知道），消滅NEO是一個難題，MATRIX對此的對策就是史密斯，在第一集裡史密斯只是一個性格古怪個體意識很強的“防毒程式”，他對MATRIX系統的不滿情緒是他被選中成為消滅NEO的人選的原因，因為他最終也是要被消滅的（讓錯誤和錯誤相互攻擊抵消，是這個計劃的精華之所在），在第一集最後史密斯被NEO消滅後，第二集他又復活並獲得了新的能力，很多人把這解釋為系統的一個失算的防毒程式升級，其實智慧那麼高的MATRIX控制者怎麼會犯那麼愚蠢的錯誤，這肯定是有計劃的，史密斯獲得能力後的行動也是可以預料的（先知的拿手好戲，不要說先知，就連我看完第二集我就猜到史密斯在第三集裡會把全人類給複製了），其實他的作用就是把全人類給複製，然後用他從他人那裡吸收來的能力打倒NEO（電影裡說的明白是史密斯打倒並吸收了NEO），然後系統把他和NEO刪除掉，他的程式碼從所有人身上消除，所有人都同時昏厥過去，最後MATRIX就抓住這個機會重新了啟動。

在這個計劃裡，ZION的人類傻傻得收集MATRIX裡覺醒的人類，法國人也很無奈得收集著逃逸程式（不收集的話，就要他自己和THEONE動手，結果就是。。。。），MATRIX輕鬆愉快得清理了系統內外的危險垃圾，這還只是順便的，重要的是系統得到了重新啟動的機會，系統的穩定性得到了保證。這個計劃最妙的地方就是可以反覆使用，MATRIX就這樣一次次得重新啟動，ZION就這樣一次次的被消滅又重建（電影裡這次因該算被消滅了，ZION的戰鬥力完全沒了，殺戮的多少一向不是MATRIX追求的效果），數代THEONE一次次得出現又隕落，MATRIX就這樣安全執行了數個世紀。

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