早期的MATRIX是用亡羊補牢或對知情者滅口的消極方式加以應對，可是這樣的運轉模式顯然無法長久，問題是會越積越多的，修補系統錯誤帶來的可能是更多的錯誤，必須有一個方法定期對系統進行“大清洗”並重新啟動（試想一個充滿BUG的遊戲伺服器，這個伺服器從來不停機維護）這就是大家一再提到的“MATRIX升級”，但是麻煩的是連線在MATRIX上的無數人類生命顯然是無法重新啟動的，這時對人類情感世界已經有相當瞭解的MATRIX找到了一個“最經濟”的方案，那就是反過來利用錯誤來消滅錯誤，並利用錯誤創造重新啟動系統的機會，這個完美的計劃就是電影駭客帝國三部曲的全部內容。

以下是我按照電影的情節對這個計劃的推理。這個計劃的開端是設立ZION這個人類覺醒者的收容所，由於對人類覺醒者的殺戮往往導致更多人的覺醒，與其如此，不如把這些覺醒者踢出系統，並且統一監管起來，ZION與其說是人類自由的樂土不如說是一個大監獄，為什麼這樣說，要知道ZION是MATRIX派出的人建立的（位置MATRIX當然是早知道的），而這些人理所當然的成為ZION的領導層，所有人實際上是在MATRIX控制的人監管之下。由於人類是有繁殖能力的，ZION的擴張也是必然的，為了防止ZION因強大而失去控制，所以MATRIX要定期毀滅ZION（舉手之勞而已），而這個過程和MATRIX的升級計劃合二為一。

第二步是創造一個人類覺醒者所崇拜的“先知”，由於MATRIX對人類長期的研究發現，人類是非常迷信的（人類把這個稱為信仰），對“奇蹟”還是“圈套”缺乏理性的判斷力（有些看電影的人還一直堅持認為先知是在幫助人類。。。。。連看電影的人都被迷惑了。。。。），先讓先知給那些“反抗軍”少許“甜頭”，然後就可以把這些傢伙在MATRIX裡的行動也控制起來。實際上電影裡無論莫非斯還是NEO所有的行動都是那個先知提示的，他們在有所行動前已經習慣性的要到先知那裡去“批命”，這種精神控制的手法其實一點也不新鮮，人類社會的邪教組織一向都是用這樣的手法，區別是邪教一般是用一些小騙術來騙取他人的信任，而這個先知是透過高速電腦事先計算出未來事件的發生（所以這些事都不是一定會發生的，是需要先知這樣的角色來引導或誘發才能達成的）來取得人類的信任。

第三步就是給這些ZION的人類創造一個虛幻的希望“THEONE”，也就是電影中的主角NEO，他還有一個作用，由於那些逃避刪除的程式熟悉MATRIX的操作手法，他們可不會吃“先知”的那套把戲，要對付這些“危險的系統垃圾”也需要藉助這個特殊的角色，在電影裡，NEO在先知的誘導下（讓他去找鑰匙人）去踢了法國人的場子，消滅了他很多能力強大的手下，為什麼不消滅法國人，因為法國人起的也是類似ZION的作用，他把逃避刪除的程式收集起來當做手下，就象把垃圾掃到垃圾桶裡（法國人說白了就是一掃地的），這樣才好一次倒掉（由THEONE來負責一次倒掉），估計每次MATRIX升級都會有個THEONE聽了先知的引導，到法國人這裡來打砸一翻，所以法國人對先知的這種手法既痛恨又無奈，這也是他想要挖先知眼睛的原因。

第四步就是開始清理系統內外，這個步驟需要先知的誘導和NEO的強大能力，首先是使NEO獲得能力並對先知言聽計從，這段過程大概是駭客第一集的內容，然後就是對系統內的逃逸程式進行打擊，先知以找鑰匙人為誘餌，讓NEO一夥和法國人的手下火拼，結果法國人手下全滅，法國人夫妻出於對這個“遊戲”玩法的瞭解始終沒有出過手（不但沒出手還提供幫助，法國人老婆在意味不明的一吻後提供了幫助，誰知道不是他們兩夫妻事先約好的？），這個過程在電影第二集裡有詳細描述。最後是對ZION進行清理，消滅ZION所有的戰鬥力量，早就知道ZION位置的MATRIX不費吹灰之力就把ZION的反抗力量消滅，這些內容在第三集裡有詳細描寫。

最後的一步比較麻煩，就把THEONE神話毀滅，並排除先知的所有的“嫌疑”，然後在所有在MATRIX裡的人類都沒有察覺的情況下重新啟動MATRIX（我猜想可能是類似於更換一下游戲伺服器主機），其中THEONE這個角色在整個計劃中是即必不可少又相當危險的，對這個角色的控制不當會有非常嚴重的後果（這從駭客3最後建築師和先知說的那句：“你玩的是非常危險的遊戲”可以