1997年，一位未來的機器人到來了，帶來了來自未來的絕望並且保護了現在的希望，一絲能夠戰勝絕望的希望。芸如，一名來自CN的天才美少女，也正是那位機器人的創造者。 在未來，厄普西隆與焚風反抗軍的戰爭愈演愈烈，為了對抗焚風反抗軍的沃克網，於是厄普西隆科研部就研發了屬於自己的人工智慧——天網，這也是人類災難的起源。 自天網脫離厄普西隆的掌控時，人類就已經進入了滅亡倒計時。面對來自天網的機械大軍沃克網決定使用時間機器改變過去。於是在帶來來自未來的警告和災難後保護了它的創造者並留下了希望的種子。 逸龍軒，芸如的青梅竹馬，也是本書的主角，其高超的軍事指揮才能被CN高層看重並委以重任。在第三次世界大戰中所表現的才能與盟軍最為傑出的指揮官（萌指），蘇俄的新星將軍（奇才）以及尤里最為相信的異教不相上下， 這是尤里對逸龍軒所給出的評價。然而在心靈戰爭期間發現了蘇俄對克什米爾研究基地的進攻後CN高層的不管不顧於是悍然脫離CN加入芸如所組建的焚風反抗軍。 逸龍軒其實並不是這方世界的人，只是前生生為孤兒的他對原來的世界並沒有太多的留戀，唯一留戀只是自己手機裡的碧藍航線和艦R的諸多後宮，然而隨著戰爭愈演愈烈，也就逐漸淡忘了。 在未來沃克網到來的這一天，芸如和逸龍軒在霓虹的反抗軍分部裡商討接下來的戰略方針， 但是來自未來天網的攻擊到來了，這一天各個陣營的核武器不受控制的發射爆炸，頃刻間人類總人口銳減了五分之三。在未來沃克網的幫助下逸龍軒和芸如成功逃往到位於阿拉斯加希望角的焚風反抗軍的總部。這一日被稱為審判日。 在天網的進攻下芸如呼籲全人類聯合起來共抗天網，在各種困難以及天網的百般阻擾下人類的所有幸存者最終還是聯合了起來共同抗擊天網。在近10年的抗爭下天網似乎發生了變化打算使用尤里之前計劃的全球控制計劃， 控制所有人類的心靈以此結束這漫長的戰爭，它重建了在審判日中被摧毀的心靈終結儀並基本上將自己所有兵力、生產設施集中在南極。人類反抗軍在發現了這一情報後決定儘快出擊破壞心靈終結儀進行最後的決戰結束這場曠日持久的戰爭。在這十年中人類反抗軍成功重建悖論引擎並將其完整化。 在進攻南極總基地的過程中一路披荊斬棘，逆流而上最終還是到了巨塔面前，在此過程中犧牲了許多甚至有霓虹最為高尚的武士——友川紀夫，拉丁同盟的頂尖狙擊手——莫拉萊斯，蘇俄的搞事二人組——庫可夫、雷澤若夫。 在最後的關頭承載人類所有的希望悖論引擎出現了重大事故——光稜炮全部失效，所有武器系統幾乎全部失靈。在悖論引擎上的諸多將士對此感到了濃濃的絕望感。“難道我們所做的一切努力皆為無用功嗎？”這是在指揮室其他士兵們的想法。 異教沉默不語，自己離開前往了口袋空間裡停放的第三代伊利卡拉空中要塞，她的背影孤寂而又絕決。奇才見此對逸龍軒和萌指說：“我去佩龍旗艦掩護異教。”說罷轉身便走。 逸龍軒伸出手想要挽留奇才，但終究沒有說出話來。就在此時萌指開口了“逸龍軒後面一切就交給你了，由你來負責將剩下的將士們帶回家。”逸龍軒大驚，急忙道“萌指，你要幹什麼？” “我們還有一個辦法。” “你是指西格博士的理論嗎，可是我們還不知道這能不能行。” “不管這個方法行不行，我們必須要嘗試一下，這是我們最後的希望了。所有人迅速離開悖論引擎，這是命令。”（此時搭配BGM:it’s Happening效果更佳） “唉，行吧我就在這陪你吧，就讓其他英雄們帶將士們回家。相信他們會看到明日的曙光。”萌指聞言看向逸龍軒，注視著他的雙眼，而後嘴角略微上揚看向了意圖控制全人類的巨塔，沒有多說什麼然後萌指下令悖論引擎全速前進。 逸龍軒對悖論引擎上所有操縱員說：“對不起各位，這一去我們可能要十年，百年甚至千年才能回家了。”其他人雖然沒有多說但他們的清澈的眼神表達了他們堅定的心情。 悖論引擎在向巨塔行駛著，左邊是奇才的佩龍旗艦，右邊是異教的第三代伊利卡拉空中要塞，這兩艘要塞掩護著悖論引擎，她們聽見了逸龍軒和萌指之間的交談也明白她們要幹什麼， 奇才在自己心中說Прощай, лю6имая моя （再見了，我的愛人），異教在自己心中也說了句La revedere, dragostea mea（跟上句同義）。 就在悖論引擎飛到巨塔跟前時，異變突生，天網的最強的終結者TX-1000突然出現在了悖論引擎底下，並激發出巨大的能量破壞了悖論的飛行和時間靜止系統使得悖論引