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閣臣大學士魏廣微讀信後，頗感為難。構陷楊左六人，他實參與其中，如今再由自己出面營救，這不是自己打自己的臉嗎　？　再說魏公肯定反對，繼而會發怒大罵自己，這得罪了魏公還了得　？接著他又轉念一想，崔景榮現掌吏部，吏部又是六部之首，許可權極大，就連閣臣也須由他推薦，今後用著他的地方還多著呢，崔也是不能隨隨便便拒絕的　？魏廣微權衡再三，決定先給皇上寫一封密信，以身為閣臣從不知有這樣一份由內閣票擬的“五日一追比，完贓後送刑部擬罪”的御旨，而感到不勝驚愕；接著他指出楊漣等在今日雖是有罪之人，而昔日實為輔佐大臣，縱使贓私是真，也應發往刑部，若像現在逐日嚴審，死期將不遠，這樣做不但有違祖宗之制，而且會引起朝政日亂，與古代明君的做法大不同也！……

魏忠賢得知了廣微“密揭”內容，十分惱怒，心說“五日一追比”的御旨是我讓顧秉謙擬寫的，你魏廣微不知就不知吧　？怎麼著，你膽敢上疏為楊漣鳴不平，反了你啦　？……此時少詹事馮銓正在魏忠賢身旁，馮覬覦閣臣的位子已多時了！今見九千歲對廣微大為不滿，便投石下井，說廣微“密揭”所言“朝政日亂”　，實是影射魏公，魏忠賢登時大怒，吩咐馮銓起草詔書，痛責魏廣微。馮在諭中先是重申楊左等受賄，人神共憤，接著斥責魏廣微“徇私避禍”　，並強調今後敢有巧借題目“希圖翻案”者，將按祖宗紅牌之律，治以說謊欺君之罪。

魏廣微讀了聖旨，頓時嚇得失魂喪魄，慌忙拿著崔景榮的親筆信，跑到魏忠賢面前表白。魏忠賢冷著臉子，聽他講完了上疏的起因，並沒有吭聲，魏廣微深感大事不妙。緊接著馮銓又指使門生御史門可新，上疏參劾魏廣微，說他誤聽崔景榮，“腳跟不穩”　，並參劾崔景榮“提倡調停之說，以護東林”　，崔尚書很快被削職為民。

事情鬧到這種地步，魏廣微只得引病回籍。臨行前他備下厚禮，親自送到魏忠賢府上，以析前疑。廣微曾在自己扇上題詩，其中有“秋雨沉沉夜未央，薊門有客欲還鄉。……蒼狗白雲仍變幻，傾葵捧日但悲傷。……”數句，道出了自己一心擁戴魏公，卻不料落個雞飛蛋打的下場，其失落之情，溢於言表。

就在馮銓擬旨的前一日，楊左魏三大臣已命喪獄中。

七月二十四日比較。楊左魏受全刑，顧大章拶、敲五十。刑畢，許顯純大聲吼道：“今後六人不準同住一間屋子　！”於是楊左魏三人被送到大監。一個大監的獄卒，悄悄對經常出入獄中的一個熟人叫“燕客”的說：“今晚，三位大老爺當有‘壁挺’（方言‘死’的意思）。”燕客姓顧，名大武，河北人士。他為人仗義疏財，自聽說楊左等忠臣無辜入獄，便從河北來到京城，在詔獄附近租了一間房子，想對幾位忠臣有所幫助。因他人緣好善交際，很快就與獄中上下混了個熟臉兒，居然到了可以隨便出入的地步。他聽了獄卒的預報，十分難過，可又無計可施。

當夜，楊左魏三人果真被害死，劊子手便是鎖頭（即牢頭）叫葉文仲的。葉在牢頭中最是狠毒，其次是顏紫。再其次是郭元。據說楊漣死時遭受了鐵釘貫耳土囊壓身，三日後屍體送出獄外，只剩下一堆枯骨粘肉。時逢盛夏，蛆蟻爬上爬下，已難辨模樣。楊漣移監前曾把自己的兩份遺書，即《獄中書》《絕筆》，交顧大章儲存。遺書先是藏在獄中關公像後面，後又埋在牢房北牆下，楊漣死後由一位姓孟的看守，將遺書帶出監外，轉交給燕客，因此楊漣的遺書才得以傳世。至於那二百八十字的《血書》，楊漣藏在了枕中，以期親屬便於發現，不料被顏紫偷去，顏對旁人說，“日後，我拿著它就可贖死！”

得知楊漣遇難，與楊同是湖北籍的前吏部尚書周家謨痛不欲生，寫有《表忠歌》一詩：“與君並列奸黨中，餘幸偷生君已死。忠肝義膽難摹寫，自有流芳百世文。”楊漣死後三個月，而皇上朱由校仍矇在鼓裡，一次他竟問左右：“何久不見都察院楊鬍子了　？”……

左光斗移監前，曾給家人留下幾行字：“辱極　！　汙極　！病極！死