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第二階段，給予各改編部隊一定期限的過渡時期用來提高訓練水平和充實裝備，所有部隊都要達到統一考核標準才能被授予正式番號。在過渡政府時期，各地改編的部隊暫且仍由地方發餉。待整編成功，考核透過，一律都由中央發餉，軍餉全國統一，不存在任何歧視或照顧。這一階段是最重要的階段，在這一階段裡，除了改革軍事指揮層面，中央設立國防、部，由總統作為國家海陸軍最高統帥親自任命國防、部長，行使軍隊統帥權外，還將成立德式的總參謀部，為軍隊提供軍事情報、後勤、計劃與人事。其主要任務是在總參謀長領導下，貫徹執行最高統帥和國防、部長的命令、指示，蒐集和提供情報，擬定和組織實施戰略戰役計劃和動員計劃，指揮並部署協調各軍種、軍區、戰區及各種武裝組織的作戰行動。有的總參謀部還負責擬定和組織實施武裝力量建設計劃，掌管軍隊的組織建設、裝備計劃以及軍事訓練、行政管理等事務。蔡鍔顯然對德式的總參謀體系十分推崇，不過也增加了許多自己的看法，比如他認為總參謀部在和平時期需定期（每三個月）召開一次會議，除了交流軍隊的訓練跟裝備情況外，還需要研究跟制定有關周邊各國的軍事部署等，這一點很有先見性。除此外，第二階段也是最重要的一個階段。蔡鍔認為以中國的地大物博，至少需要編練70…90個國防正規師，擁有一百二十萬上下的兵力，才足夠防禦來自英法日俄四個在陸地上同中國接軌的列強國家的覬覦。除此外，還要撥發巨資重建北洋、南洋海軍庇護國防。在蔡鍔的計劃中，這一階段將持續五年甚至更久，要視國家的財政情況跟中央與地方實力派的強弱而定。

有關編練軍隊這一點上，李漢跟蔡鍔之間有些分歧，他主張暫時犧牲海軍，以延後十年甚至二十年發展海軍，來換取足夠的資金建設大陸軍，因為一般情況下，一艘之前他曾有意跟美國購買的老舊弗吉尼亞級戰列艦，一艘的價值便足夠裝備一個半的德式陸軍師，更好一點的康涅狄格級戰列艦一艘造價便抵得上近一千輛未裝備火炮跟機槍的戰車原車，就算是整車也能裝備兩百多輛。不誇張的說，十艘戰列艦的造價，足夠建設出一支在遠東數一數二的陸上強軍了！

第三階段，建立國防工業體系，升級國防軍裝備、細化兵種、劃分防區的階段。在這一階段中，國家至少需要完成自己的國防體系建設，擁有自己的飛機制造廠、戰車生產廠、造船廠、兵工廠、鋼鐵廠等等，同時將國內最混亂的四大地區劃分直屬國家中央指揮的國防軍區。比如跟英法衝突不斷的西南地區將建立西南國防軍區、日俄覬覦的東北將建立東北國防軍區、不斷謀求獨立的外蒙將建立外蒙國防軍區、老毛子不斷侵邊的新疆將建立西北國防軍區。四大國防軍區囤積重兵駐守邊防線，警惕跟震懾列強實力亡我之心。

這國防草案李漢一直壓著沒有公佈，今天還是第一次對各部開誠佈公。結果不但孫黃二人臉色大變，連胡瑞霖、唐紹儀、陸徵祥幾人都變了臉色了。

胡、唐等人變臉李漢當然能猜到幾分，因為一旦施行了新國防計劃，恐怕每年政府至少需要支出高達六七千萬的經費，僅軍事費用一項，便佔去了日後政府收入的大半，新國防計劃可謂是窮兵黷武，尤其是在當過民國總理的唐紹儀跟陸徵祥看來，可謂是殺雞取卵的手段，一旦真要實行了必然少不了跟地方實力派之間的戰爭並加劇新政府的財政危機。

不過沒等到他兩人發表不同意見，孫雯便先站了出來，皺眉反對道：“軍隊屬於國家、屬於百姓，建立一支統一指揮的國防勁旅的確是現在國家的當務之急。只是大總統不覺得時間太急了一些嗎？一來中央跟地方各省之間尚需要一些商議，二來正如之前總統所言，財政危機已經不足以支付這筆高昂的軍費，國內民心思安，現在急於擴軍難免給百姓留下窮兵黷武的不好印象！”

李漢黨人明白，這種軍政費用畸高，軍事費用佔政府開支五成以上的情況，並不真正符合國防建設的需要。須知國力才是軍力的基礎，沒有雄厚的國力，即使一時發展出強大的武裝也不能持久，但認為