原來的編練制度，撰寫《練勇芻言》，分為營制、職司、號令、賞罰和練法五篇，加以闡述。還撰寫了《陣法新編》，強調練膽和練心。他變通古人的成法，認為要以定製變，以整齊和閒定來戰勝剽悍，並讓副將們實際操演。

王錱還注重提高普通士卒的文化水平，教軍士們寫字讀書，每天講授《四書》和《孝經》，引經據典，闡明大義，言語生動，比喻貼切，聽講的軍士一個個潸然淚下。夜幕降臨，王錱的軍營中總是傳出一片誦讀之聲，彷彿是一所夜校。

每次出戰之前，王錱總是召集副將們團坐一起，指著地圖，向大家分析，敵軍會從哪裡出入，我軍要從哪裡出擊，然後要求每位將領都說出自己的看法，還提問質疑，把問題都談透了，才敲定作戰計劃，分派任務。違反命令者，嚴懲不貸，軍紀森嚴。

曾國藩知道王錱不會為自己所用，也知道自己無法調擺他，便寫信給駱秉章說：“璞山是個勇敢的將領，如果歸我督帶，就必須聽我的指揮。如果不歸我管，我就不能帶他同行。如今大局糜爛，我不是要仗自己的官大而壓制別人，也不是妒忌別人的才幹和功勞，只是擔心一名將領不聽指揮，其他將領也會仿效，部隊離心離德，怎能打勝仗呢？如果聽任璞山自成一軍，駱公最好先行奏明。時世大亂了，綱紀卻不可亂。”

左宗棠看了曾國藩的信，笑道：“滌生每次感嘆人才難得，我都暗中偷笑。滌生問我為什麼要笑，我說：‘你的水陸大軍，有一萬多人，卻說無人，難道這一萬多人都沒用得上的嗎？十個人當中，就有一個比較能幹的，我讓他做其他九個人的頭，那九個人必然無話可說。依此類推，千人萬人，都是如此。’我所用的人，都是滌公沒有用完的，或丟棄了不再起用的，王璞山就是其中之一。滌公見我用了有效，他又往往發現了他的長處，想用一用了。然而滌公丟棄的人才，豈不是太多了嗎？”曾國藩聽說了這番話，也無以為答。

左宗棠愛屋及烏，也重視王錱手下的副將。左宗棠後來出任湘軍大帥，雖然王錱己不在世，但他把王錱生前訓練的副將們全部網羅到屬下，又讓王錱的堂弟王開化主管營務處，行軍佈陣，都遵循王錱定下的規矩。他的部隊善於使用城牆、梅花和大鵬等陣法，抵禦強大的騎兵，都是繼承了王錱的遺產。

王錱1854年在嶽州落敗，羞憤難當，自殺未遂。曾國藩罵了王錱。但緊接著曾國藩自己就在靖港大敗，也是羞憤難當，投水自盡，被人救起。這兩個互不買賬的湘鄉人，遭遇是何其相似！

駱秉章始終護持王錱，罷了他的官職，卻不奪他的兵權。王錱則痛念這次失敗的原因，深求萬無一失的致勝之道，大有心得。此後聽從左宗棠指揮，致力於湖南的防禦作戰。他的部隊不過一千人，在省內奔波，常常幾天吃不上飯，靠著精神的激勵，轉戰於湖南與兩廣交界的崎嶇山區，以少勝多，以弱勝強，孤危百戰，堅持了三四年之久，阻止了各路會軍進入湖南的腳步。由於戰功累累，得到了按察使的官銜。

在這幾年裡，曾國藩被困江西，分軍四出，屢為石達開挫敗，與歷屆巡撫鬧得很僵。御史蕭浚蘭陳述江西軍務被動，文宗下旨責問曾國藩。

在這時候，王錱卻為曾國藩說好話。他給湖北巡撫胡林翼寫信說，曾國藩心事猶如青天白日一樣光明，性情剛正，不屈不撓。他的作為順利與否，關係到國家的安危。

然後，他寫信給身在江西的曾國藩，對自己疏遠曾國藩表達了歉意，並將曾國藩引為知音。他說，世上有人表面上沒有來往，其實神交於千里之外。不但俗人不能理解，即便是一些有識之士，也只看到表面，察覺不到他們的內心。他幾年來南走五嶺，北奔洞庭，很懷念在衡州與曾國藩在一起的日子。

曾國藩讀了這封信，心下也就釋然了。

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曾國藩回家為父親守喪期間，江西的湘軍處在慘烈的激戰中。李續賓進攻九江，劉騰鴻和李續宜圍攻瑞州，劉長佑和蕭啟江圖謀臨江，黃冕和趙煥聯攻打吉安。這些部隊屯駐在堅城之下，久攻不克。屢次作戰，勝敗無常，良將一個個死去。於是左宗棠為駱秉章起草奏章，說石達開在太平軍的大將中以計謀見長，能夠收復民心，在部隊中具有很高的威望。每次作戰都挑選死士，給予豐厚的報酬，收為親兵，多至幾千人。臨陣時讓別的部隊打前鋒，而將死士放在後面督戰。前鋒戰敗，便派死士赴援，往往轉敗為勝。勝利時將精銳全部派出去掩殺，官軍往往一敗塗地。駐紮時忽東忽西，突隱突現，打亂官軍的謀劃。行軍時忽慢忽快，或合或分