面，主要在查修圩寨。曾國藩責令各省巡撫在捻軍經常出沒之地修築圩寨，設立圩長。遇捻軍來時，須將所有人丁、牲畜、糧草都集中到圩寨中，由民團把守，實行堅壁清野，使捻軍得不到一點給養。又制定查圩法，對圩寨進行徹底清查。把與捻軍關係深的人列入莠民冊，按冊稽捕捉拿正法。其他的列入良民冊。五傢俱保結於圩長，有事則五家連坐。圩長具保結於州縣，有事則圩長連坐。以此來切斷捻軍與百姓的聯絡。曾國藩派薛福成代他巡視各處，監督州縣執行。薛福成臨走之時，曾國藩向他交底：“你生在書香之家，長期受詩禮薰陶，我怕的是你姑息縱容，執法不嚴，不怕你專擅自主。當年胡文忠公送給九帥一副對聯：以霹靂手段，顯菩薩心腸。把嚴慈之間的關係說得最是恰當。亂世當用重典，除暴才能安良，此治國不易之法。我授予你生殺予奪之大權，你儘管放心去用。”

薛福成受此器重，氣血大漲。他帶著一批像他一樣的年輕書生，在捻軍的家鄉蒙縣、亳縣一帶，雷厲風行地清查圩寨，大開殺戒，有的一個寨一次就殺十多人。薛福成這一手的確厲害。蒙、亳一帶百姓人人自危，再也不敢與捻軍有聯絡了。從此，捻軍不能回家鄉，變成東奔西闖的流亡大軍。

文的方面收穫甚大，武的方面卻不盡如人意。幾個月來，湘淮軍與捻軍交戰四五十次，基本上無勝仗可言，而濟寧城外劉銘傳與陳國瑞的械鬥，又更使曾國藩氣憤不已。