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拿破崙也沒有忘記給法國駐軍修建新的兵營，更重要的是，在開羅地區修建4所新的醫院，總共有600張病床。隨軍工程師設計建造了大型的麵包烤爐以解決軍隊的燃眉之急。拿破崙堅持要為軍隊烤制“質量上乘”的麵包。他認為，只要軍隊能夠吃好，就不會再有那麼大的牢騷了，也不會在外面欺騙和盜竊了。軍中的盜竊之風十分猖獗，最頭疼的是他們甚至偷盜馬匹，　法國騎兵仍然急需大量的戰馬。有些高階將領的坐騎也被偷走，無處可尋。

拿破崙將德塞的師團部署在吉薩南方的尼羅河上游紮營，準備進攻穆拉德貝伊軍；邦將軍的師團則鎮守開羅，梅努和迪蓋的師團在“老開羅”　和尼羅河港口布拉克保護開羅；　雷尼爾的師團越過荒漠向東面的蘇伊士跋涉。其他軍團則分散在四面八方。貝爾蒂埃則正在尼羅河邊的吉薩建立龐大的中央軍營，包括醫院、炮兵營、運輸營、工程部和彈藥庫。

貝爾蒂埃不斷聽到各種抱怨，如法國軍人甚至軍官不守規矩等，包括密報有人煽動軍心以及軍官私分軍用物資。現在，甚至對軍隊的日常管理也變得困難起來。迪蓋、雷尼爾和德塞不斷送來傷感並令人灰心的報告，令貝爾蒂埃對軍隊現狀深感困惑和不可捉摸。

軍需官索西負責為分佈在方圓上萬平方英里的軍隊提供軍需品。　總司令部接到報告說有人抱怨軍需品和食物沒有運到他們的駐地，特別是在塔米亞和亞歷山大海岸一帶。幾個月之後，索西非法私吞軍用物資以及將軍用物資送到黑市上出售的事實才得以完全暴露於眾。

同時，在開羅對軍隊進行整編之後，拿破崙必須進一步征服整個埃及，儘管他在給督政府的報告中稱埃及已平安無事，實際上，連羅塞塔和塔米亞也不平安。從亞歷山大到開羅一線的法軍武裝運輸部隊處處遭到襲擊，甚至連來往於總司令部的若干軍使也遭到殺害，其中一名是拿破崙最鍾愛的副官朱利安——為此，拿破崙不得不用重兵護送軍使。與此同時，梅努將軍要對付羅塞塔周圍以及從羅塞塔到拉馬尼亞一帶的埃及敵對分子；維亞爾則被派往塔米亞去駐守港口和極其重要的糧食儲備倉庫；扎約翁謝克被派往梅努夫和尼羅河三角洲擴###軍影響，做好向東擴張的準備。

換句話說，雖然拿破崙在金字塔大戰取得了勝利，但除了亞歷山大和開羅之外，這個國家仍然在繼續和法軍作戰。沒有一個地區可以免於小規模襲擊的騷擾。此外，殘餘的馬穆魯克軍仍然具有一定勢力，易卜拉欣貝伊軍在開羅的東北面，穆拉德貝伊軍則分佈在尼羅河沿線的法尤姆以南地區。

拿破崙帶來的32；000人的遠征軍，目前只剩下2萬人左右可供調遣（另有6；000人在醫院，或駐守各地）。8月18日，貝爾蒂埃將這個令人吃驚的數字報告了拿破崙。拿破崙在不到兩個月的時間內損失了7；000人。不用說，在給巴黎的報告中，這一點兒也沒有提到。

儘管入侵和攻佔異國的殘酷現實不容置疑，但是拿破崙卻為後代做出了法國人在落後的法老王領地執行“文明使命”的先例。拿破崙帶來了現代的機器，他研究埃及的人文地質。1799年，布沙爾上校發現了“羅塞塔石碑”①，藝術家德農在底比斯、盧克蘇爾和卡納卡發現了大量古代神廟的遺址（包括法國軍隊後來帶回法國置於杜伊勒裡宮花園裡的方尖塔）。但是，也許拿破崙最偉大的創舉就在於他建立了埃及科學院，他將其視為傳播文明的最有力的手段。

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埃及科學院建立於1798年8月22日，此舉在督政府和法國人民的眼裡，在歷史上以及在埃及人的印象中都被認為是一件好事。但它的意義遠不止於此，這得益於蒙日、貝託萊和他們的同事們的積極參與。特別是蒙日，他現在每天都在開羅與拿破崙見面，得以逐漸影響拿破崙，使其認識到以知識分子而不是政客作為組建政府以及政府執政方向的指導力量的重要性。拿破崙一貫喜歡視自己為“公僕”——當然是有學問的公僕（他甚至在釋出軍事命令時常常簽上“科學院院士”的字樣），他在業餘時間通常和考古學家、歷史學家和科學家在一起，而不是和粗魯計程車兵在一起。這些科學家的非凡創造力使法軍不必依賴歐洲本土的後方，而在埃及自給自足地生存下去。

嚴格說來，科學院有3大目的：一是在埃及傳播知識和技術；二是研究埃及的博物學歷史、工業和人文歷史；