只來得及救下豐臣日吉丸，以及他身邊所剩無幾的將士。

在面對諸葛墨機關獸開道，叛軍趁勢的追擊下，機械兵團也不敢正面對抗，斯科特只能是命令機械兵團，護著豐臣日吉丸剩下的大軍，向著京都且戰且撤。

當然有機械兵團在，最終諸葛墨他們的追擊沒有能夠成功，但是京都又再次被大軍圍困，而京都原本取得的優勢，也隨之全都付諸東流，京都的戰事重新陷入到僵局。

儘管保住了豐臣日吉丸麾下部分兵力，可是機械兵團在和機關獸的對抗中，也受到了一定的打擊，使得機械兵團的戰鬥力受損，只能是選擇固守京都城，讓機械兵團趁機可以休整一下。

實際上，機械兵團的損耗，大部分都是在護送豐臣日吉丸等人撤退的時候，與那些機關獸硬拼的時候受到的損傷。

而且，斯科特並不想讓機械兵團的機械戰士被對方抓住，因為擔心諸葛墨會得到魯修斯的製造技術，所以在機關獸試圖擒下機械戰士的時候，另一些機械戰士又會回頭去救援。

有一些來不及獲得救援的機械戰士，更是直接啟動自毀裝置，這也使得機械戰士的損耗增加，反倒是已經漸漸無法威脅到機關獸。

再次率領大軍回到京都城下，諸葛墨沒有著急下令進攻，反倒是派出小股的攻城小隊，與機關獸配合起來連番攻城，目的就是要消耗城內的戰鬥力，讓京都城的戰力逐漸被消耗掉。

諸葛墨的這種辦法還是很見效的，逐漸開始消耗掉守城一方的實力，並且在連番不分晝夜的侵擾下，使得守城的一方開始有些疲於應付。

最終，諸葛墨麾下的機關獸兵團找到了機會，在某天夜裡突然發起強攻，機關獸直接功上京都城的城樓，險些就要攻入京都城中去。

好在斯科特率領的機械兵團及時發現，做出了最妥當的應對，在關鍵時刻封堵住城樓與城內的道路，將機關獸兵團給擋在城樓上，並且大批機械戰士奮不顧身衝上前，大戰那些機關獸。

那場戰爭異常的慘烈，大量機關獸被毀掉，同時一些機械戰士也同樣被毀，使得斯科特麾下機械兵團損耗增加。

也使得京都城內外戰局變得撲朔迷離，不到最後一刻誰也不知道會是怎樣的結局，戰鬥的雙方都渴望獲得勝利，但是各自的砝碼都已經加上，顯然局勢仍舊是焦灼。

幾番交鋒和爭渡之下，在諸葛墨機關獸兵團建功的時候，那些木下秀吉舊部再次發起進攻，趁著城內亂作一團，應付機關獸的時候，居然強行攻破京都的城門，城門破開城外大軍頓時開始湧入到城內去。

原本的攻防戰，瞬間就變成了京都城內的巷戰，雙方在城內的街道上展開大戰，便是那些京都城內的民眾，也都捲入到激戰之中去。

可以說，轉眼間整座京都城，都徹底陷入到戰火之中，而且京都城內的一方漸漸開始落入下風，尤其是諸葛墨亮出另外一批機關獸，更是讓勝利天平開始倒向攻入城的一方。

守城的一方几乎已經開始有些絕望，似乎覺得他們無法戰勝對方，即便他們擁有機械兵團的幫助，但還是無法抵擋住對方即將攻克京都城的步伐。

千鈞一髮之際，三號和四號從天而降，而被視為是須佐之男的明棠也出現，給了原本絕望的人們帶來了希望。

三號和四號率領另一批機械戰士加入戰局，明棠賜予京都城內武士們神力，使得局勢再次發生驚天逆轉。

木下秀吉麾下攻入城的舊臣中，有七人戰死在了京都城內，諸葛墨手上攻入城的機關獸也幾乎是全軍覆沒，若非諸葛墨還有那頭老黃牛保護自己，恐怕他自己也可能會死在城內。

老黃牛在緊要關頭，爆發出可怕的衝擊力，硬是衝破了京都城內的重重包圍，帶著諸葛墨從京都城內衝了出去，算是救下諸葛墨的一條命。

險些丟掉性命的諸葛墨，在自己老黃牛的賓士下，衝出京都城之後，一路狂奔居然硬是甩掉了緊追不捨的機械兵團。

即便是三號和四號也是感到十分無奈，完全沒有料到那頭老黃牛的速度會那樣快，機械兵團內最擅長奔跑的機械戰士，都沒有能夠追上那頭木質的機關老牛。

不過雖然沒有能夠抓到諸葛墨，但是京都城的危機算是解除，諸葛墨儘管逃掉，但是他手上機關獸兵團全軍覆沒。

另外木下秀吉的那支大軍，也是幾乎完全被圍困在城內，大多數都被殲滅，剩下的則選擇了投降。

經過持續將近一個月時間，京都城的戰爭終於徹底的結束，滿目瘡痍的京都城迎來了