捕的起義同志英勇就義。峨嵋武裝起義雖以失敗告終，但卻在當地產生了深遠影響，它對民眾覺醒的喚起，指引勞苦大眾走向光明起到了歷史性的作用。由於武裝起義時的陳俊卿一直在獄中，敵人將其關押一年多後，始終找不出他參加共產黨的任何證據，便向陳的父親勒索了幾百塊銀洋，便將陳俊卿釋放出獄。

出獄後，父親對兒子說：今後你去學醫，家中有產業支援你，搞共產是殺頭的事，不能再幹了。陳俊卿則明確告訴父親：如今這個社會只是有錢人才看得起病，窮人生病捱餓誰管？我學醫沒什麼用。兒子的態度令其父親拍案大罵，宣佈與陳俊卿斷絕父子關係，以後陳俊卿的事與他程家沒有任何關係。被趕出家的陳俊卿，帶著妻子，開始自謀生路。白色恐怖的惡劣環境和封建家庭的無情壓迫，沒有使陳俊卿喪失信心，相反他的推翻反動統治的革命信仰更加堅定。

抗日戰爭爆發後，正在西昌做小生意的陳俊卿立即回到峨嵋縣，並同原地下黨縣委委員張克誠一起，到成都，同上級黨組織恢復了聯絡。省委批示陳俊卿、張克誠，速回峨嵋清理被打散的地下黨組織。之後的陳俊卿，一面同縣委的其他同志一起清理組織，一面積極組織當地的抗日救國運動。一時間，各種形式的抗日救亡團體如雨後春筍般地紛紛成立，地下黨組織也得到了恢復和擴大。黨組織曾以“青年抗日運動”的名義，邀請著名人物郭沫若先生到峨嵋作關於抗戰的演講。陳俊卿則把國民黨縣政府補建的峨嵋縣城內有名的“泰豐茶樓”作為黨的宣傳陣地，經常在這裡舉行各種活動，廣泛向群眾講解黨的抗日民主統一戰線政策和主張，並時常與另一個反動組織——峨嵋“成城學會”進行多次辯論，駁斥其國民黨頑固派的反動謬論，擴大了黨的影響。不久，上級批准再次成立中共峨嵋縣委，陳俊卿也又一次擔任縣委書記。

武裝暴動是當時我黨在敵佔區的一項重要任務。陳俊卿再度將精力放在準備武裝起義上，並親自擔任後勤總負責人。1947年7月21日夜，由地下黨領導的暴動隊伍分兩路出發，突然攻打籍田區公所。不巧的是，戰鬥剛開始，恰遇一連敵軍押送軍餉由此路過。見有人攻打區公所，敵正規軍立即開槍射擊。沒有任何武裝鬥爭經驗的暴動隊伍一時亂了陣腳，慘遭打擊後立即敗陣下來。在處理起義善後事宜之後，陳俊卿到成都向時任中共川康特委副書記的馬識途同志彙報了情況。馬識途批示陳俊卿到具有一定基礎的大邑縣唐場繼續從事武裝起義工作。

大邑唐場的地下黨組織工作富有成效，當時已經有了100多人的武裝隊伍，而且又有武裝鬥爭經驗的紅軍幹部朱英漢等骨幹。陳俊卿在此工作得心應手。1948年3月，由陳俊卿任總負責人的“川西南武裝工委”在大邑縣唐場成立，之後這支革命武裝先後擊潰過國民軍隊的多次進犯。在人民解放軍進軍西南時，這支部隊發展到上千人，有力地配合瞭解放軍的作戰。

在解放軍節節勝利的形勢下，中共四川省委決定於1948年4月成立新的中共雅樂工委，領導雅安、丹稜、眉山、蒲江、大邑、邛崍、彭山、峨嵋、樂山、井研、仁壽、青神、夾江、洪雅等一帶的武裝鬥爭。陳俊卿和呂英分任中共雅樂工委正副書記。這時，一個配合我軍解放大西南的宏偉計劃正在陳俊卿心中醞釀著……不幸的是：正當陳俊卿全力組織和開闢轄總崗山周圍八個縣區域的革命武裝——“青衣江遊擊縱隊”時，　1948年11月底的一天，陳俊卿來到樂山五通橋的牛華溪鎮上，準備辦理當地一對兄弟入黨的事宜時，被認識他的特務碰見後當地抓捕了他。

當晚10時，陳俊卿被帶進了偽警察局五通橋分局審訊室。偽警察局長審問道：“叫啥名字，哪裡人　？＇…＇”

“姓王，洪雅縣人，”陳俊卿沉著回答。

“來這做啥子？”

“做鹽巴生意。”

“胡說！你是峨嵋人，快交代你參加共產黨多長時間了？”

“我是做鹽巴生意的，不知道啥叫共產黨。”

“刑法伺侯！”於是敵特分子們先後使用老虎凳、水葫蘆、吊打等酷刑，將陳俊卿折磨得死去活來，但他始終咬緊牙關，不吐一個字。不幾日，敵特們找來一個叛徒與陳俊卿對質，並由偽樂山行署秘書鄭政親自審訊陳俊卿。

鄭政：“告訴你，其他人已說了你的身份，你若交了你的組織就放了你”。

陳俊卿：“我是共產黨，你要怎麼樣？”

鄭政：“我讓你交出組織，這樣我們不僅馬上放了你，而且還給你安排