朝廷本不必利其所有”的高姿態，不再詢問。也就是說朝廷不知為何隱下對收復金陵繳獲的追究，不過想來曾國藩肯定付出不菲代價。

私底下輿論則稱“江寧資貨盡入（曾國荃）軍中”；而爭議洪天貴福下落及逃出太平軍的實際數目，又引發沈葆楨與劉長佑等太平軍干將攻擊曾氏兄弟；宿將功臣如彭玉麟、鮑超，紛紛告退，“人輒疑與國荃不和”。

“看看，看看，這才過了多長時間，湘軍內部就因分贓不勻出現這麼大事故，要是處理不好湘軍以後還能維持住一個整體？”

吳可這次算是盯死兩江以及曾國藩，不斷拿靶子一樣的湘軍出現的各種狀況給手下小弟上課，讓他們明白政治，鬥爭的殘酷和慘烈，還有朝廷的翻臉無情以及狠辣手段，告戒他們不可放鬆警惕重蹈覆轍。

當然，收復金陵並不表示太平軍已全軍覆沒，其餘地區的太平軍參與武裝，依舊奮力與清軍（主要是巷軍和淮軍）作戰。

同治三年6月13日（五月十日），楊輔清的太平軍在荻港大舉進攻湘軍蔡元吉所部，戰鬥十分激烈雙方處於想持狀態一時誰也難以取得勝利。

6月27日，淮軍在李鴻章的率領下再次取得大勝，一舉攻克長興太平軍不得不退守四安梅溪軍營，在淮軍咄咄逼人的攻勢面前士氣低落艱難抵抗。

7月6日（六月三日），劉璈等部抵達孝豐，太平軍沒料到湘軍突然到來，憑城抵抗形勢十分危急。第二日湘軍便攻克孝豐，留下部隊駐守，蔡元吉所部深入再接再厲挺進東埠。

7月11日（六月八日），湖州太平軍包圍蔡元吉部軍營，派勁旅繞到思溪和雙福橋斷絕湘軍主力與突出部的運餉道路。之後湘軍蔣益澧所部在思溪結紮浮橋溝通蔡元吉所部，不料所部過橋到中流時被太平軍攻擊，傷亡數百人不得不無奈後撤自保。

於8月湘軍高連升部改攻荻港，擊破太平軍三座軍營，給被圍的右軍部隊吸引了火力和注意力。之後蔡元吉抓住機會急忙派遣楊應龍率五百人首先突圍，楊應龍力戰而死其部全軍覆沒。

正在此時清軍收復金陵的訊息徹底傳開，思溪和雙福橋的太平軍士氣大衰不得不全部撤走，湖州城內的太平軍更是毫無鬥志陸續投降。

趁此機會湘軍立即加大的攻擊力度，力求一舉將跟前太平軍殘餘人馬全部消滅。先是劉樹元部攻拔太平軍升山軍營，又有高連升部急攻太平軍手下袁家匯。緊接著還有劉端冕部從寧國追擊太平軍，擊斃太平軍將領黃文金和其所部將士。

然後湘軍在黃金嶺擊敗當地太平軍，追逐五十多里斬殺六千人，釋放一萬多名被挾裹百姓。又有湘軍黃少春部會同王德榜所部追擊太平軍到鉛山，更有湘軍王開琳部追趕太平軍到上饒，幾部都有不小斬獲。

所謂雙喜臨門，也不知道是不是湘軍此時氣運太盛，很快又立下一樁大功。

洪天貴福是天王洪秀全長子，洪秀全死後即位稱幼天王，7月19日天京（今南京）陷落後突圍至廣德，由幹王洪仁乾等護衛，經皖南入江西，準備與侍王李世賢、康王汪海洋部會合，但行至江西石城時一千餘人的護衛部隊被清軍擊潰幼天王隻身逃脫藏身於一山洞內四日，後來實在飢餓難耐外出覓食。

適值10月，正是秋收季，當地人有僱人割稻的習慣，稱香客。洪天貴福求人剃了頭，化裝成香客割稻，但生於深宮之內，長於婦人之手的幼天王哪吃得下這般苦，很快被搜尋的清軍發現，10月25日幼天王被俘，11月18日被凌遲處死於南昌。

到了這時太平天國已經沒了再起之機，就算分散在各地的太平軍部隊還有不少，其中依舊有些將領強人清軍也難以短時間內剿滅，甚至某些將領還能在清軍防備空虛的地區攪風攪雨囂張無比，可卻不能再打太平天國的牌子。

而作為覆滅太平軍的主力湘軍，此時的聲勢已達到顛峰，舉國注目的同時也面臨著巨大危機，朝廷絕對容不下湘軍這麼一個龐然大物繼續存在。

當然，兩江地區在太平天國覆滅之後，瞬間謠言四起其中沒少流傳曾國藩準備自立為帝，取清而代之的說法。

“你們這幫傢伙，不要胡亂聽信這樣的謠言，曾國藩想要當皇帝根本沒可能，不說咱們不會同意就連湘軍內部都不會答應！”

吳可鄭重警告手下一干蠢蠢欲動的將校，沒好氣道：“姓曾的既會做人又會做官，怎麼可能被一時的勝利衝昏了頭腦，做出這等自尋死路之事？”

“可是大人，朝廷對湘軍的防備和警惕傻子都看得出來！”有手下