播州，楊應龍乘勢領兵焚燒東坡、爛橋、梗湖、貴路、接著又燒龍泉等地。當地都司楊惟中見賊兵勢眾，遂領家眷逃走。李化龍見狀便上疏萬曆皇帝，彈劾褚帥不用心御賊，見賊便跑，萬曆皇帝怒罵，遂逮捕沈尚文，將童元鎮、劉延革職查辦，貶為事官。

萬曆二十八年（1600）二月，各路軍馬大集，李化龍先以督師名義，調水兵三萬扼守貴州，斷賊兵後路，繼而移師重慶，招大小文武官員，起誓大徵。

官軍分八道進兵，川師四路：總兵官劉綎出綦江，馬孔英出南川，吳廣出合江，副將曹希彬出永寧，黔師三路：總兵官董元鎮出烏江，參將朱鶴齡統宣慰使安疆臣出沙溪，總兵李應祥出興隆，楚師（湖廣一帶）一路分兩翼：總兵官陳璘出偏橋，副總兵陳良玭出龍泉，每路兵馬三萬，官軍出三成，其餘七成皆有各地土司出之。貴州巡撫郭子章駐貴陽，以便指揮斷賊後路，湖廣巡撫支可大移往沅州，指揮戰鬥。李化龍自率其餘兵馬於中軍策應。這時，萬曆皇帝又以楚地遼闊，遂擢升江鐸為僉都御史，巡撫偏、沅。

官軍八路兵馬二十萬眾，氣勢蕩蕩南下，有推官高折枝先率南川兵進，駐紮桑木鎮，後劉綎也自綦江入，應龍率精兵兩萬，叮囑其子楊朝棟道：“你破綦江，馳馬南川，盡皆焚燒積聚，此舉實屬無能之為也；如今對抗官軍褚路兵馬皆大敗，言畢氣得捶胸頓足，繼而又感嘆道：“我當初不用時泰計謀，今恐死期已至矣；

另一邊，李化龍令安疆臣斬賊兵來使，遂與其絕交。總兵董元鎮出烏江與賊兵迎戰，結果大敗而回，李化龍遂以督軍名義逮捕問罪，諸將見勢，隨後皆奮力搏戰，劉綎自綦江出，楊應龍久聞其威名，稍有所懼，這便也派兵守住各路要害。

劉綎率兵前進，直搗賊兵所據楠木、山羊、簡臺三洞。三洞險絕無比，高不可攀，賊將穆照等人聯營萬眾，竟對劉綎的到來毫無忌憚。劉綎見狀將兵分為三路，攻其三面，與賊兵大戰於李漢壩，生擒魁首，其餘賊兵見狀便只得退縮洞內。官軍乘勢攻克三關，直搗洞前，劉綎左手持金，右手舉劍，大呼道：“奮命殺敵者當賞其金，畏縮不前者當誅其命。士卒聞得他這麼一吼，隨後皆奮勇殺敵，斬賊兵四十餘人，此時，劉綎又下令燃起火把，直仍洞中，為此，賊兵死傷眾多，官軍殺進洞內，生擒賊將穆照及魁首吳尚華。

楊應龍聞三洞盡被攻克，於是大驚，遂遣子朝棟、惟棟及其黨羽楊珠統領精銳之兵五萬，自松坎、魚渡、羅古池三道並進，以御劉綎之兵。