，白彥虎派步兵增援，譚拔萃、譚上連和董福祥等人的步兵從中路殺出，騎兵分左右包抄，大敗白彥虎部，駐防關卡的部隊全部逃走。湘軍直抵古牧。

劉錦棠認為古牧城防禦堅固，很難迅速攻破，便率部返回黃田駐紮。古牧的回民首領馬明被帕夏抓住，押往南路，玉治和金中萬率領當地回民堅守古牧。

劉錦棠於8月12日揮師包圍古牧地，帕夏派軍官阿託愛率領騎兵趕來增援。劉錦棠令餘虎恩率騎兵在山前佇立，嚴陣以待。又派步兵分頭攻打山壘南關，全部攻克。阿託愛棄馬逃走。

8月16日，劉錦棠令部隊將開花炮抬來攻城，將城牆垛堞轟塌大半。8月17日，湘軍一鼓作氣攻克古牧，全殲六千名守軍。

劉錦棠估計烏魯木齊的守軍將會逃走，於8月18日親自率部向烏魯木齊開進。抵達城東時，發現安集延部、當地回民和纏頭回民全部在頭天夜裡撤走，於是湘軍進佔烏魯木齊迪化州及妥明下令建築的偽王城。

劉錦棠調兵遣將，令各部分頭追出三十里，到達鹽池，為戈壁所阻，各部返回。

湘軍的一系列進攻，令白彥虎和帕夏的部隊聞風喪膽。昌吉、呼圖壁和瑪納斯的守軍都棄城逃走。帕夏派來增援的五千騎兵已到達坂城，距烏魯木齊二百里，聽說友軍失敗，不敢推進。新疆北路略為安定，只有瑪納斯南城尚未攻克。

清廷收到捷報，賞劉錦棠騎都尉世職，賞譚上連、譚拔萃和餘虎恩等人云騎尉世職，黃萬鵬賞穿黃馬褂，其他將領都得到不同程度獎賞。

左宗棠見新疆北路已經掃清，於9月份要求金順和錫綸率部分別扼守各城堡要隘，搜查敵軍殘部，命令張曜、徐佔彪與劉錦棠率部向南路進軍。

劉錦棠下令搜山，陶生林與譚和義等部奔向東山，黃萬鵬、譚上連、譚拔萃和餘虎恩等部奔向大池和小池，向東南發展，抵達柴窩堡，小有斬獲。

這時候，帕夏率部佔據吐魯番西南側的托克遜，修築三座城堡自衛。托克遜是噶孫的軍營，北守達坂，就能阻擊劉錦棠的烏魯木齊部隊，東守吐魯番，就能阻擊張曜的哈密部隊。

從烏魯木齊撤出的敗軍，在達坂集結，白彥虎和於小虎的部隊佔據南山小東溝，派兵四處割禾，準備乾糧，企圖繞到湘軍後方攻擊。

劉錦棠於8月28日率部奔向小東溝，白彥虎所部已於前一天奔向金口峽。第二天，劉錦棠部急行軍九十里，在金口峽追到白彥虎部。只見幾萬名老弱婦女，踉蹌奔走，驚魂不定。白彥虎和於小虎已率部併入托克遜。劉錦棠回師烏魯木齊。

帕夏見白彥虎和於小虎勢力日漸衰弱，開始對他們頤指氣使，勒令他們的部眾剃髮改裝，傍靠他修建的三座城堡居住。

左宗棠令張曜的嵩武軍西進，取道七克臺，向吐魯番以東的闢展進軍。令徐佔彪的蜀軍搜尋巴里坤和古城一帶的各山，從木壘河出兵，與張曜所部夾攻吐魯番。

木壘河地勢寬闊，可以容納一萬騎兵，而且水草豐饒。雍正年間，嶽鍾琪上奏，說在這裡駐紮重兵，必定有效。

金順所部正在攻打瑪納斯南城，久攻不克，要求湘軍助攻。劉錦棠於10月份派出道員羅長祜與譚拔萃、黃萬鵬、董福祥等部的十一個營前往。左宗棠見劉錦棠兵力單薄，增派總兵章洪勝、方友升和桂錫楨等部歸他調遣。11月上旬，又奏調金運昌軍五千人從包頭長驅西進，協助劉錦棠。

金順和錫綸所部於11月17日會同湘軍攻克了瑪納斯南城，俘虜偽元帥海玉、馬受和馬有才等人，妥明手下的悍將都被殲滅。

金順於12月份率部移駐昌吉，令提督孔才所部駐紮瑪納斯，令方春發所部駐紮呼圖壁，令副將徐學功等部分別駐守北路要害，湘軍羅長祜等部返回烏魯木齊。

此後大雪封山，左宗棠各部無法越嶺南下。帕夏和白彥虎趁著這個休戰的間隙，率部轉移到達坂和新城兩山之間，派大通哈守衛。

所謂大通哈，就是大總管的意思。

吐魯番過去有滿漢兩城。帕夏的次子海古拉又每天驅策萬夫修造偽王府，雄闊異常。整個冬天，帕夏令白彥虎和馬人得所部駐守吐魯番，海古拉所部駐守托克遜，大通哈率部駐守達坂，他自己住在西南方向的喀喇沙爾，即現在所說的焉耆，為三路策應。

這一年，慈利人孫開華奉命督師東渡，抵達臺灣，屯駐基隆，鎮攝臺北。當時臺灣反清的土著暴動者主要在後山，有阿綿社和納納社。孫開華率部抵達成廣澳，進駐水母丁。

孫開華所部先