所額設運丁十名。康熙三十五年（1696）規定漕船出運，每船僉丁一名，餘九名以諳練駕馭之水手充之。後來又增僉本軍子弟一人為副軍。清政府對運軍的人身控制很嚴。運軍隸屬衛籍，遇五年一編審。雍正初年停編審之後，“惟有運漕軍丁四年一編審”。運軍屬各省糧道掌握，凡僉為運軍，必須親自押運，若以子弟代替，運軍及代運人都要發邊衛充軍。而且，運軍須有保結，所謂“一軍無保，不準僉軍，一軍有欠，眾軍同賠”。

運軍奔波於河上，風雨兼程，倍嘗勞苦，境況可想而知。王命嶽