上朱由校採納了這一意見。

三法司會審，由刑部尚書王紀都察院左都御史鄒元標大理寺卿周應秋共同主持。當熊廷弼被押到堂上，他只跪了一下便站起來了。他說自己是在家中被拜為兵部尚書的，皇上的旨意是讓自己駐紮山海關，並無駐紮廣寧的字樣。言外之意是說廣寧失守，自己不負主責。說完鞠了一躬，遞上一份辯白信。

鄒元標說：“廣寧告急之日，經略若能仗義誓師，收殘兵以圖恢復，反敗為功，死且不朽。而經略卻一聽兵敗，先奔山海關，即使有蓋世之氣概，也不足以贖喪師失地之罪。如今失地喪城，功罪一體，難辭其責。今日公進了刑部，是非自明。”

熊廷弼一聽自己要被關進刑部，頗不服氣，他認為自己無大罪，便與幾個主審官爭論起來。王紀說：“公既然不肯進獄，可暫到天仙庵小住一日，我們請旨定奪。”熊廷弼聽後，賭氣地說了一句：“乾脆把我關進詔獄好了！”說完熊不情願的跟著刑部的差官走了。

之後，王紀對差人說：“請過王巡撫來！”

王化貞一進屋便跪地大哭，他先是推諉責任，說熊經略拒不聽他提出的“過河大戰、河東寬大可戰、河西窄小難戰”的方略，接著嫁禍於人，說廣寧危在旦夕，“經略領兵來救，後又逃回，罪歸於經略，與我無干！”

聽了王化貞的一番狡辯，幾個主審官十分反感，鄒元標一針見血指出：“敵騎兵尚在百里之外，王巡撫就放棄廣寧逃走，此罪難辨　？”

王紀接著說：“王公必須領罪，日後或許還有出頭之日。”

王化貞聽後，也獻上一封信，鞠了一躬退了出去。

後來熊廷弼見到了一份二十八人簽字的審單，上面寫道：“熊比楊鎬，更多一逃；比袁應泰，反欠一死。宜用重典，以警將來。”　，而在三法司向皇帝呈送的複議奏疏中，上面雖寫明瞭王熊二人“俱坐斬”　，但字裡行間對王熊都流露出同情之意，在奏疏最後強調法官不敢輕議，此事須由皇上定奪。

熊王一案暫時畫上一個句號。不久，顧大章調到兵部任職。

大章前腳剛離開刑部，徐大化表侄楊維垣便上疏參劾大章　，說大章妄倡“八議”　，寬赦熊廷弼。顧大章得知後便上疏進行抗辨，指出王化貞是罪魁，熊應減罪，此乃公平之論。接著他反問楊維垣，參加刑部會審的二十八人，最後統一了意見，定熊、王同為死罪，今日再重提此事，誣我出賣原則，又有什麼意義　？

楊維垣並不甘心，這一次他換了一個藉口，說顧大章接受熊四萬銀子的賄賂，為熊出脫。……大章知道後氣憤填膺，他反駁楊維垣說，　如果熊打算行賄，從常理上講，他應把錢花在有權決定他生或死的人，如三法司或司禮監的要人，而不應是像自己這樣一個僅僅提供量刑意見的一般官吏。皇上讀了大章的辨疏，認為有理，便批了八個子：“奏剖既明，照舊供職”　。

楊維垣仍不罷休，繼續第三次第四次上疏，在顧接受贓銀四萬上大做文章，顧的座師葉向高實在看不下去了，下令吏部進行查驗，看受賄一事是否屬實？而大章也接連上疏進行抗辨。

這時魏進忠出面了，他為了聲援徐大化表侄楊維垣，幾次到皇上面前誹謗顧大章，皇上聽得多了，開始不再信任大章，進而發展到認為大章上疏是“瀆辨”　（瀆職詭辯），決定給大章降職停俸的處分，大章見皇上是非不分，便以生病為由，辭官還鄉了。

刑部尚書王紀得知大章被黜，心情很是鬱悶，偏偏在這時，閣臣沈搉出面上疏為自己辯白，說自己並非蔡京一流，王紀是搞人身攻擊。王紀覺得可笑，認為他是此地無銀三百兩，便又上疏痛揭沈搉，斥責他“曾夜半叩客氏之門”　，賄通客氏與魏進忠。說臣指其如宋代奸臣蔡京，而沈搉不肯接受，試取惠世揚周朝瑞的奏疏，一一讀之，便可昭然若揭！此外王紀在疏中還痛斥了客氏，說她“竊弄威福”“蠱惑皇上”　，客氏聽說後，跑到皇帝面前，披髮捶胸，又哭又鬧，朱由校看著心中不忍，忙降旨責備王紀。

沈搉發現風向變了，形勢有利於自己，便又上疏攻擊王紀，誣說王紀包庇熊廷弼及奸細佟卜年。佟原是熊的監軍僉事，後被誣告與降將李永芳勾結，案子移交到刑部，經王紀顧大章審理，發現與事實不符，後以輕罪處理。此時沈搉重翻舊案，無非是危言聳聽，以激怒皇上。皇上果然中計，下旨責令王紀供出實情。不久，又把王紀革職為民。

首輔葉向高認為這樣處理不公，沈搉與王紀互相攻訐，俱失大臣禮，今只罷掉王紀，怎好向百官交待