勳除黎元洪，至於溥儀復位不過是一場小插曲，他完全相信要打敗張勳簡直不費吹灰之力。段祺瑞的最終目的是幻想逐步追隨袁世凱後塵，不但企圖獨掌政權，還要日後雄霸中國。因此，既推翻覆闢，又再建共和，實在是等如天賜的最好藉口。段本來是總理，是黎免他職位；共和既然恢復，再任總理，也不為過。說到國會，是黎下令解散的；至於總統，黎是自己辭職的。共和再始，段祺瑞以副總統馮國璋接任總統，應順理成章，屬按章辦事。唯一分歧是國會怎復會？

7月，孫中山在上海決定率員南下另組政府，本是要對抗張勳和帝制，因為那時候溥儀已登位。共和被取消，清帝再出現，孫是號召國人起來把張勳的復辟推翻。段祺瑞反而掌握時機先做到這點。孫中山那時在軍艦上策劃新政府。所以，孫抵達廣州時，北京已全改變。唯是西南不變。中國整體大局，重現南北對峙；即是，北洋軍的皖、直、奉系控制北方；西南滇、桂兩系又再自行宣告獨立。不過，孫的武裝力量有限，僅賴軍閥假意擁護。廣州軍政府的成立，一方面是部份「非屬」北洋軍集團的軍人慾借孫的聲譽聯合與段爭衡，另方面是「原屬」國民黨的議員在北京被排擠後才南下投靠響應孫的護法。因此，從8月18日起至9月1日為止，因抵步議員只一百五十人，不足臨時國會開會的法定，僅能以連串「國會非常會議」的名義，討論、起草、透過「*軍政府組織大綱」，並依據這份大綱選舉孫中山為軍政府大元帥，又選舉唐繼堯、陸榮廷為副帥，負責行使軍政府的職權。9月10日，軍政府告成立，孫就職時表示：「今日變化，非帝政與民政之爭」；同時，又謂：「非新舊潮流之爭，非南北意見之爭」，「實真共和與假共和之爭」。同日，隨即選出各部總長：張洪伊掌內務、伍廷芳掌外交、張開儒掌陸軍、程璧光掌海軍、胡漢民掌交通、唐紹儀掌財政。至於軍隊方面，由孫以大元帥名義任命李烈鈞為參謀總長、方聲濤長衛戍、李福林長親軍、章太炎長秘書、許祟智長參軍、李耀漢長籌餉、廖仲愷長財政。但獲選副帥的唐、陸均缺席。皆因滇系頭子唐繼堯、桂系頭子陸榮廷那時另外各有如意算盤。

9月29日北京政府以「背叛民國」罪下令通緝孫中山等人；與此同時，廣州軍政府亦下令通緝段祺瑞及梁啟超等，以示對抗；並且對外公佈正式向德、奧宣戰。

孫擬以武取勝，組軍進行北伐；目標是希望打垮段，冀期達到南北統一。但滇系和桂系所想實與孫不同。

首先西南軍閥假意附和孫的護法運動，只藉此當作為與北方軍閥談判的籌碼。其時，唐（繼堯）、陸（榮廷）二人旨在聯馮（國璋）抗段（祺瑞）。因為，段自從復任總理後，也欲武力統一南北。而北洋集團中，段掌內閣，馮升總統；皖系（段）與直系（馮）亦正展開權力之爭。但是北京是段勢力；馮因赴京就任，離開南京地盤，諸般不利，反而受制。段是計劃用馮在南京的軍隊出擊西南。既可以對抗孫北伐，又可以消耗馮實力。但馮與西南軍閥常聯絡，同時，對南北統一，主「和」不主「戰」。

無奈在段的催迫下，馮命曹錕進軍湖南。因為這是南上北下必經之地。直系曹錕的部將吳佩孚出兵之後連打勝仗，乘勢而下，西南震動。唐、陸不得不發兵去抵擋。此時段祺瑞搶先機，遣皖系人出任湘督。吳佩孚不服並退軍停戰。馮國璋隨即與西南軍閥再討論南北議和統一。

在這期間，孫中山的大部時間和精力都耗在籌募軍餉和政府職員口糧上。據稱，除了身邊的幾個人，孫這位大元帥命令，百步之外就不靈了。主要因為，無論大小軍閥都無意真正支援孫護法。他們清楚，孫一旦成功了，那還容許武人擁兵割據，真共和真*那有土豪？所以，護法運動，雷大雨少，分、合、和、戰，各為地盤白耗。

1918年5月4日在廣州的政學派議員與桂系軍閥聯合召開非常國會，透過「修正軍政府組織法案」，改大元帥製為七個政務總裁。孫與唐繼堯、陸榮廷、岑春煊、伍廷芳、林葆懌、唐紹儀等入選；孫被排斥，憤然辭職。

其實這場運動由開始至收場，孫的所謂領導始終有名無實。一是組織上有名無實；二是行動上有名無實。

先講國會。孫提出的所謂「護法」，主要是責段祺瑞沒有照當年南京政府所透過的「臨時約法」恢復國會。在孫看來，這個「法」，就是「憲」。孫心目中的合法性國會，是袁世凱改制前的國會，是宋教仁曾大勝的國會。那時議員之中，國民黨佔多數。然而，張勳復辟被瓦解後。不滿段的再造共和，部份議員響應孫的號召南