佐朝廷，楊亮節聽後更為憂慮，擔心自己地位難保，驅逐趙與檡的心意更加堅決。趙與檡後來在處州與元軍交戰，被俘不屈而死。宰相陳宜中此時又使出自己擅長的黨同伐異手段，排斥異已，指使言官將陸秀夫彈劾出朝廷。在小朝廷立足未穩的時刻，陳宜中的這種行為引起眾人的普遍不滿，張世傑責備陳宜中說：“現在是什麼時候？還在動不動就以臺諫論人！”陳宜中無奈之下，將陸秀夫召回。

南宋雖然已經投降元朝，但還有許多地區依然掌握在宋室遺民的手中。福建、兩廣大片地區仍處在流亡小朝廷的控制之下，李庭芝堅守的淮東、淮西地區也進行著拉鋸戰。但在元軍的進攻下，淮東、淮西等地相繼失陷，李庭芝戰死。景炎元年（1276）十一月，元軍逼近福州，此時小朝廷還有正規軍17萬，民兵30萬，淮兵萬人，擁有的兵力遠比元軍要多，完全可以與之一較高下，但由於朝政由陳宜中、張世傑二人主持，陳宜中一直就是膽小鬼，張世傑也“惟務遠遁”，因此小朝廷在福州立足未穩，又開始了逃亡。十一月十五日，陳宜中、張世傑護送著端宗趙昰、衛王趙昺及楊太妃乘一艘海船逃跑，剛剛入海，就與元朝水軍相遇，由於天氣不好，大霧瀰漫，才僥倖得以脫身。離開福州之後，小朝廷失去了最後一個根據地，此後只能建立海上行朝，四處流亡。

端宗一行輾轉泉州、潮州、惠州等地。景炎三年（1278）春，來到雷州附近。逃亡途中，宰相陳宜中藉口聯絡占城，一去不返，第三次充當了可恥的逃兵。端宗由於在逃亡途中受到颶風驚嚇，驚恐成疾，四月十五日死亡，年僅11歲。端宗死後，群龍無首，眼看小朝廷就要分崩離析，陸秀夫慷慨激昂，振作士氣：“諸君為何散去？度宗一子還在，他怎麼辦呢？古人有靠一城一旅復興的，何況如今還有上萬將士，只要老天不絕趙氏，難道不能再造一個國家麼？”眾臣便又擁立年方7歲的趙昺為帝，由楊太后垂簾聽政，改元祥興。

元軍步步為營，小朝廷已陷入三面包圍之下。到達崖山時，小朝廷尚有正規軍和民兵20萬人，而進攻的元軍只有數萬，僅就兵力而言，雙方相差懸殊，且元軍不善水戰，宋軍無疑佔有優勢。但張世傑已經對前途不抱希望，放棄了對崖門入海口的控制，把千餘艘戰船背山面海，用大索連線，四面圍起樓柵，結成水寨方陣，把木製戰船兩側用襯墊覆蓋，以防禦元軍的火箭和炮弩，趙昺的御船居於方陣之中，打算在此死守。張世傑此舉有兩大失誤，一是放棄了對入海口的控制權，等於把戰爭的主動權拱手交給了對方；二是把千餘戰船貫以大索，結成水寨，雖然集中了力量，但卻喪失了機動性，相當於把宋軍暴露在敵人面前，任人攻打。元將張弘範率水軍趕到，控制了崖山之南的入海口，又從北面和南面兩個側翼切斷了宋軍的所有退路。宋軍陷入孤立無援的境地，在10多天的防禦戰中，將士們只能以乾糧充飢，飲海水解渴，飲過海水計程車兵嘔吐不止，戰鬥力嚴重削弱。

一個暴風雨的早晨，元軍對宋軍發起總攻。元將李恒指揮水軍利用早晨退潮、海水南流的時機，渡過平時戰艦難以渡過的淺水，從北面對宋軍發動了一場突襲，到中午，北面的宋軍已被元軍擊潰。南面的元軍又在張弘範的指揮下，利用中午漲潮、海水北流的時機，向宋軍發動了另一次進攻。宋軍南北受敵，士兵又身心疲憊，無力戰鬥，全線潰敗。戰鬥從黎明進行到黃昏，宋軍多艘戰艦被毀。張世傑見水師陣腳大亂，戰船為大索聯貫，進退不得，下令砍斷繩索，率10餘戰艦護衛楊太后突圍。

張世傑率帥船殺到外圍，見趙昺的御船過於龐大，被外圍的船隻阻隔在中間，無法突圍，便派小舟前去接應。當時天色已晚，海面上風雨大作，對面不辨人影，陸秀夫惟恐小船為元軍假冒，斷然拒絕來人將趙昺接走。張世傑無奈，只得率戰艦護衛著楊太后殺出崖門。宋軍敗局已定，陸秀夫知道已沒有逃脫的可能，便把自己的妻子兒子趕下大海，然後對趙昺說：“事已至此，陛下當為國捐軀。德祐皇帝受辱已甚，陛下不可再辱！”趙昺身穿龍袍，胸掛玉璽，趴到陸秀夫背上，一起跳海自盡。官員、婦女、將士們也紛紛隨之跳海。幾天之後，張世傑聞知皇帝已死，決心以死相拼，最後船沉而死。

數天之後，陸秀夫遺體浮出海面，被鄉人收葬。元軍在清理戰場的時候，發現一具身穿黃衣的幼童屍體，身上帶有金璽，上書“詔書之寶”四字，送交張弘範，經確認是趙昺所帶玉璽。張弘範再派人尋找趙昺屍體時，已下落不明。南宋的最後一位皇帝趙昺，連個陵墓都沒有留給後人。

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