司令官、軍司令官、經常還有師團長和艦隊司令官的過程中，參謀總長和軍令部長起的是“傳聲筒”的作用。實際上，天皇不可能對大本營的所有命令都進行詳細檢查，但是對於這些命令的最高型別——天皇的最高統帥命令，在統帥部準備傳達之前，都要受到裕仁的仔細檢查。

統帥部長根據大陸命和大海令釋出的較為重要的命令和指示亦是如此。首先是陸軍和海軍的作戰課起草命令，部課長進行修改，然後沿著指揮系統傳到次長和總長處，最後，在命令釋出之前提交給天皇取得他的許可。就這樣，裕仁不但作為一種力量推動了日本整個戰爭體制，而且作為可以自由行動的個人，仔細地審查和批准了實行侵略戰爭的政策、戰略和命令，因此，天皇的責任是巨大的。

裕仁與大本營之間透過調查問題、告誡以及向統帥部和陸海軍大臣認真重複他的指示和質詢的方式相互作用。此外，他還學會了如何利用他的地位不斷地向他們施加心理壓力。平時，他行事溫和，可以說更像喬治·Ｃ·馬歇爾的禮貌儀態，而不像喬治·Ｓ·巴頓的風格。然而，他的“質詢”相當於命令不能無視。天皇希望變更現行軍事行動時，有時也會遇到反對意見，但是隻要他堅持就會如願——即便那意味著統帥部長不得不否定那些與天皇的政策相左的作戰部長以及重要部局長們的主張。簡言之，統帥部要對一個精力充沛、行動主義的天皇負責，他們永遠無法按照自己的想法進行對中國的戰爭。陸海軍大臣也是如此，他們也受到裕仁質詢的管制，有時候要做他的出氣筒。

此外，有文獻史料為證，在各種關鍵時刻，裕仁不但參與制定戰略、決定戰役計劃、選定時間等，而且還對進行中的現地軍事行動進行干涉，以至於如果沒有他的干涉某些變化根本就不可能發生，而且這樣的行為不在少數，有時甚至每天如此。他還監管、甚至偶爾評論方面軍司令向下屬部隊釋出的命令，儘管不能確定他做到了什麼程度。

裕仁即位以來一直聽取的內閣非正式報告（內奏），1937年以後由於大本營的設定而得到了加強，它對裕仁的大元帥角色提供了正規的支援。從某種程度上講，內奏屬於天皇提問（御下問）上奏者回答的問答式會見。通常的參加者是統帥部和某幾位特定閣僚。這種會見有時已經流於形式。在這些會見中，天皇默不作聲地接受大臣或者統帥部的書面或者口頭報告（上奏）。在內奏過程中，情報和意見的交換甚至會引發對政策、戰略、甚至戰術的討論，然後以日本式的“意見一致”達成決議。其結果是，在內奏後再形成的內閣決議實際上是預先決定好的“成品”。它反映了裕仁的思想，因此不會再被修正。

第三部分：聖戰“洗劫”南京

10月下旬，上海及周邊地區的陣地戰顯露了臨近結束的跡象。11月9日，中國陸軍開始了部分撤退。上海市約5平方公里的城區和大部分的郊區被來自陸海空的轟炸所破壞。將近25萬中國人被殺害，包括許多在前線戰鬥的婦女和兒童。日本方面的死亡人數是9115名，受傷人數為3�1257萬名。11月中旬，中國軍隊的抵抗全線崩潰。當時的形勢是，中島今朝吾中將率領的上海派遣軍第十六師團在長江沿岸的白茆江沒遇抵抗地成功登陸，並且將與一週前在杭州灣北岸登陸的柳川平助中將率領的第十軍會合，對中國軍隊造成威脅。喪失了鬥志、組織混亂的蔣介石士兵，暴露在日本海軍航空隊的猛烈轟炸和機關槍掃射下，還有日本炮艦的炮轟之下，他們穿過長江沿岸的村莊和城鎮慌亂地撤向約300公里之外的南京。

日本軍擁有裝備優勢，但是休息和補給嚴重不足，儘管如此，日軍各縱隊繼續向西推進，對中國軍隊進行緊急追擊。上海派遣軍當初的目的只是在上海地區從事有限度的戰爭並避免與英國和美國發生摩擦。然而，隨著戰地司令官無視東京的上級指揮權開始獨斷濫用職權，這些制約都被置之不顧。第一次與中國普通平民直接接觸的部隊（他們在整個上海戰役中一直都在殺害俘虜），現在被命令可以無視戰鬥人員和非戰鬥人員的區別。例如，11月11日的步兵第六連隊第二大隊的攻擊令名言：“一般良民皆於城內避難，因此，所有城外者均按懷有敵意者論處予以消滅。”“燒燬房屋、準備物資便於掃蕩行動。”

向南京進軍的日本軍各部隊沿主要幹道和鐵路幹線向內地推進時，燒燬劫掠村莊和城鎮，對大批中國軍隊和避難的平民進行了追擊。12月1日，裕仁新設立的大本營命令第十軍和上海派遣軍從不同方向包圍南京。第二天，朝香親王被任命為上海派遣