在正在起草新憲法的凡爾賽和巴黎，年輕的軍官終於意識到法國正在發生可怕的政治###。但是拿破崙不但沒有對這種###表示出驚愕，反而為其大聲喝彩。“對於稍有勇氣和智慧計程車兵而言，革命是理想的時光。”他對兵團的一名戰友這樣說道。他深受所見所聞的鼓舞，1789年9月，他第三次動身返回科西嘉。然而，和前兩次不同，這是他第一次“政治”參與：被猛烈抨擊的君主政體正在改組，他希望新的正義理念能有助於改變科西嘉人的命運。長期流亡的保利第二年也回到了科西嘉，號召他的同胞利用革命之機以民主、革命俱樂部和新的國民衛隊取代“十惡不赦”的封建專制。

但是，當島上的王室總督封閉了俱樂部之後，拿破崙向保利的國民議會遞交了一紙抗議的訴狀。1789年11月5日，在科西嘉首府，拿破崙支援群眾衝擊法國駐軍，當局立即將其驅逐到阿雅克肖，將他視為害群之馬。他在那裡差點以謀反、叛逆和殺人罪受到軍事法庭的審判。就在此時，國民議會恢復了科西嘉人民的公民權利。重獲獨立的人們痛哭流涕，可是領導這次運動的人——保利已經是64歲的謹小慎微的老者了。

已經改變了原來當神職人員的計劃、到比薩攻讀法律（未完成）的約瑟夫·波拿巴也回到了科西嘉，與拿破崙並肩工作。但是，此時島民之間發生了很大的分歧：一派是支援國王反對革命和民法（該民法要求神職人員接受效忠革命的誓言）的天主教會，一派是法國大革命的擁護者，還有一派則要求完全獨立。拿破崙和約瑟夫雖然傾向獨立，但對法國大革命的許多原則大加讚賞，因此天主教派的暴徒無一倖免。科西嘉變成了一個險惡的地方。

拿破崙和現在已經是獨裁者的保利在政治上發生了嚴重分歧，拿破崙於1790年1月去法國之前，說服阿雅克肖的雅各賓俱樂部給該市駐國民議會的毫無作用的代表寫一封抱怨信。“保利勃然大怒，”拿破崙回憶道，“從此以後我們有很長時間沒有說過話。”

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自從拿破崙離開皇家軍校來到瓦朗斯以來，他一直過著最簡樸的軍團生活。他要扶養現在帶在身邊的13歲的弟弟路易，還要給母親寄錢——剩下的一點錢也統統花在了購書和文具上。至於一日三餐，麵包和乳酪足矣。難怪勞拉·佩爾蒙焦慮地發現他看上去比任何時候都更加蒼白和瘦弱。但是，這並不妨礙拿破崙參加題為《論為使人類幸福所必備的真理和情操》的徵文比賽。這是他最後一次花費他寶貴的時間進行哲學冒險了。他不再沉迷理論學說，他現在已經完全脫離了“青年時代”。

1791年9月10日，拿破崙中尉（他在6月得到晉升）在5年內第四次回到科西嘉，這次是來支援約瑟夫競選立法議會議員的。由於缺乏保利的支援，約瑟夫被夏爾·安德魯·波佐·迪博爾戈（他家一直是阿雅克肖城波拿巴宅第三樓的房客）完全擊敗。拿破崙絕對不會饒恕或忘記這次“背叛”。

波拿巴一家仍然住在阿雅克肖，只是其側牆已經被塗成不同尋常的、在科西嘉有人贊成有人反感的黑白相間的顏色。科西嘉仍然有同情法國大革命的黨派，而保利愈來愈支援日益發展的一主張投靠英國脫離法國而完全獨立的派別，並反對一切忠於波旁王朝的神職人員。法國新近事態的發展也無助於改善科西嘉的狀況：路易十六企圖逃亡未成，6月，遭到逮捕；9月，解散制憲議會，成立立法議會；之前8月，奧地利向法國宣戰，接著是全國戰爭總動員。

拿破崙感到科西嘉的局勢顯然需要一個威廉·退爾。雖然由於巴黎的革命政府採取了包括關閉島上修道院等反教會措施，激怒了法國大革命的許多支持者進而疏遠了自衛隊和革命黨，使支援法國大革命的拿破崙處處遭到強烈反對，但他仍然成功地拉到選票當上了國民自衛隊的中校副司令。其結果導致一場混戰和衝突，拿破崙於1792年5月乘亂和國民衛隊士兵一道試圖奪取法國駐軍留守的阿雅克肖城堡未果的事件使這種混戰達到了最高潮。

拿破崙完全錯誤地判斷了局勢，結果引火燒身。現在幾乎人人都在反對他。保利（新近巴黎方面委任他為科西嘉城防司令和總督）、法國守軍以及大多數支援教會派的阿雅克肖居民，他們現在需要的是平靜。處處都能聽到“拿破崙是罪魁禍首”的聲音。同時，使事情更加複雜的是，拿破崙忘記了假期到12月為止，1792年1月1日他應該返回駐地，他竟沒有記得請求續假，從而被列入了“擅離職守者”的名單，後來他的姓名被陸軍大臣從現役人員名單上一筆