為天子“不可以一己之私掩天下之公”　，接著他從晉獻公立幼子為嗣，譖殺太子申生談起，講到秦　二世篡位；又從漢朝戚夫人與　呂后爭立太子，談到十六國時期劉聰殺兄奪帝位，一直到唐朝的玄武門之變……。答卷交上後，著實嚇壞了眾考官，他們心想這篇文章若是被皇上發現了，必會龍顏大怒，禍及到幾個考官頭上，幾個考官商量了一下，決定把試卷上交給內閣的閣老，由他們去定奪。

閣臣王錫爵從頭到　尾讀了一遍，把顧允成的　卷子往桌面上一丟，說了句“狂徒一個　！　膽敢　妄議朝政，他眼裡還有皇上嗎　？削了他進士籍　。”首輔申時行拿起顧的“對策”瀏覽了一遍，覺得有些道理，只是鋒茫太露，若激怒了皇上可不是鬧著　玩的？想到顧允成曾是自己兒子的老師，便提出了一個折衷的辦法，他對王錫爵說：“我看這樣吧，排在最後一名，也算中第了。”就這樣，顧允成總算登上進士榜，成為三甲第二一三名，之後被任命為　禮部主事。

秋天，顧憲成假滿返京補官，被任命為吏部驗封司主事。一次在朝房，他偶遇了閣臣大學士王錫爵，二人本有　同鄉之誼，顧是無錫涇裡，王是太倉，彼此相隔不遠。王錫爵笑微微對顧說：“先生家居日久，可知京城有一件怪事嗎　？”

顧憲成說：“很想聽一聽　！”

王錫爵說：“內閣認為對的，外論必認為非；內閣認為錯的，外論必認為對。”

顧淡淡一笑，他心知王是指立儲　一事　。顧聽說國本之爭，內閣僅有大學士王家屏主持公道，力挺皇長子，而申、王二人則採取折衷態度，尤其是王錫爵事事順依皇上，還申斥言官（科道）“多事”　。顧憲成意味深長瞅了王錫爵一眼，答說：“王公不知，還有一件怪事呢，外論認為對的，王公必認為非；外論認為錯的，王公必認為對。”說完，顧也微微一笑，而王錫爵先是一怔，隨後也笑了，但笑得很勉強。

六年一次的“京察”（考察中央官吏）開始了。明制京察由內閣、都察院與吏部三部門聯合主持。考核有八法，分為稱職、平常、老疾、疲軟、貪酷、才力不及、素行不謹、浮躁淺露　。規定年老有疾者“致仕（退休）”　，疲軟無為及行為不謹者“閒住（解職）”　、浮躁淺露才力不及者調離，貪酷者革職為民。

本次京察的主察人是左都御史辛自修，　辛剛正廉潔，打算借本次京察以澄清吏治，他提出勿以個人愛憎為喜怒，實際上是針對內閣王錫爵的。經考察發現，有十餘名官員貪墨，而他們又都是內閣重用之人，　工部尚書何起鳴就是其中一個。何勾結太監張誠，在督工上有貪汙之嫌，辛自修便把何列為第一個被察物件。何曾擔任皇上壽宮的提督　，一個月前又剛被皇上任命為工部尚書，於是在王錫爵的庇護下，何起鳴反誣辛大人是“挾仇主使”　，而皇上又偏聽權監張誠之言　，竟然把辛、何二人同時罷官。

此事在朝中引起軒然大波，御史高維崧等四人上疏，提出對二人的處理應有差別，並一致參劾何起鳴，皇上一氣之下，將高御史四人罷官。

一向正直敢言的顧憲成，　對此事深感不平，便上疏請皇上區別君子小人，並刺及王錫爵，他說“皇上既為起鳴罷免了都御史辛自修，又將四御史降職　，為什麼要這樣做 ？臣以為當事諸人都應自我反思　。起鳴當反思為什麼會遭到眾人的鄙視？自修當反思為什麼會受到同輩人（指王錫爵）的猜疑？高御史當反思為什麼會罷官　？臣希望皇上無論對大臣、小臣、　近臣、遠臣，都應視為一體！”

顧的這一篇字挾鳳雷、極具春秋筆法的奏疏，深深激怒了皇上　，他特地在皇極門暖閣召見四位閣臣，沒等申時行等開口，他便從袖口裡拿出顧憲成的奏章，命令首輔申時行當面擬旨，要重處顧憲成。皇上忿忿地說：“如今用人，哪一個不是朕主張，顧憲成肆言，卻說不是朕獨斷，好生狂妄　！”申時行慢條斯理說：“顧主事最多是罰俸　！”皇上火了，斥責申說：“先生擬得太輕，重新票來　！”申時行回到內閣遵旨改票，皇上閱後仍不滿意，氣呼呼自己動筆寫了處理意見：“顧憲成黨護高維崧等，肆言沽名，好生浮躁，降三級，調外任用。”

此後的數年間，顧憲成先是降任湖廣桂陽郡判官，桂陽是柳宗元蘇軾謫居之地，二人在此多有善政，顧憲成給自己的居室題名為“愧軒”　，表示志愧前哲之意。　後又調浙江任處州府推官。在處州，有兄弟二人打官司數年不決，顧見他們訴訟不休，便各給他們一根棍子，然後假意對哥哥說“替我打你弟弟　！”　，又對弟弟說“替我