隨後便是蒙古諸部對哥薩克平民的血腥屠殺，明軍既不阻止，也不參與，他們已經達到了目的。用鐵與火證明自身的武勇和戰力。蒙古諸部想要繼續抵擋沙俄及其幫兇的侵略，就只能依靠明軍，依附明廷。得勢不饒人的蒙古諸部聯軍追殺不斷，直入俄境內。

八月，晉王李定國在南疆繼續揮軍前進，連克喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什等城，喀什噶爾守將反正，十月底，南疆各城全部收復。明軍開始部署進軍伊犁。在明軍強大的軍事壓力下，準格爾部發生分裂，葛爾丹的侄子策妄阿拉布坦率部眾五千餘人逃往冬營地博爾塔拉，並嚮明軍請和罷兵。

昭莫多戰後，噶爾丹的處境十分困難，即所謂“困窮已極”，“糗糧廬帳皆無，四向已無去路。狼狽不堪，目下掘草根為食”。但其倔強。不肯屈服，最後仰藥自盡。最後一代草原狼王，終是不敵千古一帝朱永興。

昭武三十五年（1696年），沙俄遣使至科布多，抗議明軍侵略其境，要求明軍撤回。昭武帝當面歷數沙俄屢番侵略之實。以及支援慫勇準格爾部叛亂的實跡，嚴厲譴責其使，並叫囂要以戰爭徹底打垮沙俄，哪怕這場戰爭要持續一百年，也絕不放棄。

同年。黑龍江將軍於七率漢蒙聯軍與另一支哥薩克軍在阿里布里亞特再次進行激戰。在冷兵器時代，哥薩克的騎兵以其速度快、機動性強、殺傷力大、驍勇善戰的輪番攻擊令人心驚。但他們紀律性差，不願下馬作戰，更要面對熱火器兇猛，且已經頗具有近代化特徵的強軍。失敗在所難免，此戰過後，沙俄中路侵略的腳步便戛然而止。

昭武三十五年（1696年）秋，昭武帝班師回朝，在蒙古大草原留下的是分散駐紮的兩萬大軍，以及與蒙古諸部達成的築路、設驛站、建商城等援助協議。同年，晉王李定國率大軍收復伊犁，完成了統一西北的壯舉。而策妄阿拉布坦則成為了準格爾部的新主人，迫於明軍的強大，他改弦更張，積蓄力量，準備向西向北發展，對哈薩克下手。

同年，昭武帝以第巴？桑結嘉對五世圓寂秘不發喪，以及其和葛爾丹勾結等情況，興師問罪，調滇、川、楚、浙明軍兩萬，由打箭爐（今康定）進兵拉薩，並派禮部侍郎陳忠入藏協助汗處理政務。同時，封五世班禪羅桑益西為“班禪額爾德尼”。從此，歷代班禪均受中央政府冊封也成為一項制度。

昭武三十九年（1700年），各省議會相繼成立，再度競選出國會議員，組建國會，並於當年秋在北京舉行了第一次國會議事。

昭武四十年，大明帝國聯合英法兩國，出兵攻擊荷蘭在亞洲的佔領地，首要目標便是馬六甲。

前後達二十多年的英荷海上爭霸戰爭，儘管荷蘭在軍事上沒有完全輸給英國，但從整體上說，荷蘭海上實力大為削弱了。荷蘭在經濟、貿易、海運方面的實力大為下降，黃金時代的高峰期至1672災難年就戛然而止。

從1687年法國又重新挑起的一系列鬥爭（包括陸上威脅、關稅戰與海上掠奪），把荷蘭人的愛國心消磨殆盡。以致於荷蘭被迫放棄自己的僅存的海上軍事地位，淪為歐洲二流國家，而英國則開始成為海上霸主（部分史家把1688年的光榮革命，視為荷蘭霸權移交給英國的轉折點）。

但在亞洲，大明帝國則是當之無愧的霸主，不僅陸軍可稱無敵，連海軍亦開始以千噸級戰艦作為主力艦。在亞洲，英、法兩國也要以低姿態來迎合，以便在亞洲有一立足之地。更重要的是明帝國的主場之利，也就是人口優勢，能夠佔領也能夠穩固地據有。

面對氣勢洶洶三國聯軍，荷蘭人稍作抵抗，便讓出了馬六甲，中英法三國從而控制了馬六甲海峽，並簽署協定，組建聯合艦隊打擊海盜，維護馬六甲海峽的航行安全。當然，三國在通行費上也平分秋色，各得利益。

昭武四十一年（1702年），第三次國民大議會在北京召開，在昭武帝的推動下，大議會透過了昭武帝自擬的《大明帝國新憲法》。根據憲法規定，皇帝仍然是大明帝國的國家元首，但擁有的權力已極為有限。而且，大議會在四分之三多數的支援下就可以彈劾皇帝。

經過四十年的灌輸引導，大量外國科技、文化、歷史書籍的翻譯發行，新式學校有針對的教育，兩代人的思想觀念不斷改變更新，對於虛君的意義已經有了非常深刻的瞭解。即便如此，中國的大多數民眾卻表示更願意在皇帝，也就是昭武帝的統治下生活。

“改革一個政治制度的最佳時機是在國家政治穩定之際。為什麼要等到革命到來才想起改革呢？”