然發現一中年美婦李氏，經查，竟然是二十年前司馬睿之正妻，如今卻已瘋癲。

太子仍不死心，屢次欲害卜機，卜機隱忍之餘，開始調查李氏，結果一日夢迴，天帝託夢，卻告知李氏乃卜機之母。

大驚之下，卜機強行闖宮，與司馬睿當面對質，司馬睿無奈承認，當年李氏所生之子，被當今皇后之兄，庾亮之叔庾豫換為狸貓，李氏被打入冷宮，司馬睿隱忍十年，終於在十年前和庾亮配合，庾亮在家中發難，殺死庾豫。司馬睿四處尋訪親子，十餘年不得，終於在年前得知卜機下落，卜機本名司馬玄！

太子司馬紹得知一切，悍然起兵謀亂，一直站在司馬紹一邊的王敦也從柴桑順流而下，而一直明哲保身的王導則保持中立。

關鍵時刻，已經被重新立為太子的司馬玄，從司馬睿手裡得到藏庫十餘年的天子劍湛盧劍，光華泛處，眾人畏服，司馬紹率兵攻入建業宮，卻被司馬玄一劍劈成兩段，其餘部四散而逃，亂遂平。

而王敦部也已經兵臨城下，正當王敦準備攻城之際，燕霓裳燕羽衣姐妹夜襲大營，成功刺死一代梟雄王敦，不過姐妹倆卻也深受重傷。

無奈之下，卜機只好與其雙修來為之療傷，自己也趁機功力漸至大成。

三個月後，朝廷內外形勢已經穩定，陶侃，王導都已經表示效忠，司馬睿遂禪讓於卜機，卜機即位，改元中興，意為中興大晉，北伐中原之意。追司馬睿為元帝。

立謝靈為東宮靜皇后，陶晚晴為西宮宛皇后，庾文君為南宮淑皇后，王導之女王凝之為北宮順皇后，謝蘊封為蘭妃，燕霓裳封為德妃，燕羽衣封為容妃，士蓉兒封為令妃，墨含煙封為謹妃。

司馬玄掌國，立即宣佈休養生息，發展工商，鼓勵生產，整軍備戰。

中興元年正月，宣佈廢丞相制，改行三省六部制，同時建立內閣，謝鯤，郭璞，庾亮，王導，陶侃五人為內閣大學士。

同年三月，有揚州女子云娘進京尋訪夫君，為司馬玄所知，遂入宮，為良妃。

同年五月，蜀中李雄來朝，宣佈內附，同時司馬玄納李雄之女李宸為晨妃，蜀中遂安。

同年八月，中興皇帝司馬玄親至京口，宣佈北府軍擴軍至八萬，調荊州毛夏和趙衰為左右大都督，統領北府軍。

同年九月，帝司馬玄知司馬鳳非元帝司馬睿所生，大喜，遂暗納之。

五年生息，中興五年3月，於京口，司馬玄宣佈，分三路出兵北伐。

西路有趙衰率領5萬大軍，由壽陽北上，直指河南，意在收復洛陽。

中路有司馬玄親率10萬大軍，沿路北上，直指鄴城。

東路由郭璞率領水師4萬，自泉州下海，於青州蓬萊登陸，襲擊敵後。

石勒屢戰屢敗，三路大軍於中興六正月年會師鄴城。

攻城4個月，城破，石勒自焚而死，後趙亡，於廢墟中，卜機找到《易經》。

將《易經》融會貫通後，卜機發現，《易經》竟然是與後世相連通的奇書，於是，他就知道了新的科技，新的制度，新的思想。

中興七年，前趙王劉曜親率10萬大軍，出函谷，企圖襲擊舊都洛陽，卻被司馬玄設下十面埋伏之計，劉曜力戰突圍，死守函谷關，晉軍攻之不克。

司馬玄既知科技之事，遂建制造局，廣行天下，大見成效。

中興七年，製造局研出曲轅犁，新式紡車，車弩。

中興八年，製造局理論曹編纂《原本幾何》。

同年，製造局研出火藥。

中興九年，製造局在火藥的基礎上研製出神武大將軍炮。

中興十年，司馬玄再次發兵三十萬，分兵四路北伐。

益州牧毛中出兵三萬自青田北上，直趨散關；荊州牧王當出兵八萬自襄陽北上，攻武關。

豫州牧毛夏出兵十五萬，自洛陽西進，攻函谷關。

幷州牧庾翼出兵四萬，自涇陽南下，攻上郡。

劉曜憂懼之下，飲藥而死，前趙遂平。

涼州張忠謀聞訊上表請降，司馬玄允之。

遼東慕容飛拒降，司馬玄命庾翼，毛夏出兵撻伐，北平一戰，晉軍神武將軍炮火力無邊，鮮卑騎兵死傷無數，慕容飛自刎，遼東遂平，天下一統。

中興十一年，天子司馬玄宣佈海內一統，大赦天下，並改元太平。

嗣後四海清晏，宇內生平，天子司馬玄但垂拱即可，百姓安居樂業。

中興二十年，天子司