安定下來，但各種事務還是很繁忙的，除了要賑濟饑民，恢復各地官府建制的事情之外，最要緊的還是軍事問題。

按照林清華的計劃，現在大的軍事行動已經暫時終止，雖然各地還有一些小規模的叛亂和土匪騷擾，但這些軍事行動已經可以由地方部隊承擔了，所以，林清華決定現在就騰出手來整頓軍隊，將最近一段時期以來收編的所有軍隊都統一的整頓一番。

林清華準備將軍隊分成兩種，一種為主力野戰部隊，即嫡系鎮虜軍，他們將負責進行大規模的正規戰爭，另一種軍隊為地方治安部隊，主要負責維持地方秩序，剿滅土匪強盜，並在適當的時候向嫡系鎮虜軍提供支援，保障後勤線的安全。

根據目前所能承受的財政負擔，林清華打算暫時先編嫡系鎮虜軍三十萬人，而地方部隊的數量則兩倍於此。與鎮虜軍不同的是，地方部隊軍餉很少，士兵每三個月才發放一次軍餉，為一錢銀子，而且其名稱也與鎮虜軍不同，林清華想來想去，最終還是將其命名為“保安團”。

保安團的編制與鎮虜軍完全相同，而且也按照鎮虜軍那樣的軍銜進行整編，所不同的是，保安團最大編制單位只到團，並根據所駐地方的大小、治安情況的好壞分別駐紮團、營或者是連級規模的部隊，其裝備均為鎮虜軍淘汰下來的一些老式火器，其中還有不少冷兵器，其軍官除了有三成的舊軍官之外，剩下的七成軍官均為鎮虜軍中挑選出來的軍官和士官，而其軍官的待遇則與鎮虜軍普通軍官保持一致。

整編不是一步就到位的，從平定貴州開始，一直用了四個月才基本完成，而這中間又發生了一些意外情況，如兵變、鬧餉等，使得整編進行得並不太順利。

除此之外，沐天波的騷擾也使得整編一度終止，大量部隊被派往江西南部，與沐天波駐紮兩廣的軍隊對峙。

當林清華與莫不計剛剛回到武昌衙門，那留在衙門中辦公的幕僚交給林清華的第一份公文，就是林清華剛剛派到吉安的官員送來的塘報。

塘報上說，沐天波的一萬軍隊在前不久剛剛攻擊過一次吉安城，幸虧鎮虜軍防守嚴密，才沒有讓他們得手，不過，看起來沐天波賊心不死，又在廣東以北集結軍隊，妄圖繼續騷擾江西南部。

林清華不太明白，為什麼那沐天波不去領兵收復他的雲南，卻偏偏要與自己作對。不過，那幕僚遞過來的第二封公文很快就解開了林清華心中的密團。

這封公文是洪熙官派人送來的，在公文中，洪熙官說最近南京的桂王先後派了幾名大臣，秘密南下兩廣，看起來應該是與沐天波聯絡去了。這樣一來就很清楚了，很顯然，那沐天波見鎮虜軍這麼快就擊敗了桂王軍隊，佔領了江西南部，一定升起唇亡齒寒之感，因此便又與那貌合神離的桂王聯合起來，妄圖將林清華的勢力壓回去，也許前些日子的進攻只是一次試探，說不定沐天波正與桂王醞釀著更大的軍事行動。

除了講出桂王與沐天波勾結的企圖之外，洪熙官在公文中還說，福建、蘇浙一帶的天地會中已經混進了洪門的人，而且看起來那洪門似乎已經投靠了鄭森，他們混進天地會的目的正是為了替鄭森刺探情報。洪熙官在公文中詢問，是否將那些混進來的洪門中人幹掉。

林清華馬上給洪熙官寫了份命令，在命令中，他禁止洪熙官殺害混進天地會的洪門中人，只允許將他們趕出去，因為現在他還不能與鄭森撕破臉，畢竟他所需要的糧食、銀子都靠與鄭森貿易而得，他還不想與這位財神爺鬧僵。當然，為了反擊鄭森的這種挑釁，林清華命令洪熙官也照葫蘆畫瓢，派遣天地會的弟兄混進洪門中去，儘量做到你中有我，我中有你，雙方都不能太吃虧。

處理完了洪熙官的公文，剩下的就只是一些非常普通的公務了，這些交給幕僚去辦完全可以，不過，還是有一份公文引起了林清華的注意。

這份公文是貴州的沈猛傳回來的，他在公文中說，雲南的沙定洲曾派兵在貴州南部一帶出現，雖然他們不久後就退走了，但似乎應該加強貴州的防禦力量，所以他希望林清華能夠命令駐紮四川的秦侃派兩萬人支援貴州。

林清華看著這份公文，心中一下子亮了起來，於是他馬上給秦侃寫了份命令，命他立即派兵支援沈猛，同時將那沙定洲派去聯絡張獻忠的阿來婆也一同送到貴州，並將其釋放，同時命那阿來婆給沙定洲帶去一封林清華的親筆信，將林清華想與沙定洲聯手對付沐天波的想法透露給沙定洲。

寫完了給沙定洲的親筆信，林清華愜意的伸了個懶腰，他走到屋子門口，見天色已經不